基因VIj亚型鸽源NDV的分离鉴定和不同基因型NDV对鸽的致病性与转录组学的研究

声明

主要中英文简写对照表

第一章 综述

1.1 新城疫病毒概述

1.2 鸽源新城疫的流行病学

1.3 NDV对鸽的致病性

1.3.1 NDV对鸽的致病特点

1.3.2 鸽源NDV致病的分子机制

1.4 NDV感染宿主鸽的免疫应答

1.4.1 RIG-I样信号通路

1.4.2 细胞凋亡

1.5 RNA-Seq技术

1.5.1 RNA-Seq概述

1.5.2 RNA-Seq测序的应用

1.6 实时荧光定量RT-PCR

1.7 本研究的目的意义

第二章 一株基因Ⅵ .2.1.1.2.1（Ⅵj）亚型鸽源NDV分离鉴定及遗传进化分析

2.1 材料

2.1.1 病料来源及背景

2.1.2 实验主要动物、试剂和仪器

2.1.3 引物

2.1.4 序列收集

2.2 实验方法

2.2.1 病毒的分离

2.2.2 血凝试验(HA)与血凝抑制试验（HI）

2.2.3 RT-PCR扩增鉴定及强弱毒分型

2.2.4 其他病毒的排除试验

2.2.5 分离株F基因的克隆测序

2.2.6 遗传进化分析

2.3 实验结果

2.3.2 RT-PCR鉴定及强弱毒分型结果

2.3.3 其他病毒的排除试验结果

2.3.4 分离株F基因测序与分析结果

2.3.5 遗传进化分析结果

2.4 讨论

2.5 小结

第三章 三株不同基因型NDV对鸽致病性及宿主应答差异研究

3.1 材料

3.1.1 病毒

3.1.3 试剂

3.2 实验方法

3.2.1 动物试验

3.2.2 抗体检测

3.2.3 检测感染鸽脾脏病毒载量

3.2.4 制备病理切片

3.2.5 转录组测序

3.2.6 测序结果分析

3.2.7 差异表达分析

3.3 不同基因型NDV感染鸽子试验结果

3.3.1 发病情况与剖检病变结果

3.3.2 不同基因型NDV感染鸽子抗体效价结果

3.3.3 感染鸽脾脏的病毒载量

3.3.4 病理组织切片结果

3.3.5 转录组数据分析结果

3.3.6 转录组差异表达基因筛选结果

3.3.7 转录组GO数据库注释及显著性富集分析

3.4 讨论

3.5 小结

第四章 鸽RIG-I样信号通路和细胞凋亡通路相关因子RT-qPCR方法的建立及其在NDV感染鸽表达差异验证

4.1 材料

4.1.2 主要试剂和仪器

4.2. 试验方法

4.2.1 引物设计及合成

4.2.2 获得鸽淋巴细胞cDNA

4.2.3 PCR扩增目的基因

4.2.4 目的基因克隆及测序鉴定

4.2.5 质粒标准品的提取与制备

4.2.6 RT-qPCR标准曲线的建立

4.2.7 敏感性和重复性检验

4.2.8 应用建立的好RT-qPCR方法验证基因表达差异

4.3 试验结果

4.3.1 PCR结果

4.3.2 质粒浓度及拷贝数结果

4.3.3 RT-qPCR标准曲线的建立

4.3.4 融解曲线分析结果

4.3.5 敏感性及重复性试验结果

4.3.6 RT-qPCR验证部分免疫相关的差异表达基因结果

4.4 讨论

4.5 小结

第五章 全文结论

参考文献

致谢

攻读硕士学位期间发表论文情况