玄参属系统发育和生物地理学分析及砾玄参复合种的亲缘地理学研究

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摘要

第一章 前言

1．1 玄参属植物研究背景

1．1．1 玄参属植物概况

1．1．2 玄参属植物研究历史及现状

1．2 分子系统学、生物地理学、亲缘地理学研究进展

1．2．1 分子系统学概述

1．2．2 生物地理学概述

1．2．3 亲缘地理学概述

1．2．4 东亚及青藏高原种子植物亲缘地理研究现状

1．3 玄参属研究存在的问题

1．4 本文研究内容及目的

第二章 玄参属的系统发育重建和生物地理研究

2．1 材料和方法

2．1．1 分类单元材料来源

2．1．2 分子系统学方法

2．1．3 分化时间分析方法

2．1．4 祖先分布区重建方法

2．2 结果分析

2．2．1 序列信息

2．2．2 系统发育分析

2．2．3 分歧时间估计

2．2．4 祖先分布区重建

2．3 讨论

2．3．1 玄参属内形态学分组的系统学意义

2．3．2 玄参属的起源、迁移和物种分化

2．3．3 玄参属的生物地理分布格局

2．3．4 核ITS与cpDNA序列拓扑结构的不一致性

2．3．5 玄参属分类处理建议

2．4 小结

第三章 砾玄参徼卫星引物开发

3．1 材料和方法

3．1．1 材料

3．1．2 仪器、试剂及来源

3．1．3 DNA提取

3．1．4 微卫星富集文库构建、测序及引物设计

3．1．5 微卫星引物设计

3．1．6 PCR引物效率检测

3．1．7 微卫星位点的多态性检测

3．2 结果

3．3 数据分析及讨论

第四章 环青藏高原地区砾玄参复合种的亲缘地理学研究

4．1 材料

4．2 方法

4．2．1 基因组总DNA的提取

4．2．2 引物筛选，PCR扩增及序列测定

4．2．3 群体遗传结构及序列分析

4．2．4 cpDNA和ITS单倍型谱系关系分析

4．2．5 SSR群体遗传结构分析

4．2．6 基于cpDNA的历史生物地理学分析

4．3 结果分析

4．3．1 cpDNA序列的测序结果

4．3．2 基于cpDNA的单倍型谱系关系分析

4．3．3 基于cpDNA和SSR的群体遗传多样性

4．3．4 基于nrSSR标记的群体遗传结构分析

4．3．5 nrITS单倍型谱系关系

4．3．6 分子钟估算和祖先分布区重建

4．4 讨论

4．4．1 砾玄参复合种群体遗传结构与物种分化

4．4．2 砾玄参复合种由中亚传入青藏高原

4．4．3 地理隔离、冰期避难所和冰后期局部扩张

4．4．4 谱系分选不完全和杂交

4．5 总结

第五章 总结与展望

5．1 总结

5．2 不足与展望

参考文献

附录

在读期间的主要成果

致谢