同源模建

摘要： 【目的】利用猪肾上皮细胞15(PK15)建立系统的猪白细胞抗原1(SLA-1)抗原表位筛选系统。【方法】提取PK15细胞总RNA,设计特异性引物,应用RT-PCR方法扩增SLA-1基因(SLA-1*PK15),将该基因克隆到pMD18-T载体上,并进行双酶切及测序鉴定;利用DNAMAN 5.2.2、Mega 5.0、Multalin及同源建模进行系统进化树、二级结构、三级结构分析。【结果】RT-PCR扩增获得约1400 bp条带,质粒提取和酶切鉴定结果表明SLA-1成功插入pMD18-T载体;测序结果证实该基因共1419 bp,其中2-1087 bp为编码区,共编码361个氨基酸,信号肽为21个氨基酸,符合SLA-1基因特征。进化树分析结果显示,SLA-1*PK15与SLA-1*wxd(中国梅山猪)和SLA-1*0401(中国巴马小型猪)进化关系最近,而与SLA-1*lr02(丹麦长白猪)及SLA-1*0509(中国西藏野猪)进化关系较远。胞外区氨基酸比较分析表明,PK15细胞SLA-1基因与其他SLA-1基因胞外区主要变异位点存在于α1区和α2区,α3区的变异位点较少,无特征性氨基酸变异位点。PK15细胞SLA-1蛋白的二级结构主要以α-螺旋和β-折叠为主。同源建模结果显示,SLA-1蛋白具有SLA classⅠ典型的三级结构,α1区和α2区构成抗原多肽结合区。【结论】SLA-1基因稳定存在于PK15细胞,PK15细胞具有作为SLA-1抗原表位筛选系统的潜在应用价值。

摘要： TRPM8通道的温度感知等生理功能依赖于正常的门控,但现有晶体结构中S6跨膜螺旋C末端形成的门控结构存在氨基酸缺失,所以其门控特性未能揭晓.本文基于已有的晶体结构和AlphaFold算法构建了11个完整不同构象的TRPM8通道,发现其S6跨膜螺旋C末端构成的门控存在回环和螺旋2种构象.在回环构象中,多个氨基酸参与形成阻碍离子通透的孔道区;而在螺旋构象中,仅有关键氨基酸V956发挥门控作用.由于回环构象的柔性大于螺旋构象,导致回环构象参与阻碍离子通透的关键氨基酸构象和数量变化多样.二级结构预测与模建结果表明,S6跨膜螺旋C末端存在回环构象向螺旋构象的转变,此过程中柔性的回环构象结构域向胞外侧上移,关键氨基酸向孔道衬外扭转,增强了与相邻跨膜螺旋S5的相互作用以及S5与TRP螺旋之间的相互作用,进而形成刚性、稳定且有序的螺旋构象.这增加了TRPM8通道各结构域间的协同性,使能量信息更高效地传递到门控结构域,为TRPM8通道开启蓄势.

摘要： 对嗜热酸性III型普鲁兰水解酶TK-PUL保守基序中非保守氨基酸残基进行定点突变,通过比较TK-PUL与突变体的酶学性质,确定保守基序中关键氨基酸残基对其催化性质的影响。TK-PUL保守基序II中I500W位点变化不影响其最适反应pH值、pH值稳定性、最适反应温度、热稳定性,但使其α-淀粉酶活性和普鲁兰酶活性均明显降低。动力学常数测定结果显示,突变体I500W以麦芽三糖为底物的k_(cat)/K_(m)值基本不变,以异潘糖为底物的k_(cat)/K_(m)值约为TK-PUL的64.78%。结果表明,TK-PUL保守基序II中第500位氨基酸残基Ile对其水解糖苷键的偏好性起到重要作用。TK-PUL中I500W位点变化不影响其α-1,4-糖苷键水解活性,但使其α-1,6-糖苷键水解活性明显降低。本研究有助于深入理解TK-PUL的双功能催化机制,也可为TK-PUL的分子改造提供理论依据和设计思路。

