分子对接

摘要： 采用网络药理学和分子对接技术,探索半边莲治疗新型冠状病毒肺炎主要活性成分、靶点及通路,以期阐述其作用机制。采用TCMSP数据库获得半边莲化学成分及对应作用靶点基因,并用Uniprot数据库校正靶点信息得到靶点对应的标准基因名;检索GeneCards和OMIM等数据库获得新型冠状病毒肺炎的相关靶点基因;取两者的交集,得到半边莲作用于新型冠状病毒肺炎的预测靶基因;使用Cytoscape3.8.0软件构建“药物-成分-疾病-靶点”可视化交互网络;运用String数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;通过Metascap数据库对交集基因进行基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;使用Discovery Studio软件对药物活性成分与疾病靶点蛋白进行分子对接验证。通过筛选,最终得到半边莲的活性成分16个,作用靶点183个,COVID-19靶点基因1730个,其中64个与药物密切相关。得到关键有效成分槲皮素、木樨草素、山柰酚、刺槐黄素、金圣草黄素等,关键靶点蛋白IL6、TNF、AKT1、VEGFA、IL1B等。KEGG通路分析其共同靶点主要富集于寄生虫、真菌、病毒感染引起的疾病,以及免疫和炎症等相关的通路上。分子对接结果显示:半边莲中的潜在活性成分与SARS-CoV-23CL水解酶和ACE2有较好的亲和作用。该项研究初步预测:半边莲可通过多靶点、多通路从抗病毒、抗炎、调节免疫功能等方面对COVID-19发挥潜在的防治作用。

摘要： 背景:参苓白术散是健脾祛湿的代表方之一,具有良好的抗炎及免疫调节效应。近年来课题组在临床实践中发现对早、中期膝骨关节炎患者使用参苓白术散疗效颇丰,但具体的分子机制尚不明确。目的:通过网络药理学和分子对接探究参苓白术散治疗膝骨关节炎的药理学机制。方法:使用TCMSP和TCMID数据库搜集参苓白术散活性成分及其作用靶点,使用GenneCards和OMIN-NCBI数据库获取膝骨关节炎靶点,使用STRING与Cytoscape构建药物-活性化学成分-核心靶标网络与PPI蛋白网络互作分析,并进行GO及KEGG分析,使用AutoDockTools将重要活性成分与核心靶点进行分子对接预测。结果与结论:①共筛选出参苓白术散活性药物化学成分109个,主要成分包含木犀草素、山奈酚和β-谷甾醇等;②其中与疾病交集靶点97个,核心靶点为PTGS2,CASP3,AKT1,MAPK1,MAPK8,TP53和EGFR等;③分子对接结果可见,山奈酚及β-谷甾醇可靶向调控CASP3,AKT1,PTGS2;④GO分析得出苓白术散治疗膝骨关节炎的机制中主要涉及氧化应激、脂多糖、营养水平、肌肉细胞增殖及氧水平等生物过程;⑤KEGG分析结果显示,PI3K-Akt、肿瘤坏死因子、白细胞介素17和Th17细胞通路为苓白术散治疗膝骨关节炎的主要的信号通路;⑥上述结果证实,参苓白术散中木犀草素、山奈酚及β-谷甾醇等活性成分可通过抑制炎症、调控凋亡及降低氧化应激等作用治疗膝骨关节炎。

摘要： 背景:桃红四物汤已成为中医临床使用最广泛的活血化瘀方剂之一,也是异病同治的典型方剂.但是中药复方化学成分复杂,临床疗效的表现是其多成分、多靶点、多途径的协同作用;网络药理学的整体性、系统性和注重药物间相互作用的特点与中医药学的基本特点相吻合.运用网络药理学与生物信息学阐述经典名方与疾病可能潜在的成分-靶点-通路-疾病之间的关联,是该方剂现代应用中亟待探究的关键问题.目的:运用网络药理学、生物信息学和分子对接方法,基于异病同治的思想,探讨桃红四物汤治疗类风湿性关节炎和骨关节炎的分子机制.方法:利用GEO数据库筛选与类风湿性关节炎和骨关节炎作用的靶点,运用Cytoscape对化合物-靶点网络可视化,DAVID数据库进行GO、KEGG富集分析,并对核心靶点进行分子对接.结果 与结论:筛选出有效化合物44个;与类风湿性关节炎和骨关节炎相关的靶点201个;GO、KEGG分析主要与AGE-RAGE,MAPK,IL-17等信号通路相关;通过分子对接验证实验可知,桃红四物汤可能主要通过常春藤素、芍药苷、β-胡萝卜素、豆甾醇等有效化合物发挥治疗类风湿性关节炎和骨关节炎的作用.说明桃红四物汤治疗类风湿性关节炎和骨关节炎是通过IL-17信号通路、AGEs/AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、MAPK信号通路、Toll样受体信号通路等信号通路,促使促凋亡和抗凋亡信号之间的平衡,减少炎症细胞因子的分泌,从而延缓或改善骨关节软骨的退变,为桃红四物汤治疗类风湿性关节炎和骨关节炎作用机制的方法研究提供了新思路和新方法.

