• 主题
高级搜索  >
历史搜索 清空历史
首页> 外文会议>Fuzzy Systems and Knowledge Discovery,(FSKD), 2008 Fifth International Conference on >Searching Similar Protein under Complementary and No Stop Codon Constraints
【24h】

Searching Similar Protein under Complementary and No Stop Codon Constraints

机译：在互补密码子和无终止密码子约束下搜索相似蛋白质

获取原文
页面导航
  • 摘要
  • 著录项
  • 相似文献
  • 相关主题

摘要

The applications in the area of protein engineering motivate a problem, that is to compute an mRNA sequence of maximal similarity to a given mRNA and a given protein, the output mRNA sequence should have the same secondary structure as the given mRNA sequence and should not contain any stop codon. We call this problem as MRSO-SC (MRna Structure Optimization under no Stop Codon constraint). Besides, for one nucleotide at most binds with one other nucleotide in the secondary structure of an mRNA sequence, we call the restricted version of MRSO-SC problem as MRSO-SC-d1 problem. In this paper, we first prove that the decision version of MRSO-SC problem and MRSO-SC-d1 problem are both NP-complete. Then, based on some structural feature of stop codon, we propose four kinds of invalid frame, which may lead to stop codon. Whatȁ9;s more, we attack the MRSO-SC-d1problem by proposing a new approximation algorithm, in the process of this algorithm, any invalid frame could be avoided in finding feasible solution.
机译：蛋白质工程领域的应用引发了一个问题，即计算与给定的mRNA和给定的蛋白质具有最大相似性的mRNA序列，输出的mRNA序列应具有与给定的mRNA序列相同的二级结构，并且不应包含任何终止密码子。我们将此问题称为MRSO-SC（无终止密码子约束的MRna结构优化）。此外，对于一个核苷酸至多与一个mRNA序列二级结构中的另一个核苷酸结合的情况，我们将MRSO-SC问题的受限版本称为MRSO-SC-d1问题。在本文中，我们首先证明MRSO-SC问题和MRSO-SC-d1问题的决策版本都是NP完全的。然后，根据终止密码子的某些结构特征，提出了四种可能导致终止密码子的无效框架。更有什者，我们通过提出一种新的近似算法来攻击MRSO-SC-d1问题，在该算法的过程中，可以避免任何无效的帧来找到可行的解决方案。

著录项

相似文献

  • 外文文献
  • 中文文献
  • 专利
获取原文

客服邮箱：kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备：11010802029741号 ICP备案号：京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有

  • 客服微信

  • 服务号