摘要： 目的 从抑制病毒感染不同靶点的选择性、调控机体免疫因子的角度出发,系统研究扶正避瘟方预防新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染的物质基础及分子机制.方法 采用计算机辅助药物设计中的同源模建、分子对接等方法,对扶正避瘟方中各药味的化合物进行基于分子对接的虚拟筛选.运用靶点反向预测及其KEGG通路,分析方中健脾药白术对机体抵御病毒的潜在靶点和分子机制,并进行分子对接验证.结果 扶正避瘟方中阻断SARS-CoV-2入侵的活性成分有84个,连翘、生姜、荷叶、黄芪对SARS-CoV-2感染具有针对性阻断作用.对不同冠状病毒阻断机制的差异性分析显示,荷叶对SARS-CoV的选择性高于SARS-CoV-2,生姜则对SARS-CoV-2更具针对性.白术缺乏直接阻断成分,但白术内酯Ⅲ、苍术酮和茅苍术醇等与免疫靶点大麻素受体2(CB2)有较强的潜在结合能力.结论 扶正避瘟方中连翘、荷叶的单体成分连翘脂苷A、(-)-儿茶素、熊竹素等可作为潜在抗病毒成分进一步开发,白术中的白术内酯Ⅲ等可能通过结合免疫靶点CB2发挥免疫调控作用.

摘要： 离子型GABA受体是杀虫剂的重要靶标之一.以人GABA受体为模板同源模建了黑腹果蝇GABA受体的三维结构,通过药效团模型和分子对接方法对小分子数据库进行了虚拟筛选,结合对接模式发现了 6个GABA受体拮抗剂苗头化合物,为靶向GABA受体新型杀虫剂的设计和开发提供了重要信息.

摘要： 【目的】松针鞘瘿蚊是近几年新发现入侵我国的林业有害生物,已经在山东省青岛市黄岛区造成了以黑松为主的沿海防护林大面积衰弱枯死。作为新入侵种对于松针鞘瘿蚊的防控基础研究极为薄弱,为了研发有效的防控技术,尽快遏制该虫的严重危害,避免进一步扩散,本文从松针鞘瘿蚊的寄主识别机制出发,以期开发针对性的引诱剂来进行监测诱杀。【方法】本研究基于松针鞘瘿蚊触角转录组数据筛选到的气味结合蛋白TjapOBP1的序列,通过同源模建的方法,得到了蛋白三维结构模型,利用Procheck、Verify_3D和ERRAT程序评估模型的可靠性。通过AutoDock软件将TjapOBP1与黑松针叶挥发物中测得的67种气味分子进行分子对接。【结果】同源模建结果显示,模建蛋白的氨基酸有95.5%落在最佳合理区,83.3%的氨基酸评分大于0.2,模建结构的误差值在73.2%,这表明此次构建的松针鞘瘿蚊气味结合蛋白TjapOBP1三维模型有很高的可靠性。分子对接结果显示,β-月桂烯与TjapOBP1的结合效果最好,结合能为−5.26;另外,2,6-二甲基辛-1,5,7-三烯-3-醇、乙酸橙花酯、桧烯、乙酸薰衣草酯和1-异丙基-4-亚甲基二环[3.1.0]己-2-烯,这5种化合物与TjapOBP1的结合能依次升高,但均在−5.0以下。上述6种化学物质均有可能是能够被松针鞘瘿蚊TjapOBP1识别并结合的气味物质。【结论】三维结构模型的构建,为进一步研究松针鞘瘿蚊OBP的功能奠定基础。分子对接初步筛选了可能与TjapOBP1特异性结合的寄主挥发物,从而为引诱剂的开发提供支撑。

摘要： 在吉马烯A合酶的催化作用下,法尼基焦磷酸(farnesyl pyrophosphate,FPP)可生成抗癌药物β-榄香烯.为了提高β-榄香烯的产量,采用分子模拟和对接的方法,分析吉马烯A合酶活性位点的关键氨基酸,以期获得酶活高、产物单一的吉马烯A合酶.以加拿大一枝黄花(Solidago canadensis)中吉马烯A合酶(GenBank:AJ304452.1,Sc-GAS)为优化对象,首先,使用MODELLER 9.2、InsightⅡ的Lib Dock、Calculate Mutation Energy、Build Mutants等程序对其进行同源模建、分子对接及虚拟突变体的构建,然后基于SNAP2饱和诱变及氨基酸的ConSurf分析氨基酸的改变对吉马烯A合酶功能的影响.研究结果表明,有23个氨基酸对吉马烯A合酶的活性有重要作用,有4组单突变能增强吉马烯A合酶的热稳定性及与FPP结合的亲和力.