摘要： 目的 利用网络药理学和生物信息学方法对隐丹参酮(CTS)抗非小细胞肺癌(NSCLC)的机制进行较为全面的探讨.方法 以CTS为研究对象,使用TCMSP数据库、Swis-sTargetPrediction以及PharmMapper靶点预测平台收集CTS相关靶点;使用OMIM数据库、GeneCards数据库以及TCGA数据库收集NSCLC相关靶点;使用String数据库以及Cyto-scape软件构建交集靶点的PPI网络图,并筛选出核心靶点,用AutoDock Vina进行分子对接验证;运用R语言的cluster-Profiler包对交集靶点进行GO和KEGG富集分析;使用Cy-toscape软件构建"CTS-交集靶点-KEGG通路"网络.结果 得到交集靶点75个,主要涉及信号传导、磷酸化与去磷酸化、细胞凋亡与血管调节等多种生物过程,CTS主要通过胰腺癌、大肠癌、癌症途径、JAK-STAT信号通路、细胞凋亡以及自然杀伤细胞介导的细胞毒性等通路发挥其抗NSCLC作用.结论 CTS通过多靶点、多通路来发挥其抗NSCLC作用,为其进一步深入研究提供了理论上的支持.

摘要： 目的 基于网络药理学探讨川芎治疗紧张型头痛的作用靶点及信号通路,明确其疗效机制.方法 从TCMSP中检索出川芎中的有效活性成分,收集其靶点;通过GeneCards数据库收集紧张型头痛相关的疾病靶点,取与药物靶点重复的靶点作为关键靶点,使用Cytoscape构建"药物-有效成分-靶点-疾病"网络,利用String数据库构建蛋白互作网络;通过R语言进行GO功能与KE GG通路富集分析.最后利用分子对接初步验证.结果 最终获得7个有效成分,105个药物靶点,2139个疾病靶点.蛋白互作网络共54个节点.GO功能富集分析得到215个条目,KEGG通路富集分析得到68条信号通路.分子对接显示FA、洋川芎醌、谷甾醇、川芎哚等成分与CASP3、MAPK1、MAPK14等靶点有较强亲和能力.结论 川芎可能通过抗炎、抗氧化及细胞保护作用对紧张型头痛发挥治疗作用.

摘要： 目的 从网络药理学的层面观察二至天癸方对于女性不孕症的干预机制,为高龄女性不孕症的中医药治疗提供系统生物学信息和基础.方法 基于网络药理学,检索二至天癸方的主要化学成分及作用靶点,分析其生物学通路,并采用分子对接技术预测其结合活性.结果 筛选出活性成分159种,对应靶点283个,女性不孕症相关疾病靶点1078个,交集靶点共104个,主要涉及PTGS2、ESR1、HSP90AA1、AR、NOS2、PPARG、NCOA2等关键靶蛋白.生物学通路主要作用于PI3 K-Akt信号通路、MAPK信号通路等.结论 该研究初步探讨了二至天癸方调治女性不孕症的多途径、多成分、多靶点的作用机理,其主要活性成分与Mfn-1、Mfn-2较好结合,可能对高龄女性不孕症发挥治疗作用.

