基因关联分析中K-组合划分方法及其快速优化算法

代理获取

页面导航

目录
摘要
著录项
相似文献
相关主题

摘要

对于多个基因位点的高阶交互作用研究，经常会遇到参数维数高，然而样本量相对较小的问题。克服这个问题的一个方法是通过组合多位点基因型，将多个基因型合并成较少的类别，从而达到降维的目的。组合划分方法(CPM)、多因子降维法(MDR)等都属于这种方法。这些方法的一个共同特点是将高维基因型合并划分成K=2类，因而是最大限度的一种降维方法，但是对于多位点复杂的基因交互作用，划分成两类可能会丢失某些交互作用信息，因而合并基因型之后的统计检验可能会损失功效。本文提出并研究K-组合划分方法，并提出一种求解全局最优解的有序组合划分算法，该算法可将全局搜索的指数阶计算复杂度降低到线性阶。我们从理论上证明了所提出的有序组合划分方法得到的解，就是全局最优解，在logic回归框架下，通过模拟研究证实了所提方法的有效性和算法的高效性。

著录项

作者
张勤池;
展开▼
作者单位

中国科学技术大学;

展开▼
授予单位中国科学技术大学;
学科概率论与数理统计
授予学位硕士
导师姓名杨亚宁;
年度 2012
页码
总页数
原文格式 PDF
正文语种中文
中图分类算法理论;
关键词
Logic回归模型; 高阶交互作用; K-组合划分; 快速优化算法; 基因关联;

相似文献

中文文献
外文文献
专利

1. 基于K-均值聚类粒子群优化算法的组合测试数据生成 [J] . 潘烁 ,王曙燕 ,孙家泽 . 计算机应用 . 2012,第004期
2. 直接优化算法在快速交会组合变轨策略中的应用 [J] . 李萌 ,龚胜平 ,彭坤 . 载人航天 . 2017,第002期
3. 基于布谷鸟优化算法的全基因组关联分析 [J] . 黄毅然 ,钟诚 ,彭昱忠 . 广西大学学报（自然科学版） . 2017,第003期
4. CRTC3基因多态性及基因型组合与秦川牛生长性状的关联分析 [J] . 徐怀超 ,昝林森 ,王洪宝 . 畜牧兽医学报 . 2016,第011期
5. 牦牛Ihh基因组织表达分析、SNP检测及其基因型组合与生产性状的关联分析 [J] . 李天科 ,赵娟花 ,裴杰 . 畜牧兽医学报 . 2015,第001期
6. 基于K-均值的“教"与“学"优化算法 [C] . HUANG Xiangdong ,黄祥东 ,XIA Shixiong . 2015年全国开放式分布与并行计算学术年会 . 2015
7. 基于多目标蚁群优化算法的全基因组关联分析研究 [A] . 景鹏杰 . 2015

基因关联分析中K-组合划分方法及其快速优化算法

目录

摘要

著录项

相似文献

相关主题

期刊订阅