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甘薯基因组NBS-LRR类抗病家族基因挖掘与分析

         

摘要

NBS-LRR类基因家族是植物抗病R基因(Resistance gene)数量最多的一类,具有NBS(Nucleotide-binding site)和LRR(Leucine-leucine-repeat)结构域.甘薯(Ipomoea batatas)栽培种基因组已完成测序,但尚未注释,本研究对甘薯基因组序列进行外显子预测,得到甘薯染色体组全基因组蛋白序列,在此基础上进一步对NBS-LRR家族基因鉴定和分析表明,甘薯基因组中含有379个NBS-LRR家族基因,占全基因组基因总数的0.212%,其中N型亚家族120个,NL型103个,CNL型133个,TNL型22个,PN型1个.所有染色体上均有NBS-LRR家族基因分布,但数量明显不同,其中有60.9%的NBS-LRR基因序列呈簇状分布.NBS-LRR基因序列有15个保守结构域,在N端较为保守.研究结果为甘薯进一步开展NBS-LRR家族基因的功能研究和抗性育种提供了参考.

著录项

  • 来源
    《作物学报》 |2020年第8期|1195-1207|共13页
  • 作者单位

    福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室 福建福州 350002;

    福建农林大学农学院 福建福州 350002;

    福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室 福建福州 350002;

    福建农林大学农学院 福建福州 350002;

    福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室 福建福州 350002;

    福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室 福建福州 350002;

    福建农林大学农学院 福建福州 350002;

    福建农林大学农学院 福建福州 350002;

    福建农林大学植物保护学院 福建福州 350002;

    福建农林大学生命科学学院 福建福州 350002;

    福建农林大学生命科学学院 福建福州 350002;

    福建农林大学生命科学学院 福建福州 350002;

    福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室 福建福州 350002;

    福建农林大学农学院 福建福州 350002;

    福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室 福建福州 350002;

    福建农林大学生命科学学院 福建福州 350002;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类
  • 关键词

    甘薯; NBS-LRR; R基因; 基因家族; 生物信息学;

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