声明
摘要
第1章 人源蛋白质ARAP3选择性识别RhoA的结构基础
1．1 背景介绍
1．1．1 引言
1．1．2 小GTP酶
1．1．3 Rho家族小GTP酶
1．1．4 Rho家族小GTP酶的调控蛋白质
1．1．5 RhoA的生物学功能
1．1．6 Arf6的生物功能
1．1．7 ARAP3是多结构域蛋白质
1．1．8 ARAP3的ArfGAP结构域活性的调节
1．1．9 ARAP3的RhoGAP结构域活性的调节
1．1．10 ARAP3的生物功能
参考文献
1．2 材料方法
1．2．1 蛋白质边界的选择
1．2．2 目的基因片段的扩增
1．2．3 目的基因片段的回收
1．2．4 质粒和目的基因的双酶切
1．2．5 目的基因片段克隆到质粒
1．2．6 大肠杆菌化学转化感受态细胞Gold的制备
1．2．7 连接产物转化至大肠杆菌感受态
1．2．8 测序及菌种的保存
1．2．9 质粒的突变
1．2．10 RhoA、Cdc42以及Rac1的克隆
1．2．11 ARAP3-RhoGAP-RhoA(2-181,F25N)融合蛋白质的克隆
1．2．12 ARAP3的RhoGAP结构域的表达与纯化
1．2．13 人源RhoA、Cdc42以及Rac1的表达和纯化
1．2．16 蛋白质晶体的X-射线衍射数据的收集
1．2．17 数据处理和结构解析
1．2．18 等温滴定量热(Isothermal Titration Calorimetry,ITC)实验
1．2．19 酶活力实验
参考文献
1．3 实验结果
1．3．2 ARAP3的RhoGAP结构域的单体结构
1．3．3 ARAP3的RhoGAP结构域与RhoA的过渡态复合物结构
1．3．4 ARAP3的RhoGAP结构域与RhoA的相互作用界面
1．3．5 ARAP3-RhoGAP·RhoA过渡态复合物结构与其他RhoGAP·RhoA过渡态复合物结构的比较
1．3．6 ARAP3选择性识别RhoA的结构生物学机制
1．4 讨论
参考文献
第2章 拟南芥蛋白质APUM23特异性识别18S核糖体RNA的结构基础
2．1 背景
2．1．1 PUF蛋白质的功能
2．1．2 PUF蛋白质的结构
2．1．3 PUF蛋白质对特异性RNA序列的模块化识别
2．1．4 PUF蛋白质的应用
2．1．5 APUM23的功能
参考文献
2．2 材料和方法
2．2．1 APUM23的Puf-repeat串联结构域的克隆
2．2．2 APUM23的Puf-repeat串联结构域的表达与纯化
2．2．3 RNA母液的制备
2．2．4 APUM23的Puf-repeat串联结构域与RNA的复合物晶体的生长
2．2．5 APUM23的Puf-repeat串联结构域与RNA的复合物晶体的X-射线衍射数据的收集
2．2．6 APUM23的Puf-repeat串联结构域与RNA的复合物晶体的X-射线衍射数据处理与结构解析
2．2．7 等温滴定量热(Isothermal Titration Calorimetry,ITC)实验
参考文献
2．3 实验结果
2．3．1 APUM23与10个核苷酸的RNA 5’-GAAUUGACGG-3’的复合物晶体结构
2．3．2 APUM23与11个核苷酸的RNA 5’-GGAAUUGACGG-3’的复合物晶体结构
2．3．3 APUM23对A+2和A+7的特异性模块化识别
2．3．4 APUM23对G0、G+1、G+6、G+9和G+10的特异性模块化识别
2．3．5 APUM23对C+8的特异性模块化识别
2．3．6 APUM23对A+3的识别
2．3．7 APUM23对U+4和U+5的识别
2．3．8 APUM23以及Nop9和相同RNA 5’-GGAAUUGACGG-3’复合物晶体结构的比较
2．3．9 APUM23的R3 Puf repeat结构域的插入氨基酸序列阻碍了G0和A+3碱基之间的堆积
2．4 讨论
2．4．1 APUM23是新型结构的PUF蛋白质
2．4．2 APUM23和Nop9家族蛋白质的R3 Puf repeat结构域都存在比较保守插入氨基酸序列
2．4．3 APUM23调控前核糖体RNA加工的可能分子机制
2．4．4 APUM23潜在的应用前景
2．4．5 不足之处
参考文献
致谢
在读期间发表的学术论文和取得的研究成果
