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基于高密度遗传图谱对水稻粒形QTL定位及分析

         
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通过对水稻粒形相关性状进行QTL定位和不同位点的聚合效应分析,为后续辅助育种、粒形相关基因的精细定位奠定基础。在3个不同的季节种植籼稻品种魔大穗与航恢315的192个重组自交系群体,根据全基因组重测序技术构建的高密度遗传图谱,利用完备区间作图法(inclusive composite interval mapping,ICIM)定位水稻粒形性状QTL,并用复合区间作图法(CIM)对结果进行验证。对粒长、粒宽、长宽比、千粒重、谷粒截面积、谷粒周长进行QTL定位, ICIM法和CIM法分别检测到65个和81个QTL,其中有40个QTL能同时被检测到,成簇分布于2号、3号、5号、7号、8号、9号染色体上。将其归类为6个QTL簇,其中Loci5、Loci7、Loci9能被重复定位到,且控制至少4个性状,表型贡献率最高分别为15.74%、54.07%、15.89%,这些位点是后续基因功能研究的候选位点。根据bin标记分型结果将不同子代在各个QTL区间分为航恢315型和魔大穗型,在重组自交系后代进行聚合效应分析。经处理及数据分析发现聚合增效等位基因数量越多的个体,其在不同环境对应的表型值也越高。鉴定到携带多个增效等位基因的株系,可作为育种实践中增效等位基因的供体亲本。

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