摘要： 目的 基于网络药理学方法和分子对接技术探讨肝豆灵治疗肝豆状核变性认知障碍的作用机制.方法 通过TCMSP数据库检索肝豆灵六味中药的有效化学成分及潜在靶点,并将所获靶点导入到Uniprot数据库进行标准基因名转化;通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD数据库查询肝豆状核变性认知障碍的相关靶点;利用R 4.0.3软件获得肝豆灵与肝豆状核变性认知障碍的交集靶点;借助String数据库和Cytoscape 3.8.0软件构建PPI网络,筛选核心靶点;应用DAVID数据库进行GO生物功能和KEGG通路富集分析;运用AutoDockTools 1.5.6及Autodock vina 1.1.2软件进行分子对接.结果 共收集得到肝豆灵的基因靶点218个,肝豆状核变性认知障碍相关靶点4858个,交集靶点189个,其交集靶点主要富集于2922个生物功能及175条信号通路上.分子对接结果显示度值排名前3的核心靶点与其对应的化学成分之间均有较强的相互作用,其中JUN与槲皮素的结合性最好.结论 肝豆灵治疗肝豆状核变性认知障碍具有多成分、多靶点、多通路的特点,可通过JUN、STAT3、TP53等核心靶点调控PI3K-AKT、AGE-RAGE等信号通路来降低活性氧簇水平,减轻神经炎症反应,抑制神经细胞凋亡,发挥其保护神经细胞、改善认知的效用.

摘要： 背景:黄芪桂枝五物汤被广泛应用于颈椎病和部分情感障碍疾病的治疗,但其具体作用机制仍不明确.目的:通过网络药理学及分子对接方法初步探讨黄芪桂枝五物汤依据"异病同治"原则治疗颈椎病和焦虑症的共同作用机制.方法:检索中药系统药理学数据库建库至2021-09-01有关黄芪桂枝五物汤、五味药物的有效活性成分及相应靶点.以"Cervical spondylosis"和"Anxiety disorder"为检索词,检索Genecards,OMIM,Pharmgkb,TTD以及DrugBank数据库建库至2021-09-01所有数据,挖掘颈椎病和焦虑症的疾病靶点;应用R软件对疾病与药物靶标映射获取共有靶点,通过Cytoscape 3.8.2软件和STRING平台分别构建"药物活性成分-靶点-疾病"关系与蛋白互作网络,筛选网络核心共有靶点;运用R软件对交集靶点进行GO富集分析以及KEGG路富集分析;应用Vina软件、PyMOL软件对网络关键交集靶点与主要活性成分分子对接和展示.结果 与结论:①共筛选出黄芪桂枝五物汤药物有效活性成分73个,主要成分包括槲皮素、山奈酚和β-胡萝卜素等;②与疾病共有靶点19个,关键靶点为白细胞介素1、TP53、缺氧诱导因子1和丝裂原活化蛋白激酶1等;③分子对接结果显示,山奈酚可靶向调控白细胞介素1、TP53和缺氧诱导因子1;④GO初步分析结果表明,黄芪桂枝五物汤治疗颈椎病和焦虑症的机制主要涉及活性氧代谢过程、炎症反应的调控、氧化应激反应及细胞凋亡等生物学过程;⑤KEGG分析结果表明,黄芪桂枝五物汤通过调节白细胞介素17信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路等126条共有通路发挥对颈椎病和焦虑症"异病同治"的作用;⑥上述数据证实,黄芪桂枝五物汤"异病同治"颈椎病和焦虑症可能通过槲皮素、山奈酚等活性成分抑制神经免疫反应、氧化应激反应和细胞凋亡等相关生物学过程发挥作用,以此为临床用药提供新思路,为基础实验提供理论依据.