摘要： 目的：构建人类CCR4受体的三维结构并分析其活性位点。方法：采用同源模建方法构建人类CCR4受体的三维结构，采用Discover进行能量最小化。采用Profiles-3D残基兼容性检测软件、Modeller下的Dope打分以及NIH的SAVS方法对CCR4蛋白的三维结构的合理性和可信度进行评估。采用进化痕迹和相关突变分析两种方法对模建蛋白进行活性位点分析。结果：构建了人类CCR4受体的三维结构，并确定了CCR4受体的关键氨基酸主要分布在N-端和跨膜区TM3、TM6、TM7，胞内区为活化位点。结论：通过同源模建法构建的人类CCR4受体的三维结构合理、可靠。

摘要： 东亚钳蝎（Buthus martensii Karsch, BmK）抗神经兴奋活性肽（anti-neuroexcitation peptide II precursor, ANEPII）是作用于钠离子通道的一种重要长链蝎毒。本文通过同源模 建的方法运用Modeller9v1软件构建BmK ANEPII 三维结构模型，运用Sybyl6.91软件包对初始模型进行分子力学和动力学优化，用Procheck对模建结构进行合理性验证，最终获得最优的同源模建三维结构。与同源性较高的蝎长链镇痛活性肽进行一级结构及空间结构比对，初步预测活性位点及活性区。位点主要包括：4对二硫键、保守的芳香族氨基酸及Site C 区。为进一步研究BmK ANEPII结与镇痛活性之间的关系提供理论支持。

摘要： 采用同源模建方法构建了太平洋折翅蠊AST受体(dippu-AstR2)的三维结构。Procheck检测表明,评价最好的模建结构中氨基酸主链二面角的允许分布区域在99.6％以内。选取Dip-AST5及类似物分别与模建的AST受体三维结构进行分子对接，结果表明：多肽分子在活性腔内的结合方式大致相似,特别是三个重要的氨基酸Y、F和L，在活性腔内的对应位置叠合较好。

摘要： 基于牛血清白蛋白（BSA）和人血清白蛋白（HSA）的高序列同源性，以HSA 与血红素（heme）的复合物（1n5u）为模版，采用DS Modeling1.1 模拟软件，完成了BSA 的同源模建，其高级结构呈心形，由三个相似的结构域组成，每一结构域由10 个螺旋片段构成，分子中共有17 对二硫键，二级结构主要为为α-螺旋，占67﹪。

摘要： 蛋白质结构相互连接相互作用的性质,对蛋白质结构的同源模建产生较大困难,本文提出一种基于图论的最大团算法来克服这个困难.用氨基酸序列中残基的构象代表图中一个点,根据蛋白质结构中侧链原子与主链原子间的相互作用给每个点赋权,图中每条边连着一对残基,边的权值由两顶点间相互作用决定,由此构建了一个完全图.这样本文提出基于图论的最大团算法,寻找具有最优值的团,它们代表了残基之间的最佳匹配,这种算法可用在同源蛋白质结构的预测中.

摘要： 甘露糖-6-磷酸盐异构化酶是催化果糖-6-磷酸互相转化的异构化酶.以磷酸甘露糖异构化酶(MPI)的晶体结构为模板对甘露糖-6-磷酸盐异构化酶的三维结构进行了同源模建,并在此基础上进行分子力学和分子动力学模拟,得到优势能量构象.研究表明甘露糖-6-磷酸盐异构化酶的二级结构含有13个α螺旋和18个β折叠.

摘要： 蛋白质的三级结构预测可通过同源建模、反向折叠和从头预测等方法进行,但同源建模是应用最为广泛的方法.SWISS-MODEL是一个免费的蛋白质同源模建服务器.通过对比多个与μ阿片受体同属G蛋白偶联受体的视紫红质蛋白序列,选择以同源性最高的牛视紫红质蛋白1F88为模板,基于SWISS-MODEL模建了μ阿片受体的三维结构并预测了二级结构.模型的可靠性经Ramachandran图和ProTable验证,并进行了平均疏水性分析,结果表明模建的结果是合理的,为合理设计μ阿片受体的激动剂和拮抗剂提供依据,进一步指导了药物分子设计.

