计算分析疱疹病毒感染引起宿主基因转录组和表观遗传组的改变

声明

摘要

第一章 引言

1 HSV-1介绍

1．1 HSV-1危害

1．2 HSV-1目前研究进展

1．3 本课题研究目标

1．4 本课题科学价值和临床应用价值

2 RNA-sequencing

2．1 RNA-sequencing测序技术方法

2．2 RNA-sequencing优势与难点

2．3 RNA-sequenc数据分析一般方法

3 ChIP-sequencing

3．1 ChIP-sequencing测序技术方法

3．2 ChIP-sequencing优势与难点

3．3 ChIP-sequenc数据分析一般方法

4 CTCF

4．1 CTCF介绍

4．2 CTCF生物功能

第二章 HSV-1诱导基因差异表达，可变剪接，可变加尾和异构体表达

1 课题的设计

2 RNA-seq技术路线

3 材料与方法

3．1 主要仪器

3．2 试剂与耗材

3．3 主要溶液及其配置

3．4 细胞与病毒

3．5 RNA-seq测序样品准备

3．6 RNA-seq数据分析

3．7 实时荧光定量PCR和实时定量PCR

4 实验结果

4．1 HSV-1感染宿主细胞BJ诱导基因差异表达

4．2 HSV-1感染BJ细胞导致可变剪接

4．3 HSV-1感染BJ细胞导致可变加尾

4．4 HSV-1感染BJ细胞Isoform表达

4．5 差异表达，可变剪接，可变加尾和异构体的GO terms变化产生不同的调控机制

5 结论

第三章 HSV-1改变CTCF和RNA PolⅡ结合

1 课题的设计

2 ChIP-seq技术路线

3 材料与方法

3．1 主要仪器

3．2 试剂

3．3 主要溶液及其配置

3．4 ChIP-seq测序样品准备

3．5 ChIP-seq数据分析

4 实验结果

4．1 CTCF结合变化

4．2 CTCF与基因表达之间的关系

4．3 HSV-1感染前后RNA polⅡ与RNA-seq关系

5 结论

参考文献

附录 缩略词表

致谢