摘要： 背景:临床研究表明骨愈灵胶囊对骨质疏松症治疗有效,但作用机制不明确.目的:文章旨在通过生物信息学中的分子对接技术筛选骨愈灵胶囊中作用于骨质疏松症相关靶蛋白的活性成分.方法:利用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)和中药综合数据库(TCMID)筛选骨愈灵胶囊中的化学成分,筛选条件为生物利用度≥20％,类药性值≥0.18.根据文献和数据库记载构建骨质疏松症相关靶蛋白库.通过Discovery Studio 2016(DS 2016)软件进行药物的吸收、分布、代谢、排泄和毒性(Absorption,Distribution,Metabolism,Excretion,Toxicity,ADMET)预测和分子对接.结果 与结论:①在中药数据库中筛选并下载骨愈灵胶囊的生物利用度较好的潜在活性成分130个,通过Discovery Studio 2016软件的ADMET预测功能筛选得到63个吸收良好、低毒性的活性成分,如L-α-甘油棕榈酸酯、芝麻素等;②通过查阅文献和数据库,选取与骨质疏松有确切相关性的17个膜蛋白受体,如对细胞生长分化具有调节作用的细胞外信号调节激酶1/2(ERK1/2)、AKT、糖原合成酶激酶3β(GSK3β)等;主要与有丝分裂原激活的蛋白激酶信号通路、骨形态发生蛋白信号通路等通路有关,可能通过调节间充质干细胞的生长和分化,促进骨形成;③分子对接结果表明苏式-二羟基脱氢二松柏醇、(23E)-20,25-二羟基达玛-23-烯-3-酮、L-α-甘油棕榈酸酯、芝麻素、(24S)-20,24-环氧-25-羟基达玛树脂-3-酮与细胞外信号调节激酶1/2、蛋白激酶、糖原合成酶激酶3等膜蛋白具有较高对接得分,可能主要通过调节丝裂原活化蛋白激酶信号通路治疗骨质疏松;④上述结果证实,骨愈灵胶囊中的活性成分苏式-二羟基脱氢二松柏醇、(23E)-20,25-二羟基达玛-23-烯-3-酮、L-α-甘油棕榈酸酯、芝麻素、(24S)-20,24-环氧-25-羟基达玛树脂-3-酮可能通过与细胞外信号调节激酶1/2、蛋白激酶、糖原合成酶激酶3β等膜蛋白结合,调控丝裂原活化蛋白激酶、骨形态发生蛋白、Wnt、雌激素受体等信号通路,进而发挥治疗骨质疏松的疗效,为进一步展开相关实验研究提供大数据分析基础及思路.

摘要： 背景:微弧氧化技术目前已被较多用于提高钛植入体骨整合性的研究中,在钛表面构建出多种含不同活性元素的多孔涂层.近年来研究发现,红景天苷具有较好的促成骨活性.聚多巴胺作为材料表面优良的黏合剂和二次吸附的载体具有较好负载活性分子的特性.目的:为进一步提高钛表面微弧氧化涂层的促成骨能力,在多孔形貌表面构建骨整合性优良的复合涂层.方法:在纯钛表面制作微弧氧化涂层,记为MAO组;进一步在微弧氧化涂层表面制作聚多巴胺涂层,记为PDA组;在聚多巴胺涂层表面加载1,2,4 g/L的红景天苷,依次记为Sal-1组、Sal-2组、Sal-4组,利用扫描电镜及X射线能谱仪分析各组涂层的微观形貌、表面元素含量及分布;通过CCK-8及荧光染色实验评估各组涂层表面的细胞增殖活性,通过碱性磷酸酶染色、茜素红染色实验观察各组涂层的促成骨分化及矿化能力;利用计算机分子对接技术预测红景天苷分子的潜在促成骨靶点.结果 与结论:①扫描电镜显示,5组试件表面为多孔微米形貌结构,平均孔径相似;X射线能谱仪分析显示,通过聚多巴胺载体可将红景天苷加载到微弧氧化涂层表面;②CCK-8实验显示,Sal-2组、Sal-4组培养第3,5天的MC3T3-E1细胞存活率高于MAO组(P<0.05);荧光染色实验显示,5组试件表面MC3T3-E1间形态差异较明显,与MAO组相比,Sal-2组、Sal-4组细胞形态更好、铺展面积大,与相邻细胞连接较好;③Sal-2组、Sal-4组培养第4,7天的的碱性磷酸酶活性高于MAO组(P<0.05);培养21 d时的茜素红染色显示,各组均有一定程度的钙结节出现,其中Sal-2组、Sal-4组的钙结节数量更加明显;④计算机分子对接结果表明,细胞外调节蛋白激酶2、c-Jun氨基末端激酶3、雌激素受体β、孕激素受体可能是红景天苷发挥促成骨作用时活性较强的靶点;⑤结果表明,通过聚多巴胺将红景天苷负载到钛微弧氧化涂层表面,适当加载量的红景天苷较好地改善了微弧氧化涂层的促成骨活性.

