基于高通量测序数据的RNA结合蛋白序列和结构偏好性分析方法

声明

摘要

第一章文献综述

1．1引言

1．2 RBP的性质及其与RNA的相互作用

1．2．1 RBP的数量

1．2．2 RBP的类型与表达特性

1．2．3 RBP与RNA的识别模式

1．2．4 RBP结合调控RNA的作用和意义

1．3研究RBP与RNA结合位点的技术手段

1．3．2 CLIPIP-seq技术

1．4 RNA二级结构的类型、性质、作用

1．4．1引言

1．4．2 RNA物理结构简介

1．4．3 RNA二级结构元件

1．4．4 RNA二级结构的表示方法

1．4．5 RNA二级结构的检测方法

1．4．6 RNA二级结构的作用

1．5 RBP与RNA相互作用算法的研究现状

1．5．1引言

1．5．2现有研究方法和相关数据库

第二章 SttAtool实现RBP对RNA二级结构偏好的分析

2．1引言

2．2 SMAtool的设计与使用

2．2．2适用的数据类型和数据资源

2．2．3 RBP结合位点序列信息分析

2．2．4 RNA二级结构数据处理

2．2．5 RBP绑定的RNA队序列和结构信息整合

2．3小结

第三章K52细胞系中RBP的结构偏好分析

3．1引言

3．2数据来源和方法

3．2．1 RBP结合位点序列测序数据

3．2．3分析流程及参数

3．3 SNAtool分析结果与PDB数据库相符

3．4小结

第四章总结与展望

4．1论文总结

4．2展望

附录

参考文献

致谢

在读期间发表的学术论文