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猪产仔数的全基因组关联分析

         
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为筛选猪总产仔数和产活仔数性状关键SNP分子标记或候选基因,采用Illumina porcine 50K芯片对同一猪场186头加系大白猪能繁母猪开展了全基因组SNP扫描,后又对扫描结果进行了质量控制、Beagle填充和SNP基因型分型,结合这些试验猪的表型性状测定和群体结构分析结果,进行全基因组关联分析(GWAS)。群体结构分析结果表明,试验所用的加系大白猪样本未出现群体分层现象;在18对(36条)常染色体上一共得到36867个有效SNP标记,用于试验猪的GWAS分析。GWAS结果表明,这些加系大白猪所有胎次总产仔数共显著关联到2个SNP,分别为seq-rs323899658和seq-rs329781338,其中seq-rs329781338 SNP又注释到3个基因,分别为SSBP1、WEE2和KIAA1147。产活仔数共显著关联到7个SNP,分别为seq-rs81238474、seq-rs321377412、seq-rs340736313、seq-rs80782154、seq-rs81244816、seq-rs81467772和seq-rs329781338,这7个SNP中有5个SNP有基因注释,共注释到22个基因,分别为EphA1、TAS2R60、FAM131B、CLCN1、CASP2、TMEM139、TRBV21OR9-2、PRSS2、TRBV19、TRBV24-1、U6、SSBP1、WEE2、KIAA1147、NKX2-8、ALKBH3、HSD17B12、U6、HOMER2、WHAMM、FSD2和SCARNA15。候选基因GO功能和KEGG通路分析结果表明,这些基因GO功能中最显著的生物学过程为多生物过程的调控、分子功能为非跨膜/跨膜蛋白酪氨酸激酶活性,KEGG通路为错配修复。结合GWAS和基因功能注释结果,WEE2和EphA1基因可作为提高加系大白猪总产仔数和产活仔数的关键候选基因。

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