摘要： 目的：筛选藏药治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的核心药物及其潜在活性成分. 方法：采用数据挖掘技术,挖掘防治COVID-19藏医防治方案中的藏药核心药物;运用分子对接技术,收集核心药物活性成分,将活性成分作为配体与COVID-193CL水解酶(Mpro)和血管紧张素转换酶2(ACE2)受体进行分子对接筛选. 结果：全国先后共颁布6套藏医防治COVID-19方案,共有60种藏药方剂,其组方药物频次中诃子出现最多,其次是红花、藏木香等;在此筛选基础上结合藏医古籍文献,进一步筛选抗COVID-19核心药物,结果发现铁棒锤、榜嘎、莪达夏、安息香、角茴香、翼首草等7味藏药明确记载具有治疗瘟疫的功效.7味藏药共收集到148个化合物,其中柚皮素、二氢查耳酮、丁香苷、刺槐素等与COVID-19靶点结合力最强,达到特异性结合强度,其活性成分主要来源于莪达夏、榜嘎、翼首草等藏药. 结论：从藏药中筛选潜在的抗COVID-19中药单体,为寻找Mpro和ACE2的中药小分子抑制剂以及推测潜在抗COVID-19中药提供参考.

摘要： 以取代乙酰乙酸乙酯、原甲酸三乙酯、甲基肼等为原料,通过多步反应制备了27个吡唑酰基新化合物,产物结构均经过1H NMR和HRMS确证;对所有化合物进行了杀菌活性测试,结果表明部分化合物对番茄早疫、油菜菌核、花生褐斑、苹果轮纹病具有较好的抑制效果,同时将高活性化合物K4,K14和K24与琥珀酸脱氢酶进行了分子对接,对接结果表明化合物与琥珀酸脱氢酶形成稳定的复合物,形成氢键和π-π、π-cation相互作用.

摘要： 目的：通过分子对接及体外细胞实验,筛选中草药鸡骨草中抗乙肝病毒的活性成分. 方法：采用Discovery Studio3.0(DS)中LibDock对接模块对相思子属植物化合物进行分子对接虚拟筛选.以转染乙肝病毒的肝癌细胞株(HepG2.2.15)为体外模型,用酶联免疫吸附测定法(ELISA)检测鸡骨草提取物及单体成分对乙肝表面抗原(HBsAg)、乙肝E抗原(HBeAg)表达的抑制作用,用Cell Counting Kit-8试剂盒(cck-8)检测药物对细胞活力的影响,荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)检测细胞上清中乙肝病毒脱氧核糖核酸(HBV DNA)的拷贝量. 结果：通过对乙型肝炎相关的受体(PDB数据库编号：3MS6.pdb、5FCG.pdb、5E0I.pdb)与相思子属的243个已知化合物进行分别对接,对接分数较高的主要为三萜皂苷类、有机酸类、黄酮类及氨基酸类成分.细胞模型的筛选中,鸡骨草总提物和鸡骨草乙酸乙酯部位对HBsAg、HBeAg表达的抑制活性的治疗指数(TI)均大于2.鸡骨草乙酸乙酯部位对细胞上清中的HBV DNA的抑制效果最好,在高剂量组时抑制率达到77.19％.鸡骨草提取物的作用优于单体成分. 结论：鸡骨草乙酸乙酯部位为抗病毒性乙型肝炎(HBV)活性部位,三萜皂苷类、有机酸类等成分值得进一步研究,为明确鸡骨草抗病毒性乙型肝炎提供参考依据.

摘要： 本研究以“同源建模”的方法预测灰葡萄孢菌(Botrytis cinerea)琥珀酸脱氢酶的结构,使用Auto-Dock分子对接软件研究烟酰胺类化合物与其可能的作用靶标琥珀酸脱氢酶之间的结合模式,并分析烟酰胺类化合物和靶标之间的亲和力与其抑菌活性之间的关系.结果 表明,琥珀酸脱氢酶中部分氨基酸构成的活性口袋能够与烟酰胺类化合物结合,两者之间的亲和力与化合物的抑菌活性之间具有相关性.通过分子对接方法预测化合物与靶标的结合是对杀菌剂抑菌机制的基础探索,同时能够为杀菌剂先导化合物的设计提供指导.

