• 主题
高级搜索  >
历史搜索 清空历史
首页> 中文期刊> 《物理化学学报》 >多巴胺第三受体蛋白三维结构及其活性位点氨基酸残基

多巴胺第三受体蛋白三维结构及其活性位点氨基酸残基

         
页面导航
  • 摘要
  • 著录项
  • 相似文献
  • 相关主题

摘要

基于牛视紫红质模板蛋白,同源模建多巴胺第三受体(D3R)蛋白三维结构,在1-棕榈酰-2-油酰-卵磷脂(POPC)膜-水模型环境,开展300 ns分子动力学模拟提炼优化其结构,取得稳定的D3R蛋白三维结构(2B08-D3R).在该蛋白基础上,采用MP2/6-31G(d,p)方法,计算多巴胺(Dop)与氨基酸残基相互作用的结合能,确定五个残基(Asp117、Ser208、His272、Phe269和Thr276)为活性位点.五个活性位点残基分别位于D3R蛋白跨膜螺旋区TM3、TM5和TM6,组成活性空腔结构.多巴胺分子以其苯基平面与TM2-TM7包围的圆柱体空腔平行和非共价键结合方式保留在D3R蛋白中,与D3R蛋白结合能Eb为-97.8 kJ· mol-1.基于3PBL D3R突变体晶体结构,构建了另外一个含有多巴胺分子的D3R蛋白结构(Dop-3PBL-D3R),确定在该蛋白结构中,多巴胺的活性位点氨基酸是Asp83、His272、Phe269、Phe268和Trp265.在该蛋白结构中,多巴胺分子同样以其苯基平面与TM2-TM7包围的圆柱体空腔平行和非共价键方式结合,与该蛋白相互作用的结合能是-80.5 kJ·mol-1.%The dopamine 3-subtype receptor (D3R) is a promising therapeutic target for the development of new drugs. Using rhodopsin as a template protein, we report homology modeling of a complete D3R structure including dopamine (Dop) in an environment of a 1-palmitoyl-2-oleoylsn-glycero-3-phospha-tidyl-choline (POPC) explicit lipid bilayer and water. A 300 ns molecular dynamics (MD) simulation was performed to obtain a stable three-dimensional structure for D3R (2B08-D3R) based on five residues (Asp117, His272, Phe269, Ser208, and Thr276), and these were validated as active sites for the binding of dopamine to the D3R protein by the binding energies (￡b) calculated using MP2/6-31G(d,p) between Dop and each of the residues within 0.6 nm of Dop. The five key residues are locating on TM3, TM5, and TM6within the D3R helical regions, respectively, forming an active pocket for the binding of Dop to the D3R protein. The phenyl plane of Dop is parallel to the cylinder space formed by the TM2-TM7 helical regions when it bonds non-covalently to the D3R protein. The value of Eb between the Dop and D3R protein is -97.8 kJ ·Mol-1, which explains why dopamine is easily assimilated into the D3R protein and departs from it as a nerve material and a signal transducer. Using the crystal protein structure of mutated D3R (code: 3PBL) we built another D3R protein structure including dopamine (designated Dop-3PBL-D3R) and identified five residues (Asp83, His272, Phe269, Phe268, and Trp265) as the active sites for the binding of Dop. The phenyl plane of Dop is also parallel to the cylinder space that is formed by the TM2-TM7 helical regions when it binds non-covalently to the Dop-3PBL-D3R protein with an Eb of -80.5 kJ · Mol-1 between them.

著录项

  • 来源
    《物理化学学报》 |2011年第10期|2432-2446|共15页
  • 作者

    金毅; 王悦; 卞富永; 史强; 葛茂发; 王树; 张兴康; 徐四川;

  • 作者单位

    云南大学化学科学与工程学院,自然资源药物化学教育部重点实验室,昆明650091;

    云南大学化学科学与工程学院,自然资源药物化学教育部重点实验室,昆明650091;

    云南大学化学科学与工程学院,自然资源药物化学教育部重点实验室,昆明650091;

    中国科学院化学研究所,北京分子科学国家实验室,分子动态与稳态结构国家重点实验室,北京100190;

    中国科学院化学研究所,北京分子科学国家实验室,分子动态与稳态结构国家重点实验室,北京100190;

    中国科学院化学研究所有机固体重点实验室,北京100190;

    中国科学院化学研究所,北京分子科学国家实验室,分子动态与稳态结构国家重点实验室,北京100190;

    云南大学化学科学与工程学院,自然资源药物化学教育部重点实验室,昆明650091;

    中国科学院化学研究所,北京分子科学国家实验室,分子动态与稳态结构国家重点实验室,北京100190;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 结构化学;
  • 关键词

    从头计算; D3R; 3PBL; 活性位点; 分子动力学模拟; 同源模建;

相似文献

  • 中文文献
  • 外文文献
  • 专利
获取原文

客服邮箱：kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备：11010802029741号 ICP备案号：京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有

  • 客服微信

  • 服务号