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应用代谢组学、表观遗传组学筛选结直肠癌诊断及预测卡培他滨不良反应的标志物

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声明

摘要

英文缩略词表

前言

第一部分肿瘤标志物、炎症指标在结直肠癌诊断和卡培他滨不良反应预测的研究

一、研究目的

二、资料与方法

(一)研究对象

(二)研究方法

三、研究结果

(一)影响CEA假阴性的临床病理因素

(二)影响CA19-9、CA125和FOB假阴性的临床病理因素

(三)CEA、CA19-9、CA125、FOB单项及联合检测的假阴性

(四)卡培他滨化疗不良反应频率及严重程度

(五)肿瘤标志物、血细胞计数、全身炎症标志物预测化疗不良反应的作用

四、小结

第二部分应用代谢组学筛选结直肠癌诊断及预测卡培他滨不良反应的标志物

一、研究目的

二、材料和方法

(一)样本来源

(二)仪器设备和试剂

(三)实验方法

(四)数据分析

(二)尿液代谢谱

(三)结直肠癌诊断的代谢组学标志物

(三)卡培他滨不良反应的代谢标志物

四、小结

第三部分应用表观遗传组学筛选结直肠癌诊断及预测卡培他滨不良反应的标志物

一、研究目的

二、材料和方法

(一)研究对象

(二)仪器设备和试剂

(三)实验方法

(四)生物信息学分析

三、结果

(一)样本质控

(二)探针与样本质量评估

(三)样本间甲基化水平差异比较分析

(四)筛选潜在的预测卡培他滨副反应的位点

四、小结

讨论

参考文献

附录

文献综述药物基因组学与卡培他滨化疗不良反应的相关研究进展

致谢

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摘要

结直肠癌(CRC)是全球最常见的消化道肿瘤之一,备受关注。近年来,随着全球生活、饮食的变化和结肠镜检查的普及,结直肠癌的发病率和死亡率呈下降趋势。然而,中国的发病率和死亡率仍然很高。这主要是由于早期结直肠癌常常无症状,大部分患者确诊时往往已处于中晚期,即使手术,术后复发率也高。并且术后辅助化疗引起的不良反应影响着患者治疗的依从性。因此关于结直肠癌早期诊断和化疗不良反应的生物标志物的研究成为研究领域的热点项目。本课题主要筛选结直肠癌诊断和预测卡培他滨不良反应的代谢组学和DNA甲基化标志物。通过高效液相色谱-四级杆-飞行时间质谱检测患者与对照组尿液的代谢组学,筛选内源性代谢小分子标志物,通过人类甲基化850k芯片检测肿瘤组织、正常组织的甲基化水平,筛选DNA甲基化的标志物。  第一部分 肿瘤标志物、炎症指标在结直肠癌诊断和卡培他滨不良反应预测的研究  目的:  1、探讨术前CEA、CA19-9、CA125、粪便隐血(FOB)联合检测诊断结直肠癌的价值;  2、观察本院结直肠癌患者卡培他滨化疗不良反应的发生频率及严重程度;  3、研究CEA、CA19-9、CA125、FOB及炎症指标预测卡培他滨疗不良反应的价值。  方法:  分析来自上海长征医院的952例回顾性研究数据,260例前瞻性研究数据,以及TCGA数据库中的617例回顾性数据,研究肿瘤标志物、炎症指标与结直肠癌诊断、辅助化疗不良反应的相关性。  结果:  1、CEA、CA19-9、CA125假阴性率主要受病理分期影响;  2、CEA、CA19-9、CA125与FOB联合检测可提高诊断CRC的敏感性,降低假阴性率;但是联合筛查假阴性率仍然高,迫切需要准确度和诊断价值高的标志物体系;  3、手足综合征在本院患者中发生比例虽然高,但是严重程度低。骨髓抑制的整体发生的比例也高,但是严重程度更严重,尤其是血小板缺乏最为严重。女性患者更易发生恶心、呕吐、中性粒细胞缺乏以及整体不良反应,年轻人(<65岁)手足综合征的发生率高;  4、术前血小板/淋巴细胞比值(PLR)具有潜在预测手足综合征的能力,术前血细胞计数具有潜在预测骨髓抑制的能力,预测价值较弱,需要敏感性和特异性高的预测不良反应的标志物。  第二部分 应用代谢组学筛选结直肠癌诊断及预测卡培他滨不良反应的标志物  目的:  筛选结直肠癌诊断及预测卡培他滨不良反应的代谢组学标志物。  方法:  超高效液相色谱-四级杆-飞行时间串联质谱检测尿液非靶向内源性代谢物,分析筛选内源性代谢物诊断结直肠癌和预测卡培他滨不良反应的价值。  结果:  1、肿瘤患者与正常人尿液的代谢组学存在差异,可作为发掘潜在标志物的方向之一;  2、尿液的内源性代谢物N1,N1-二乙酰精胺、3-甲基组氨酸、马尿酸、3-羟基马尿酸等可作为潜在的诊断结直肠癌的标志物,4者构建的联合诊断方程的假阴性率远低于血清肿瘤标志物和FOB的联合筛查;  3、N1,N12二乙酰精胺、4-吡哆酸、左旋肉碱具有潜在的预测手足综合征的能力,4-吡哆酸、左旋肉碱、2-辛烯基肉碱具有潜在的预测骨髓抑制的能力,预测能力较弱,需要建立更完善的标志物体系用于预测卡培他滨不良反应。  第三部分应用表观遗传组学筛选结直肠癌诊断及预测卡培他滨不良反应的标志物  目的:  筛选结直肠癌诊断和预测卡培他滨化疗不良反应的DNA甲基化标志物。  方法:  采用人类甲基化850k芯片(Illumina850K)检测结直肠癌肿瘤组织与正常组织的各位点甲基化水平,通过生物信息学方法筛选卡培他滨不良反应,以及CRC发生发展过程中的甲基化生物标志物。  结果:  1、筛选出cg18856388和cg16059038这2个未曾报道过与CRC发生相关的甲基化位点,具有研究CRC发生的价值;  2、筛选出了20个具有研究CRC发生及诊断CRC的潜在标志物,其区分CRC肿瘤组织与正常组织的的价值略高于既往报道的位点,可作为诊断CRC的潜在标志物;  3、筛选出了一批用于诊断CRC和预测卡培他滨不良反应的潜在标志物,其预测效能、基因功能及关联网络需要进一步分析发掘。

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