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1.裂殖酵母着丝粒重新定位和生殖隔离的机制研究;2.裂殖酵母着丝粒表观遗传稳定性和异染色质分布的机制研究

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摘要

1引言

1.1 着丝粒是确保遗传物质精确传递的关键染色质元件

1.1.1着丝粒的分类

1.1.2着丝粒特异性DNA序列

1.1.3 着丝粒特异性组蛋白变体CENP-A是着丝粒精确定位的表观遗传标志

1.1.4着丝粒特异性CENP-A核小体的结构和组装

1.2 动粒是由蛋白质复合物组成的生物大分子机器

1.3 着丝粒是动粒组装的结构基础

1.4 在裂殖酵母中造成着丝粒失活的方法及细胞存活机制

1.5 裂殖酵母中生殖隔离现象的主要机制研究

1.6 进化新着丝粒和人类新着丝粒

1.7 核小体组装及染色质复制的保真性及表观遗传稳定性

1.8 着丝粒区域CENP-A核小体和异染色质区域H3K9me2核小体的表观遗传稳定性

1.8.2花斑位置效应(PEV)是监测染色质水平表观遗传变化的有效指示器

2材料与方法

2.1 实验材料

2.1.1大肠杆菌

2.1.2裂殖酵母菌株

2.1.3分子生物学工具酶及试剂盒

2.1.4主要试剂及耗材

2.1.5主要仪器和设备

2.1.6常用培养基的配制

2.1.7主要缓冲溶液的配制

2.2 实验方法

2.2.1分子克隆

2.2.2裂殖酵母基因组提取

2.2.3裂殖酵母转化

2.2.4多抗性裂殖酵母菌株的构建和孢子存活率统计

2.2.5 Drop Test

2.2.6荧光显徼镜观察及定量分析

2.2.7谱系分析(Pedigree analysis)和花斑模式分析

2.2.8 Western Blot,TAP纯化和质谱分析

2.2.9染色质免疫共沉淀(ChIP)和高通量二代测序(high-throughput sequencing)

2.2.10 ChIP-Seq高通量数据分析

3结果与讨论(第一部分)

3.1 内层动粒维持正常的着丝粒区域染色质结构以及确保正确的着丝粒位置

3.1.1 内层动粒突变体造成着丝粒两侧异染色质不同程度地蔓延进入着丝粒中央区域

3.1.2 内层动粒突变体mhf2Δ和fta6Δcnp3Δ造成着丝粒失活

3.2 CENP-T-W-X-S单个敲除菌株造成着丝粒失活以及新着丝粒的形成

3.2.1着丝粒的失活独立地发生于减数分裂完成后

3.2.2新着丝粒倾向形成于着丝粒两侧的异染色质区域

3.3 减数分裂中新着丝粒和自然内源性着丝粒的不兼容会造成生殖隔离

3.3.1携带新着丝粒和自然内源性着丝粒的合子的减数分裂后代的存活率低

3.3.2 同源染色体上新着丝粒和自然内源性着丝粒之间的不匹配造成减数分裂过程中染色体的异常分离

3.4 携带cen1inactive的mhf2Δ细胞能使mhf2+细胞中自然内源性的1号着丝粒失活

3.5 mhf2Δ着丝粒的失活不依赖于异染色质的形成

3.6 讨论

4结果与讨论(第二部分)

4.1 敲除ccp1造成基因组不同位点的PEV表观遗传转换频率的降低

4.2 Ccp1特异性地结合着丝粒的中央区域

4.3 ccp1Δ影响着丝粒的有丝分裂功能但不改变着丝粒区域Cnp1的定位

4.4 Ccp1和内层动粒蛋白Mis6着丝粒区域的正常定位是互相影响和依赖的

4.5 核仁蛋白Gar2和Ccp1共同参与调控着丝粒表观遗传稳定性

4.6 ccp1Δ影响着丝粒两侧区域和近端粒区域的异染色质分布

4.7 讨论

4.7.1表观遗传稳定性的精密调控机制

4.7.2 Ccp1功能的多样性

5综述

参考文献

作者简历及在校期间取得的科研成果

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摘要

裂殖酵母中动粒内层结构的破坏造成着丝粒重新定位及生殖隔离现象 着丝粒是决定动粒组装的染色体位点,而每条染色体上着丝粒的位置则由特异性组蛋白H3变体CENP-A决定。在所有真核生物物种中,着丝粒在染色体上的位置是高度稳定且精确遗传的,虽然着丝粒的表观遗传稳定性及其生物学功能目前还尚不清楚。本研究中,我们发现裂殖酵母中不同的内层动粒突变体会造成着丝粒染色质结构不同程度的变化,具体表现为着丝粒两侧异染色质各种水平地蔓延至着丝粒中央区域。最显著的表型为,wip1,mhf1和mhf2(进化上保守的内层动粒CENP-T-W-X-S复合物的亚基)单个敲除菌株或者cnp3(哺乳动物同源物为CENP-C)和fta6(裂殖酵母特定的内层动粒组分)的双敲除菌株能诱导着丝粒重新定位一即细胞内其中一条染色体上自然内源性着丝粒随机地失活以及新着丝粒在该染色体上的异位形成。我们观察到新着丝粒倾向于在着丝粒两侧异染色质区域形成,虽然异染色质的缺失并不影响着丝粒的失活。携带新着丝粒的细胞能进行正常的有丝分裂,而且只有当细胞含有相同的新着丝粒时才能进行正常的减数分裂,这些均表明新着丝粒能在群体中稳定地遗传和扩散。然而,当携带新着丝粒的细胞和携带自然内源性着丝粒的细胞杂交时,由于减数分裂过程中异常的染色体分离导致后代大量死亡。这些结果概述了由于携带不同位置着丝粒的菌株之间存在合子后生殖隔离(即减数分裂隔离),这一现象可能促使这两个群体的遗传分离,也表明了进化新着丝粒在物种形成中的潜在作用。 裂殖酵母中Ccp1调节着丝粒的表观遗传稳定性以及影响基因组异染色质的分布 着丝粒和异染色质结构域是典型的依赖表观遗传机制稳定传递的染色质区域。然而,单个核小体水平的表观遗传精确性的调节机制还尚未明确。本研究中,利用染色质免疫共沉淀和二代高通量测序(ChIP-seq),我们主要描述了裂殖酵母的Ccp1蛋白(芽殖酵母组蛋白分子伴侣Vps75的同源物)在着丝粒染色质复制和异染色质稳定过程中起着重要作用。我们发现Ccp1主要定位在细胞核内,并且富集在着丝粒的中央区域。值得注意的是,在所有检测的染色质相关调节因子(以组蛋白分子伴侣为主)的敲除菌株中,着丝粒中央区域的花斑位置效应(CEN-PEV)的分析结果表明唯独ccp1基因敲除菌株表现为着丝粒区域表观遗传转换频率的降低。在着丝粒区域,其他组蛋白分子伴侣的敲除菌株的则表现为升高的表观遗传转换频率或者野生型花斑位置效应。着丝粒或动粒区域上Ccp1和内层动粒蛋白Mis6和Sim4的正常定位是相互影响且依赖的。更重要的是,Ccp1能影响全基因组多个位点异染色质(如近端粒异染色质区域和着丝粒两侧异染色质区域)的正常分布。我们同时鉴定出核仁蛋白Gar2具有类似于Ccp1的功能,能以尚未明确的机制参与调控着丝粒区域的表观遗传稳定性。综上所述,我们的结果表明Ccp1作为重要因子参与调控裂殖酵母的表观遗传稳定性以及维持基因组中多个染色质结构域的正常结构。

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