海雀稗SRAP-PCR分子标记体系优化及引物筛选

刘燕; 汪毅; 马晶晶; 史经昂; 王志勇; 刘建秀; 郭海林

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海雀稗SRAP-PCR分子标记体系优化及引物筛选

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以4个代表性海雀稗(Paspalum vaginatum)种质的叶片DNA为模板,采用L9 (34)正交试验设计,对影响海雀稗SRAP-PCR反应的Mg2+、dNTP、引物和TaqDNA聚合酶的用量进行了优化,并比较了不同浓度模板DNA对扩增的影响,以确定适合海雀稗的SRAP-PCR最佳反应体系.结果表明:海雀稗SRAP-PCR最佳反应体系为10×PCR buffer 1 μL、模板DNA50 ng、Mg2+ 2.5 mmol·L-1、dNTP150μmol·L-1、引物0.4μmol·L-1、TaqDNA聚合酶1.0U,总体积10 μL.利用该反应体系从100对引物中筛选出可扩增清晰条带的引物83对,在83对引物中选出多态性丰富的引物44对.SRAP-PCR反应体系的优化及引物筛选,为今后利用SRAP标记技术进行海雀稗遗传多样性研究、基因定位、遗传图谱的构建以及分子标记辅助育种提供技术支持.%L9 (34) orthogonal experiment design including four factors of Mg2+,dNTP,Primer,Taq DNA polymerase was applied to optimize SRAP-PCR amplification system of Paspalum vaginatum,and the influence of different concentration of template DNA on the amplification were compared.The optimization of SRAP-PCR reaction system in Paspalum vaginatum was established.The results showed that the optimal SRAP-PCR reaction system was 10×PCR buffer 1μL,template DNA 50 ng,Mg 2+2.50 mmol · L-1,dNTP 150 μmol · L-1,primer 0.4 μmol · L-1 and TaqDNA polymerase 1.5 U in 10 μL total reaction system,respectively.Eighty-three pairs of primers with stable amplification and legible bands were screened form 100 SRAP primers through this system.Forty-four pairs of primers with rich polymorphism among 4 tested materials were screened from 83 pairs of primers.Optimization of SRAP-PCR system and primers screening in Paspalum vaginatum will provide technical assistance for the evaluation of genetic diversity,molecular marker assisted breeding and linkage map construction of Paspalum vaginatum.

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来源
《草地学报》 |2016年第5期|1080-1086|共7页
作者
刘燕; 汪毅; 马晶晶; 史经昂; 王志勇; 刘建秀; 郭海林;
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作者单位

江苏省中国科学院植物研究所(南京中山植物园),江苏南京210014;

南京农业大学园艺学院,江苏南京210095;

江苏省中国科学院植物研究所(南京中山植物园),江苏南京210014;

江苏省中国科学院植物研究所(南京中山植物园),江苏南京210014;

江苏省中国科学院植物研究所(南京中山植物园),江苏南京210014;

海南大学农学院,海南海口570228;

江苏省中国科学院植物研究所(南京中山植物园),江苏南京210014;

南京农业大学园艺学院,江苏南京210095;

江苏省中国科学院植物研究所(南京中山植物园),江苏南京210014;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类分子遗传学;
关键词
海雀稗; SRAP标记; 正交实验; 体系优化; 引物筛选;

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