摘要： 目的：为玉米赤霉烯酮(Zearalenone,ZEN)类雌激素作用的机理提供理论依据. 方法：利用绘图软件和对接软件考察ZEN和β-雌二醇(beta estradiol,E2)与鼠雌激素受体α(Estrogen Receptor alpha,Erα)的分子对接情况,分析两者与Erα的结合能. 结果：E2和ZEN与Erα的结合能分别为-11.5kcal·mol-1和-8.6kcal·mol-1;两者都位于疏水性较强的活性口袋中,苯环都与Phe-404和Arg-394形成了CH-π和阳离子-π的相互作用;E2的羟基分别5个氨基酸形成氢键,其中一个羟基与水分子形成了保守的氢键. 结论：分子对接提供了E2和ZEN分别与Erα结合的相互作用力的可视化分析结果,证明了ZEN与Erα具有亲和力,但低于E2.

摘要： 本课题组设计并合成了一系列含有取代吡唑结构的苯并-γ-吡喃酮衍生物.初步生物测定表明,在10mg/L的浓度下,大多数合成的化合物在体内对南方根结线虫呈现良好的杀虫活性.在测试化合物中,A10和A11显示出100％的抑制率.此外,分子对接结果表明,化合物A10和A11都通过氢键和π-π堆叠与AChE的氨基酸残基Tyr121,Trp279,Tyr70,Trp84和Phe330相互作用.这项调查表明,含取代吡唑骨架的苯并-γ-吡喃酮可以进一步优化,以探索新型,高效的杀线虫先导.

摘要： 使用Discovery Studio4.5虚拟筛选平台,结合分子对接及Hypogen药效团筛选的方法.对可能的新德里β内酰胺酶1(New Delhi metallo-β-lactamase-1,NDM-1)抑制剂进行筛选.以期获得作用于NDM-1的新结构类型抑制剂.结果表明成功建立了基于3D-QSAR的NDM-1抑制剂药效团筛选模型，并通过结合LigandFit分子对接、两种评分函数(-PMF, Dock Score)、Linpiski类药五原则及Veber规则，对Drugbank等数据库的化合物进行筛选，并使用Analyze Ligand Poses进行阳性化合物确证。最终获得90个阳性化合物进行下一步的酶学水平验证。

摘要： 金钗石斛对胃病的疗效已被历代医籍和现代临床研究所证实,但其活性成分和作用机理尚不清楚. 目的：探索金钗石斛化学成分是否对胃病相关靶点表皮生长因子受体酪氨酸激酶有抑制活性. 方法：运用分子对接技术对金钗石斛化学成分进行虚拟筛选,将金钗石斛所含的已确证结构的化学成分构建为分子库,与表皮生长因子受体酪氨酸激酶靶点模型进行虚拟对接,将所获得的对接评分与该靶点阳性药进行比较,从分子库中筛选对靶点可能有抑制活性的成分. 结果：以阳性药评分的80％为标准,从金钗石斛的114个化学成分中筛选出了24个表皮生长因子受体酪氨酸激酶的潜在抑制剂,其中(+)-syringaresinol、dendronophenol A和dendronobiloside A的活性可能强于阳性药. 结论：金钗石斛治疗慢性萎缩性胃炎的机理可能与抑制表皮生长因子受体酪氨酸激酶有关.

摘要： 本研究基于好氧活性污泥法,驯化得到对吡啶具有高效降解能力的微生物菌群,可将50mg/L的吡啶于4小时左右完全降解.通过高通量测序对经口比院驯化的污泥进行微生物群落分析,发现丛毛单胞菌属细菌的相对丰度为15.5％,为优势菌属.为探索吡啶与优势菌降解酶的微观降解机制,采用分子对接方法模拟了吡啶与不同氧化还原酶(起化酶、双加氧酶、脱氢酶)的相互作用,得到它们复合物结构的理论模型.结果表明,吡啶与3-hydroxybenzoate hydroxylase起化酶具有最高的亲和力,其中Tyr271残基可与吡啶形成稳定的氢键.该结果从降解酶角度揭示吡啶生物降解的起始步骤为单加氧反应.本研究从混合菌群、优势菌属、特定降解酶三个层面对吡啶生物降解过程及机制进行研究,为揭示吡啶生物降解机理提供有用的信息.

