川芎根茎、叶转录组测序及分析

声明

摘要

第1章 绪论

1．1 川芎的生物学特性

1．2 川芎的药理作用

1．2．1 传统中药作用

1．2．2 对中枢神经的作用

1．2．3 对心脏作用

1．2．4 对平滑肌作用

1．2．5 对肾脏作用

1．2．6 抑制血管收缩

1．2．7 抗衰老和抗辐射

1．2．8 其它作用

1．3 川芎主要成分

1．3．1 有机酸类

1．3．2 生物碱类

1．3．3 挥发油

1．4 转录组测序

1．5 本文的研究目的和意义

第2章 川芎根茎、叶转录组学分析

2．1 材料与方法

2．1．1 植物材料

2．1．2 川芎根茎、叶总RNA提取

2．1．3 转录组测序

2．1．4 测序的数据统计与评估

2．1．5 序列组装

2．1．6 Unigene数据库构建

2．1．7 Unigene的功能注解

2．1．8 Unigene的结构分析

2．2 结果与讨论

2．2．1 川芎根茎、叶总RNA提取

2．2．2 测序统计与质量分析

2．2．3 序列组装结果

2．2．4 RNA-seq序列比对结果

2．2．5 基因GO功能分析

2．2．6 COG功能分类

2．2．7 KEGG代谢通路分析

2．2．8 SSR分析

2．3 本章小结

第3章 川芎根茎、叶转录组差异表达基因分析

3．1 材料与方法

3．1．1 转录组数据

3．1．2 Unigene表达量分析

3．1．3 差异表达基因筛选

3．1．4 差异表达基因分析

3．2 结果与讨论

3．2．1 样品表达量评估

3．2．2 川芎根茎、叶中高表达的Unigenes

3．2．3 差异表达基因(DEG)筛选

3．2．4 差异表达基因的GO分布

3．2．5 差异表达基因的COG分布

3．2．6 差异表达转录因子

3．2．7 与根茎发育相关的差异表达基因挖掘

3．3 本章小结

第4章 川芎qPCR内参基因选择

4．1 材料与方法

4．1．1 川芎总RNA的提取与cDNA的制备

4．1．2 内参引物设计

4．1．3 qRT-PCR扩增

4．1．4 川芎候选内参基因稳定性分析

4．2 结果与分析

4．2．1 RNA的提取

4．2．2 候选内参基因的选择和引物设计

4．2．3 川芎候选内参基因引物特异性

4．2．4 川芎候选内参基因的表达谱

4．2．5 川芎内参基因筛选

4．2．6 qRT-PCR验证

4．3 本章小结

第5章 阿魏酸生物合成路径

5．1 材料与方法

5．1．1 阿魏酸的化学结构

5．1．2 阿魏酸的药理活性

5．1．3 构建川芎阿魏酸的生物合成路径

5．1．4 阿魏酸关键酶基因研究

5．2 结果与讨论

5．2．1 阿魏酸生物合成路径

5．2．2 阿魏酸合成路径基因研究

5．2．3 差异表达基因

5．2．4 关键酶基因COMT分析

5．3 本章小结

结论

致谢

参考文献

附录

攻读硕士学位期间发表的学术论文及科研成果