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猪黑皮质素受体1基因密码子偏好分析

         
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摘要

遗传密码子是生命信息的基本遗传单位，每种氨基酸对应1～6个同义密码子。特定物种在长期进化中形成了适应自身基因环境的密码子使用偏好。运用CHIPS、CUPS和CodonW程序分析猪黑皮质素受体1基因密码子偏好，并与牛、羊、小鼠、人等多种动物的黑皮质素受体1基因密码子偏好进行比较，以期为转基因动物育种提供依据。结果表明，猪偏好使用以C、G结尾的密码子（96．88％），且在整个编码区序列中G＋C含量（67．81％）大于A＋T（32．19％），该基因在猪体内表达水平很高（CAI＝0．849），并且发现，猪的密码子偏好性与牛、犬等动物类似，明显不同于鲀、雀、獾、大猩猩等动物。要实现目的基因在猪MC1R基因中进行定点整合并成功表达和尽可能地提高其表达量，需对目的基因的部分密码子进行改造。%Genetic codon is the basic hereditary unit of life information , and each amino acid is corresponding to 1~6 synony-mous codons.Specific organisms formed codon bias in long -term evolution to adapt their genetic environment .In this paper, the codon bias of MC1R gene in the pig was analyzed by Codon W , CHIPS and CUSP programs , and it was compared with that in vari-ous animals, such as cattle, sheep, mice, human etc., so as to provide a basis for transgenic animals breeding .The results showed that the pig preferred to use the codons ending with C and G (96.88%), the content of G+C (67.81%) was higher than that of A+T (32.19%) in the whole coding sequence , and MC1R gene in the pig had very high expression level (CAI=0.849).It was also found that the codon usage bias of the pig was similar to that of cattle , dog and so on , while it was obviously different from that of Takifugu rubripes, Taeniopygia guttata, Sarcophilus harrisii, Gorilla gorilla etc..In order to realize the site-specific integration of target gene into pig MC1R gene as well as its successful and high -efficient expression , the alteration of some codons should be conducted in target gene .

著录项

  • 来源
    《江西农业学报》 |2013年第9期|95-100|共6页
  • 作者

    肖红卫; 刘西梅; 郑新民; 华文君; 李莉; 张立苹; 毕延震; 华再东;

  • 作者单位

    湖北省农业科学院 畜牧兽医研究所、湖北省动物胚胎工程与分子育种重点实验室;

    湖北 武汉;

    430064;

    湖北省农业科学院 畜牧兽医研究所、湖北省动物胚胎工程与分子育种重点实验室;

    湖北 武汉;

    430064;

    湖北省农业科学院 畜牧兽医研究所、湖北省动物胚胎工程与分子育种重点实验室;

    湖北 武汉;

    430064;

    湖北省农业科学院 畜牧兽医研究所、湖北省动物胚胎工程与分子育种重点实验室;

    湖北 武汉;

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    湖北省农业科学院 畜牧兽医研究所、湖北省动物胚胎工程与分子育种重点实验室;

    湖北 武汉;

    430064;

    湖北省农业科学院 畜牧兽医研究所、湖北省动物胚胎工程与分子育种重点实验室;

    湖北 武汉;

    430064;

    湖北省农业科学院 畜牧兽医研究所、湖北省动物胚胎工程与分子育种重点实验室;

    湖北 武汉;

    430064;

    湖北省农业科学院 畜牧兽医研究所、湖北省动物胚胎工程与分子育种重点实验室;

    湖北 武汉;

    430064;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 猪;
  • 关键词

    家猪; 黑皮质素受体1基因; 密码子偏好; 聚类分析;

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