摘要： 糖尿病为一种由于胰岛素分泌绝对或相对不足引起的代谢性分泌疾病.本研究建立在基于自然药学观发现的甜叶菊降糖药物体系的基础之上,运用Discovery Studio2.5软件将筛选得到的代表化合物(TYJ-10、异绿原酸A、槲皮苷、木犀草苷),分别与作用于不同途径的降血糖靶点PPAR-γ(3U9Q)、GSK-3(3L1S)、DPP-4(4FFW)和PTP-1b(2NT7)进行对接.参比LibDock分析,发现药物体系各代表化合物与不同降血糖靶点之间存在亲和性排序.其中,TYJ-10对PPAR-γ靶点的亲和性最强;异绿原酸A对其他三个靶点的亲和性最强.

摘要： 本发明公开了一种高分子建筑模板对接装置及对接工艺，其包括：机箱，置于所述机箱上的第一龙门架、第二龙门架、分别位于所述第一龙门架、第二龙门架上的第一压紧气缸、第二压紧气缸，还包括加热气缸以及位于机箱上表面四周的挡板，所述第一龙门架内具有平行设置的第一压制板并与所述第一压紧气缸相连，所述第二龙门架内具有平行设置的第二压制板并与所述第二压紧气缸相连，所述第一龙门架与所述第二龙门架相接通，相接处具有加热板，所述加热板与所述加热气缸相连，还包括置于所述机箱内、推动所述模板的推动气缸以及PLC可编程控制器。本发明可将两块模板对接成一块，回收使用过的建筑模板，可实现自动控制，节约人力成本。工艺简单可行，值得推广。

摘要： 本发明属于药学分析技术领域，且公开了基于分子对接和分子动力模拟筛选的药物化合物库中的潜在脂肪酸合酶(FASN)抑制剂试验方法，该分子对接和分子动力模拟筛选的药物化合物库中的潜在FASN抑制剂试验方法具体操作步骤如下：S1、分子对接；S2、分子动力学模拟；S3、细胞活力检测‑MTT法；S4、蛋白质免疫印迹；S5、细胞周期检测。本发明通过采用分子对接与分子动力学模拟搭配工作，整个分析实验主要是就是分析了FDA化合物库中的化合物对FASN的TE活性中心的结合能力，通过打分排序，确定了分数最低(结合能力最强)的化合物Adapalene，随后通过多种细胞实验验证，证明Adapalene确实具有抑制FASN活性的能力，且对癌细胞具有多种活性，从而来达到实验的目的。

摘要： 本发明公开了一种利用双荧光素酶报告基因系统及分子对接技术筛选PGC‑1α小分子调控剂的方法。通过构建PGC‑1α启动子序列的双荧光素酶报告基因载体，筛选直接激活PGC‑1α表达的小分子调控剂，同时对启动子序列进行截短，筛选出能够直接被小分子调控剂激活的核心启动子区域；对这段序列的DNA片段双螺旋结构进行模拟并采用分子对接的技术进一步分析调控剂与PGC‑1α启动子区域的结合位点，并针对不同的结合位点构建突变体进行双荧光素酶活性检测，从而确定小分子调控剂与PGC‑1α启动子结合的具体位点。本发明有助于新型PGC‑1α小分子调控剂的药物研制。

摘要： 本发明公开了一种基于分子对接与分子动力学模拟的筛选Glyburide作为AIBP抑制剂的应用，用于抑制AIBP与apoA‑Ⅰ的相互作用，从而抑制胆固醇从细胞中流出。本发明通过同源模拟获得AIBP的结构，基于老药新用的思路将FDA已认证药物通过分子对接与分子动力学模拟进行虚拟筛选，发现Glyburide可以稳定的结合在AIBP与apoA‑Ⅰ的结合界面。或可抑制胆固醇从细胞中流出，挖掘Glyburide的新用途。本发明不仅为AIBP靶向抑制剂的快速开发提供了新的范例，而且还为Glyburide作为脂质代谢药物提供了新的角度。

摘要： 本申请涉及一种分子对接的处理方法、装置及电子设备。该方法包括：分别获取模板分子和待对接分子的分子骨架，其中，模板分子的分子骨架具有对应的已知原子三维坐标；将模板分子及各待对接分子的分子骨架按照预设分组规则进行分组，形成分子对；按照对应的预设分子对接方法，分别将第二分子骨架参照对应的分子对中的第一分子骨架的原子三维坐标与受体蛋白进行对接，获得第二分子骨架的原子三维坐标，以将分子对中的第二分子骨架切换为对应的第一分子骨架；分别根据第一分子骨架的原子三维坐标，获得各待对接分子对应的对接后分子的构象信息。本申请提供的方案，能够提高处理效率，降低人工成本。

