文摘
英文文摘
论文说明
资助
致谢
第1章遗传密码子研究概述
1.1遗传密码的破译
1.2密码子的通用性与特殊性
1.3无义密码子的重新诠释和新氨基酸的发现
1.4遗传密码子的“多态性”研究
1.5遗传密码子的起源与进化
1.6遗传密码的“扩张”
1.7密码子研究的应用
1.7.1研究生命的起源和进化
1.7.2获得具有新属性的蛋白或生物体
1.7.3研究蛋白质的结构和功能
1.7.4对目标基因进行改造，提高特定蛋白的表达量
参考文献(References)
第2章水稻基因组研究概况
2.1水稻基因组测序及研究意义
2.2水稻功能基因组学研究
2.2.1发掘新基因
2.2.2基因功能的研究
2.2.3蛋白质组研究
2.3基因组的生物信息学研究热点
2.4本研究的目的和意义
参考文献(References)
第3章水稻密码子用法的研究
3.1材料与方法
3.1.1序列数据
3.1.2统计分析
3.1.3衡量密码子偏好性的指标
3.1.4对应分析
3.1.5主要偏爱密码子(major codon)的确定
3.2结果与分析
3.2.1水稻核基因组的密码子用法分析
3.2.2粳稻叶绿体基因组的密码子用法分析
3.2.3粳稻线粒体基因组的密码子用法分析
3.3讨论
参考文献(References)
第4章4种植物叶绿体与核基因组密码子用法的比较研究
4.1材料与方法
4.1.1序列数据
4.1.2密码子偏好性指标
4.1.3对应分析
4.2结果与讨论
4.2.1碱基组成分析
4.2.2密码子用法的变异
4.2.3密码子用法分析
4.3结论
参考文献(References)
第5章水稻的密码子用法与基因功能的研究
5.1材料与方法
5.1.1序列数据
5.1.2基因的功能分类
5.1.3密码子偏好性指标
5.1.4统计分析
5.2结果与分析
5.2.1密码子偏好性与基因功能类型的关系
5.2.2密码子用法的变异
5.3讨论
参考文献(References)
第6章起始密码子AUG侧翼序列对水稻基因表达水平的影响
6.1材料与方法
6.1.1序列数据
6.1.2基因表达数据的获得
6.1.3序列分析
6.2结果与分析
6.2.1 AUG侧翼序列与基因密码子偏好性的关系
6.2.2AUG侧翼序列与基因表达水平的关系
6.2.3高表达基因AUG侧翼序列特殊位点的定点突变
6.2.4“AUG侧翼区”的特征分析
6.3讨论
参考文献(References)
第7章水稻终止密码子侧翼序列模式分析
7.1材料与方法
7.1.1序列数据
7.1.2偏好性估算
7.1.3终止密码子侧翼核苷酸的特征分析
7.1.4基因表达水平的确定
7.2结果与分析
7.2.1紧挨终止密码子上下游的密码子高度偏置
7.2.2 UAA、UAG和UGA 3组基因碱基的偏好性差异巨大
7.2.3高表达基因的侧翼序列更保守
7.3讨论
参考文献(References)
第8章水稻终止密码子通读基因的计算鉴定和序列分析
8.1材料与方法
8.1.1序列数据
8.1.2提取通读候选基因的步骤
8.1.3终止密码子侧翼碱基偏好性分析
8.1.4通读候选基因蛋白质的二级结构分析
8.2结果与分析
8.2.1通读候选基因的计算鉴定
8.2.2候选与非候选基因终止密码子侧翼核苷酸偏好存在巨大差异
8.2.3“渗漏型”终止密码子常位于β-拐角的亲水区域
8.3讨论
参考文献(References)
附录A发表论文清单
附录B插图目录
附录C表格目录
附录D常用网址
