声明
摘要
1概述
1．1 选题背景
1．1．1动物的低氧适应
1．1．2陆地低氧环境的适应与进化
1．1．3基于高通量测序技术的适应进化研究
1．1．4研究对象的形态与地理分布
1．2研究目的和意义
1．3研究内容
2全基因组测序和组装
2．1材料与方法
2．1．1 样本采集
2．1．2 DNA样本提取和检验的方法
2．1．3文库构建和测序的方法
2．1．4测序质控的方法
2．1．5基因组的组装方法
2．1．6基因组的评估方法
2．2结果与分析
2．2．1 三种田鼠的DNA样本提取和检验
2．2．2三种田鼠的基因组文库构建及测序
2．2．3 三种田鼠的测序数据统计和质量评估
2．2．4三种田鼠的基因组组装
2．2．5三种田鼠的基因组评估
2．3讨论
2．4本章小结
3全基因组注释
3．1材料与方法
3．1．1重复序列的注释方法
3．1．2非编码RNA的注释方法
3．1．3编码基因结构的注释方法
3．1．4编码基因功能的注释方法
3．2结果与分析
3．2．1三种田鼠的重复序列
3．2．2 三种田鼠的非编码RNA
3．2．3三种田鼠的编码基因结构
3．2．4三种田鼠的编码基因功能
3．3讨论
3．4本章小结
4物种系统进化历史的研究
4．1材料与方法
4．1．1近缘物种的选择及其基因组的评估
4．1．2基因家族的鉴定方法
4．1．3系统发育的分析方法
4．1．4全基因组基因进化速率的计算方法
4．1．5有效种群大小的分析方法
4．2结果
4．2．1物种基因家族的鉴定
4．2．2物种系统发育的分析
4．2．3物种进化速率的分析
4．2．4三种田鼠种群历史的研究
4．3讨论
4．4本章小结
5青海田鼠对高原低氧环境的适应性进化
5．1青海田鼠高原低氧适应
5．1．1材料与方法
5．1．2结果与分析
5．2高原哺乳动物对低氧的适应性进化
5．2．1材料与方法
5．2．2结果与分析
5．3讨论
5．3．1青海田鼠低氧适应性进化分析
5．3．2四组高原哺乳动物对低氧环境的适应性进化
5．4本章小结
6棕色田鼠对地下低氧环境的适应性进化
6．1棕色田鼠地下低氧适应
6．1．1材料与方法
6．1．2结果与分析
6．2地下哺乳动物对低氧的适应性进化
6．2．1材料与方法
6．2．2结果与分析
6．3讨论
6．3．1棕色田鼠低氧适应性进化分析
6．3．2 四组地下哺乳动物对低氧环境的适应性进化
6．4本章小结
7全文总结
7．1全文结论
7．2创新点
参考文献
附录
个人简历、在校期间发表的学术论文和研究成果
致谢
郑州大学;