摘要： 研究发现双酚A等9种酚类化合物影响体外淋巴细胞增殖率的实验呈现特殊倒U型非单调剂量-效应关系,为探索其可能的生化机制,本文采用同源模建方法建立芳烃受体配体结合区的结构,基于分子对接分别模拟分析了这9种酚类化合物和雌激素受体、雄激素受体、甲状腺素受体、一种芳烃受体相似蛋白以及模建的芳烃受体的结合能以及作用模式,采用半经验分子轨道法计算了酚类化合物的分子描述符,分别建立了低剂量和高剂量范围内化合物性质与决定性生物活性指标的定量构效关系模型。发现非单调剂量效应曲线的形成源于高低剂量效应机制的差异,在低剂量时雌激素受体的介导起主要作用,促进淋巴细胞增殖,而在高剂量时化合物表现出一定的急性毒性机制,抑制了淋巴细胞的增殖,不同的剂量范围分别有不同的毒理学机制占主导地位。

摘要： 芳香烃受体(AhR)是一种由配体激活的转录因子,属于碱性螺旋-环-螺旋(basic helix-loop-helix)超家族中的PAS亚家族,它能够介导芳香族化合物等环境污染物的毒性作用,但是,蛋白质数据库(PDB)中尚无AhR的结构信息。 本文采用同源模建的方法,构建了AhR配体结合区的三维模型,并利用分子对接的方法识别AhR配体结合区和芳香族化合物结合的氨基酸残基,为涉及AhR介导的有机污染物毒性预测和毒理研究提供了必要的依据。

摘要： 本发明公开了一种基于同源曲线的后量子密码学的高吞吐率模乘器及其相应的模乘方法。所述模乘器主要包括乘法模块，约减模块以及后处理模块。其中，乘法模块通过Karatsuba等方法减少乘法器数量。约减模块使用资源消耗更少的常数乘法器和并行化策略。后处理模块通过对加法器进行并行化处理同时提前计算好常数参数进行优化。因此，综上所述，本发明的模乘器具有高吞吐率的特点。另外，本发明公开的模乘方法为基于非常规基数的素数形式，使用优化的巴雷特约减方法，比传统的蒙哥马利表示方法有更快的计算速度。综上，本发明为目前的基于同源曲线的后量子加密学的加密方案提供了一种有效的模乘器架构和模乘方法。

摘要： 本申请公开了一种用于获取同源密码的模乘结果的运算装置，包括数据获取单元、数据处理单元、乘加单元、约简单元以及后处理单元，数据获取单元被配置为获取待处理的有限数域Fa和Fb，乘加单元被配置为对所述有限数域Fa和Fb执行乘加计算，得到乘加计算结果Fc，约简单元被配置为对所述乘加计算结果Fc执行约简计算，得到约简结果，后处理单元被配置为对所述约简结果执行后处理操作，得到模乘结果。通过并行计算约简结果，提升运算速度，降低运算延时，解决现有运算装置延时高、运算速度过慢的问题。

摘要： 本发明属于建筑施工工程技术领域，公开了一种有模建墙机器人、控制方法、建筑施工设备，包括底盘，以及对机器人行走路线的障碍物进行检测的避障模块，用于通过六轴机械臂带动浇筑模具及浇筑口进行位置移动的机械臂，用于辅助有模建墙机器人实现精准定位，实现对建造盲区的自动化作业的辅助升降建造机器人。本发明中的底盘具有移动功能，通过移动机构带动该设备进行运动，可运动至对应的作业位置处，灵活性好；设置有机械臂及其上面搭载的建墙模具及浇筑口，模具可在浇筑过程中跟随机械臂滑动，确保浇筑过程持续有模状态以保证墙体平整；模具可根据建墙需求旋转，调整，具有模具切换功能，实现全方位建墙无盲区。

摘要： 本实用新型提供了一种建筑工程房建施工用吊模装置，包括沿周向间隔设置的四个L形侧板，在各L形侧板之间可拆卸设有连接板，各L形侧板与各连接板配合构成模框；在L形侧板的其中一个端部设有第一插块，在L形侧板的另一个端部设有第一插槽；在连接板的其中一端设有与第一插块相适应的第二插槽，在连接板的另一端设有与第一插槽相适应的第二插块；第一插块活动插入第二插槽内，在连接板上设有与第一插块相适应的第一限位固定组件；第二插块活动插入第一插槽内，在L形侧板上设有与第二插块相适应的第二限位固定组件；本实用新型结构简单，可快速进行拼装、拆卸，并可根据需求对大小进行调节，操作便捷，使用效果较好。

