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致谢
论文说明
摘要
1文献综述
1．1脂质代谢研究进展
1．1．3脂类物质分解代谢
1．1．4家禽脂质代谢
1．2雌激素在肝脏脂质代谢中的角色
1．2．1雌激素概述
1．2．2雌激素受体
1．2．3雌激素的作用机制
1．2．4雌激素对脂质代谢影响的研究进展
1．3ncRNAs对肝脏脂质代谢的影响
1．3．2miRNA与肝脏脂质代谢
1．3．3lncRNA与肝脏脂质代谢
1．4 ChIP-seq技术及其应用
1．4．2ChIP-seq技术的应用
2引言
3第一章产蛋高峰期肝脏雌激素应答关键基因的筛选
3．1材料与方法
3．1．1数据库来源
3．1．2产蛋高峰期雌激素应答候选基因的筛选
3．1．3功能通路富集分析
3．1．4PPI蛋白互作分析
3．1．5总RNA的提取及质量检测
3．1．6qRT-PCR
3．1．7数据统计分析
3．2结果与分析
3．2．1产蛋高峰期雌激素应答候选基因的筛选
3．2．2雌激素应答候选基因的功能富集分析
3．2．3雌激素应答候选基因的通路富集分析
3．2．4雌激素应答候选基因的蛋白互作分析
3．2．5雌激素应答候选基因的qRT-PCR验证
3．3讨论
3．4本章小结
4第二章产蛋高峰期雌激素通过miRNA调控的肝脏差异基因筛选
4．1材料与方法
4．1．1试验动物及样品采集
4．1．2RNA提取及质量检测
4．1．3文库构建及测序
4．1．4原始数据处理及基因组比对
4．1．5miRNA表达水平及样品间表达差异分析
4．1．6miRNA反转录
4．1．7miRNAs qRT-PCR
4．1．8miRNA靶基因预测及功能分析
4．1．9数据统计分析
4．2结果与分析
4．2．2原始数据处理及过滤
4．2．3miRNA分类注释及长度分布统计
4．2．4饱和度分析
4．2．5已知miRNAs的鉴定及差异表达分析
4．2．6新miRNAs的鉴定及差异表达分析
4．2．7qRT-PCR验证差异表达miRNAs
4．2．8差异表达miRNAs靶基因的预测与共表达网络
4．2．9差异表达miRNAs潜在靶基因的功能分析
4．3讨论
4．4本章小结
5第三章产蛋高峰期雌激素通过lncRNA调控的肝脏差异基因筛选
5．1材料与方法
5．1．3文库构建及测序
5．1．4原始数据处理及基因组比对
5．1．6lncRNA差异表达分析
5．1．8qRT-PCR验证
5．1．9数据统计分析
5．2结果与分析
5．2．1Reads与基因组比对
5．2．2样品饱和度分析
5．2．3样品间表达相关性分析
5．2．4lncRNAs的鉴定及差异表达分析
5．2．5lncRNA与mRNA的特征比较
5．2．6qRT-PCR验证差异表达lncRNAs
5．2．7差异表达lncRNAs靶基因的预测及功能富集分析
5．2．8差异表达lncRNAs与mRNAs共表达网络
5．3讨论
5．4本章小结
6第四章雌激素通过ERα调控的鸡肝脏基因的鉴定
6．1材料与方法
6．1．1试验动物及样品采集
6．1．2染色质免疫共沉淀反应
6．1．3ChIP-Seq上机文库构建及测序
6．1．4参考基因组比对
6．1．6模体分析
6．1．7ERE结合位点鉴定
6．1．8qRT-PCR，ChIP-qPCR验证
6．1．9数据统计分析
6．2结果与分析
6．2．1测序数据质控分析
6．2．2原始数据过滤及基因组比对
6．2．3Reads的位置分布统计
6．2．4Peak calling
6．2．5ERα结合位点分析
6．2．6模体分析
6．2．7ERE序列鉴定
6．2．8qRT-PCR，ChIP-qPCR验证
6．2．9多组学整合分析筛选受雌激素调控的mRNA／miRNA
6．3讨论
6．4本章小结
7第五章雌激素通过ACSL1调控鸡肝脏脂质代谢
7．1材料与方法
7．1．2鸡肝脏原代细胞的分离与培养
7．1．3细胞转染
7．1．4基因序列生物信息学分析
7．1．5qRT-PCR
7．1．6数据统计分析
7．2结果与分析
7．2．1 ACSL2基因组共线性分析
7．2．2ACSL基因家族成员的蛋白功能域分析
7．2．3ACSL基因家族成员的系统发育及基因特征分析
7．2．4ACSL基因家族成员的时空表达特性
7．2．5雌激素对ACSL基因家族成员表达量的调控
7．2．6雌激素通过ERα调节ACSL1的表达
7．3讨论
7．4本章小结
8第六章雌激素通过miR-144-3p调控鸡肝脏脂质代谢
8．1材料与方法
8．1．1试验动物及样品采集
8．1．3qRT-PCR
8．1．4载体构建
8．1．5DF1细胞培养及转染
8．1．6双荧光素酶报告系统
8．1．7数据统计分析
8．2结果与分析
8．2．2miR-144-3p及PPARGC1B在不同时期肝脏的表达
8．2．3雌激素对miR-144-3p及DUSP16表达的影响
8．2．5miR-144-3p与靶基因结合位点分析
8．2．6miRNA-mRNA靶向关系验证
8．2．7过表达和抑制miR-144-3p对靶基因表达量的影响
8．2．8PPARGC1B和DUSP16对细胞内TG和T-CHO含量的影响
8．3讨论
8．4本章小结
9全文结论
10创新点
参考文献
附录
作者简介
河南农业大学;
