LSU nrRNA二级结构模型在广义半翅目系统发育研究中的应用

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LSU nrDNA基因是系统发育推断中使用频率很高的分子标记。但是在这个基因中有一些区段的长度在不同类群中变异性很大，我们称其为长度可变区。这些长度可变区可以影响序列比对，在广义半翅目的系统发育中也可能造成影响，所以我们必须弄清广义半翅目中LSU nrDNA的长度可变区以及LSU nrRNA的二级结构。
　　本研究利用LSU nrDNA基因对广义半翅目五个亚目及异翅亚目七个次目的代表类群的系统发育关系进行探讨，并发现构建LSU nrRNA的二级结构对于系统发育推断的重要性。论文分为以下四个部分：
　　第一部分，简要概述了广义半翅目和异翅亚目的系统发育研究现状，以及LSU nrDNA基因和LSU nrRNA二级结构的生物学背景和研究简况。还介绍了本研究的选题依据。
　　第二部分，简要介绍本论文的实验材料和方法，包括研究类群的选取，引物的设计，和具体实验步骤，以及数据分析方法。
　　第三部分，介绍本论文的研究结果，包括所得数据的分析，二级结构的推测，以及系统发育树的构建。本论文对选取的广义半翅目中12个代表种测定了LSU nrDNA基因全长，再加上GenBank中下载的四条序列共同形成了序列长度为4882bp的数据集，通过贝叶斯法构建系统发育树，发现该树与传统的系统发育推断出入很大。通过RNAstructure软件对LSU nrRNA二级结构进行分析，找到29个长度可变区，其中有19个可变区会大尺度的影响比对结果，将这些长度可变区去掉后再通过贝叶斯法构建系统发育树，得到了对广义半翅目的良好的系统发育推断。从而证实构建LSU nrRNA的二级结构对于系统发育推断的重要性。
　　第四部分，总结本论文的研究结果和不足的地方，并提出改进措施和展望。

著录项

作者
王莹;
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作者单位

南开大学;

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授予单位南开大学;
学科生物学;动物学
授予学位硕士
导师姓名谢强;
年度 2011
页码
总页数
原文格式 PDF
正文语种中文
中图分类半翅目;
关键词
广义半翅目; 异翅亚目; 二级结构; 长度可变区; 系统发育; 分子标记;

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