黄东海细菌多样性分析及其抗菌活性的初步评价

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海底沉积物是最复杂的微生物栖息地,蕴藏着丰富的细菌资源也是新型活性物质的资源库。本论文以我国黄东海近海海域37个站位沉积物样品为研究对象,采用培养和非培养相结合的方法对我国黄东海沉积物的细菌物种资源及多样性分布进行调查,并对其抗菌活性进行初步评价。
　　一方面利用纯培养法从37份沉积物样品中共分离得到561株细菌,选取421株进行16S rDNA测序分析,分离菌株归为4个门,48个属,121个种。厚壁菌门17个属,68个种,282株,为主要优势类群。变形菌门:α-变形菌纲8个属,13个种,39株;γ-变形菌纲6个属,14个种,48株;β-变形菌纲1个属,1个种,1株。拟杆菌门12个属,16个种,29株。放线菌门4个属,7个种,22株。优势菌属包括芽孢杆菌属(Bacillus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、赤杆菌属(Erythrobacter)等7个属。另外有14株细菌与系统发育关系最近的标准菌株16S rDNA序列相似度低于98％,可能为海洋细菌的潜在新属或新种。研究表明我国黄东海海域有着很高的细菌多样性,可培养细菌数目黄海海域要高于东海海域,东海近岸海域要高于远岸海域。本论文获得7株对大肠杆菌、枯草芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌抗性较强的海洋细菌,其中芽孢杆菌属( Bacillus)4株,短芽孢杆菌属( Brevibacterium)、葡萄球菌属(Staphylococcus)和类芽孢杆菌属(Paenibacillus)各一株,为新型抗生素的开发提供了潜在微生物资源。
　　另一方面使用illumina Miseq高通量测序技术对我国黄东海近海海域原核微生物群落结构及多样性进行研究。37份沉积物样品共获得3771648条序列,序列的平均长度为252bp,按照相似度为97%划分OUT,共得到22746个不同的OUT,经过RDP数据库比对分别归属于74个门,243个纲,469个目,736个科及983个属。细菌中变形菌门、浮霉菌门所占比例相对较高,分别占样品总数的44%、11.2%,其中γ-变形菌纲和δ-变形菌纲所占比例最高,分别占总数的21.8%和16.6%。古菌以泉生古菌门为主,其中Thaumarchaeota为主要优势类群。基于微生物群落物种丰富度和多样性的指数,发现东海海域的微生物多样性和物种丰富度高于黄海海域。对不同站位微生物群落结构进行聚类分析,发现相近海域微生物群落结构聚类在一起,RDA分析表明温度、盐度和沉积物土质是影响海洋沉积物微生物群落结构的主要因子。

著录项

作者
孙静;
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作者单位

天津商业大学;

展开▼
授予单位天津商业大学;
学科发酵工程
授予学位硕士
导师姓名王素英;
年度 2014
页码
总页数
原文格式 PDF
正文语种中文
中图分类细菌纲;
关键词
黄东海; 海底沉积物; 细菌多样性; 抗菌活性; 高通量测序;

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