摘要： 本实用新型属于建筑施工技术领域，尤其为一种房建用可调高度的铝模爬架，包括底部支撑底座，所述底部支撑底座两侧均安装有支撑方管，所述支撑方管顶部安装有延伸支撑板，所述延伸支撑板一侧顶部安装有顶部支撑底座，所述底部支撑底座四端面和顶部支撑底座四端面均等距开设有连接卡孔。通过支撑方管、延伸支撑板、第一限位卡孔、第二限位卡孔和限位螺栓的配合使用，可以在铝模爬架搭建的过程中对各层之间进行支撑，通过调节支撑方管与延伸支撑板之间的间距，可以对铝模爬架搭建过程中各层之间的使用间距进行调整，使的铝模爬架各层之间的使用间距能满足实际施工需求，有利于提高铝模爬架的使用性能。

摘要： 本实用新型提供一种用于多样化组装建筑工程房建施工用吊模的构件组合，包括L形板和连接板，L形板的两端和连接板的两端均分别设置有可以相互插接的插块和插槽，插块和插槽插接后可以通过限位固定组件进行限位固定，从而L形板和L形板、连接板和连接板、L形板和连接板均可相互连接，使用时可以根据需要相互拼接成所需的建筑工程房建施工用吊模，运输时又可拆开运输。本实用新型的用于多样化组装建筑工程房建施工用吊模的构件组合便于运输，能够因地制宜进行建筑工程房建施工用吊模的组装，组装灵活，使用方便，设计巧妙，结构简洁，制造简便，成本低，适于大规模推广应用。

摘要： 本实用新型提供一种房建铝模爬架用物品吊运装置，包括底座板，支脚，齿轮，第一减速器，第一电机，转向柱，组装台，第二减速器，第二电机，支板，缠绕筒，PLC，控制开关，支撑顶紧座结构，调节支撑臂结构，滑轮，钢丝绳和吊钩，所述的底座板下端的四周和中间部位前后两侧均焊接有支脚；所述的齿轮均镶嵌在转向柱的外壁上和与第一减速器轴接；所述的第一减速器螺栓安装在底座板上表面的右侧，且第一减速器的前端螺栓安装有第一电机；所述的转向柱一端与组装台螺栓连接，另一端与底座板通过轴承连接。本实用新型支撑顶紧座结构的设置，对钢丝绳进行紧固限制。

摘要： 本实用新型属于建筑高支模设备技术领域，尤其为一种房建土建工程中的高支模，包括垫板，垫板上端设置有底座，底座与垫板固定连接，底座上端设置有立杆，立杆与底座固定安装，立杆上端设置有主龙骨，主龙骨与立杆固定安装，立杆外侧壁设置有三通扣，三通扣与立杆插接，三通扣下端设置有紧固环，紧固环与立杆插接，立杆两侧设置有卡槽，三通扣内部设置有横杆，横杆与三通扣插接，横杆上端设置有纵杆，纵杆与三通扣插接，紧固环内部贯穿设置有紧固槽，紧固槽内壁两侧设置有卡块。本实用新型通过设置三通扣、紧固环、卡块、螺栓，提高了本实用新型的稳定性；通过设置底座、垂直感应器、警报器，提高了本实用新型的警报效果。

摘要： 本实用新型公开了一种3D模建全景投放装置，包括投放主体，所述投放主体底端的四个拐角处均安装有支撑脚，所述投放主体一端的一侧设置有防尘结构，所述投放主体底端设置有安装结构，所述安装结构的底端设置有支撑杆，所述槽体设置于投放主体内部的一端，所述槽体的内部活动连接有握杆，所述握杆内部的两侧均安装有滑杆，所述握杆的外部安装有胶套。本实用新型通过设置有携带结构，该投放装置使用的过程中会对投放装置进行一个搬运移动，使用时可以利用握杆对该投放装置进行一个拎起动，后对该投放装置进行一个搬运移动，实现了该投放装置便于携带进行移动，使用效果更好，大大的提高了该投放装置移动的便捷性。

摘要： 本实用新型涉及房建吊运技术领域，具体为一种房建铝模爬架用物品吊运装置，包括支撑架，所述支撑架的上端固定安装有旋转电机，所述旋转电机的输出端固定安装有收卷筒，所述收卷筒的外表面缠绕有连绳索，所述连绳索的下端固定安装有支撑平台，所述支撑平台的形状呈三角形体，所述支撑平台的三角均滑动插装有支撑柱，本实用新型的有益效果是通过设置支撑平台和支撑柱，在套筒和连接板的相互配合下，使得支撑平台再被放置到地面的时候能够保持水平的状态，从而使得物品在被放置到支撑平台上端的时候不会发生倾斜，在对液体物品进行吊运的时候，有利于保证液体物品的完整性，避免对液体物品造成浪费，同时也能够保证物品在吊运时的稳定性。