声明
第一章 引言
1.1 研究背景
1.2 发展现状
1.3 主要工作及创新点
1.4 论文结构
第二章 质谱技术与神经网络
2.1 生物背景
2.1.1 氨基酸
2.1.2 多肽
2.2 离子鉴定
2.2.1 串联质谱技术
2.2.2 碎片离子类型
2.3 神经网络
2.4 模型评估标准
2.5 小结
第三章 数据预处理
3.1 数据来源与数据过滤
3.1.1 ProteomeTools数据集
3.1.2 HumanProteome数据集
3.1.3 MM数据集
3.2 离子强度标注
3.3 内部离子长度分析
3.4 小结
第四章 基于seq2seq的pep2peaks及其性能分析
4.1 seq2seq核心思想
4.2 编码与解码
4.3 理论质谱预测问题
4.4 pep2peaks模型结构
4.4.1 离子向量化
4.4.2 BiLSTM
4.4.3 Attention机制
4.4.4 激活函数
4.5 pep2peaks可行性分析
4.6 常规离子与内部离子预测分析
4.6.1 训练并预测MM数据
4.6.2 交叉碰撞能量：ProteomeTools数据不同NCE的交互实验
4.6.3 交叉数据：训练HumanProteome数据预测ProteomeTools和MM数据
4.6.4 不同质子移动性的肽之间的迁移学习
4.6.5 pep2peaks抗干扰力
4.7 与pDeep的对比实验
4.8 内部离子研究
4.8.1 离子长度研究
4.8.2 特征对比研究
4.9 小结
第五章 总结与展望
5.1 总结
5.2 展望
参考文献
攻读硕士期间的研究成果及获奖情况
致谢