摘要： 本发明公开了一种基于分子对接的3’,5’‑二磷酸腺苷的高特异性的偶联酶YND突变体，所述YND突变体的基因序列为SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3或SEQ ID NO.4，所述YND突变体的氨基酸序列为SEQ ID NO.6、SEQ ID NO.7或SEQ ID NO.8。本发明以晶体结构已知的酵母3’,5’‑二磷酸腺苷酶为出发点设计并改造了一种PAP特异性强的偶联酶。本发明改造的酶由大肠杆菌表达系统诱导表达，储存于储存液中，‑80°C条件下，能维持活性3个月，用相应的缓冲体系稀释使用，方便且可更换反应体系，解决了体系缓冲物质对ST活性检测局限性的问题。

摘要： 本发明公开了一种基于机器学习和分子对接技术的抗癌中药筛选方法，基于机器学习技术，构建了能够针对不同癌症的临床预后评估模型并输出了对应的关键靶标；针对该靶标，基于分子对接技术，从TCMSP数据库中虚拟筛选得到了三组具有改善癌症患者预后潜力的候选抗癌中药；首次形成了一套能够针对不同癌症组学和临床大数据，利用机器学习智能化和虚拟筛选自动化技术，分别构建模型、确定靶标和筛选药物的系统方法体系，从而为解决具有改善不同癌症预后潜力的抗癌中药筛选问题提供了技术支撑和方法学指导。

摘要： 本发明涉及一种基于分子对接的虚拟筛选的三个化合物在制备治疗白癜风的药物中的用途，经过对虚拟筛选后购买的65个化合物进行了酪氨酸酶活性和黑色素含量测定，最终确定了3个化合物具有促进黑色素生成作用。结果表明：在不影响细胞存活率的药物浓度作用下，化合物1为4‑(4‑(4‑甲氧基苯氧基)‑1H‑吡唑‑3‑基)苯‑1,3‑二酚，化合物2为N‑(2‑(5‑氟‑2‑甲基‑1H‑吲哚‑3‑基)乙基）‑2‑甲基苯并[d]噁唑‑7‑甲酰胺，化合物3为N‑苯甲基喹唑啉‑4‑胺均能明显增加黑素的合成，其中的化合物1和3可以抑制JAK1/2‑STAT1通路，可以作为治疗白癜风药物的先导化合物。

摘要： 本发明属于生物医学领域，涉及一种基于网络药理学及分子对接分析黄芪‑女贞子治疗免疫缺陷病作用机制的方法。本发明利用网络药理学和分子对接技术探索黄芪‑女贞子治疗免疫缺陷病(IDD)的作用机制。综合利用在线数据库搜集黄芪‑女贞子化学成分及治疗IDD靶点，构建黄芪‑女贞子治疗IDD的“化合物‑靶点‑疾病”和蛋白互作网络；基于DAVID数据库及ClueGo插件进行潜在靶点的基因本体(GO)注释及KEGG通路富集分析；采用Vina软件对活性成分与潜在靶点进行分子对接验证结合活性。结果表明，黄芪‑女贞子通过多种活性成分协同作用于不同靶点、多种途径发挥辅助治疗IDD的作用，可为开发成对应的膳食补充剂提供参考。

摘要： 本发明属于生物医学领域，涉及一种基于网络药理学及分子对接分析柯里拉京抗宫颈癌作用机制的方法。包括以下步骤：S1、活性成分作用靶点筛选；S2、疾病候选靶点识别；S3、构建成分靶点‑疾病靶点网络及筛选核心靶点；S4、对核心靶点富集分析以探讨药物成分作用机制；S5、“成分‑靶点‑通路‑疾病”网络构建与可视化；S6、柯里拉京抗宫颈癌关键靶点分子对接。本发明利用网络药理学技术首次构建了柯里拉京抗宫颈癌的“药物成分‑靶点‑疾病”网络图，揭示了活性成分柯里拉京如何通过“多靶点、多通路、多途径”联合调控发挥其药效。