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浙江省3个地方猪种繁殖性状的全基因组关联分析

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文章部分缩略词表

第一章 文献综述

1 浙江省地方猪种介绍

1.1 产地与分布

1.2 地方猪种外形特征

1.3 地方猪猪种繁殖性状特征

1.4 地方猪种保种和研究现状

1.5 嵊县花猪

1.6 金华猪

1.7 淳安花猪

2 繁殖性状

2.1 窝产仔数

2.2 产活仔数

2.3 仔猪初生重

2.4 乳头数

2.5 泌乳力

2.6 断奶窝重

2.7 平均日增重

3 遗传变异检测方法

3.1 传统分子标记检测技术

3.2 高通量遗传标记检测技术

4 全基因组关联分析和荟萃分析

4.1 全基因组关联分析

4.2 荟萃分析

5 研究的目的与意义

1 试验动物

2 DNA的提取和猪50K SNP芯片基因型判型

3 表型数据

4 统计分析软件

5 统计分析

6 候选基因搜寻

第三章 结果与分析

2 质量控制

3 全基因组关联分析

3.1 嵊县花猪独立GWAS分析结果

3.2 金华猪独立GWAS分析结果

3.3 淳安花猪独立GWAS分析结果

3.4 META分析结果

第四章 讨论

第五章 小结

2 本研究的特色和创新点

3 存在的不足和进一步展望

参考文献

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摘要

本研究使用全基因组关联分析(GWAS)技术对嵊县花猪(SXHZ)、金华猪(JHZ)和淳安花猪(CAHZ)繁殖性状关联性强的SNP位点进行定位,寻找可能影响这些性状的基因。样本含量为嵊县花猪114头、金华猪185头和淳安花猪31头,采血制成干血斑样本,提取DNA将质检合格的样品用Illumina平台的GGP Porcine50K SNP芯片作基因型判定。繁殖性状为产仔数(LS)、产活仔数(LSA)、产公仔数(NM)、产母仔数(NF)、出生窝重(BW)和仔猪平均日增重(ADG)等,繁殖性状数据由各猪场提供。对SNP标记和样本进行质控,筛出合适数据作GWAS分析,定位出显著位点,在Ensembl和NCBI上寻找候选基因。结果表明,SXHZ独立GWAS分析有160个SNPs呈FDR校正显著;JHZ独立GWAS分析有124个SNPs呈FDR校正显著;经过META分析得到337个SNPs呈FDR校正显著,16个SNPs呈Bonferroni校正染色体水平显著;CAHZ的独立GWAS分析由于样本量小的原因,初步的分析结果可靠性不高;。初步筛选出候选基因为:SEMA4D、EYA4、ZC3H12D、BANP、DIP2B和TUSC3;SPINK14、SPINK14、GRIP1和PPP3CA;PACSIN2,ATP8A2,ZNF32,CTNNA2,AT1为进一步筛选繁殖性状的主效基因提供基础和参考。

著录项

  • 作者

    阮鹏;

  • 作者单位

    浙江大学;

  • 授予单位 浙江大学;
  • 学科 动物遗传育种与繁殖
  • 授予学位 硕士
  • 导师姓名 徐宁迎;
  • 年度 2018
  • 页码
  • 总页数
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 中文
  • 中图分类 S828.3;
  • 关键词

    猪; 繁殖性状; 候选基因;

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