针对蛋白质复合物Other类型的打分函数

沈龙珠; 李春华; 马晓慧; 常珊; 陈慰祖; 王存新

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针对蛋白质复合物Other类型的打分函数

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在不同类型复合物结合界面的物理化学特征不同的基础上,针对较难预测的Other类型复合物设计出特异性打分函数,用于在对接过程中挑选出有效结构.该函数由原子接触能(EACE)、范德华和静电相互作用能组成,通过多元线性回归方法获得各项的权重系数.对来自CAPRI benchmarkl中17个Other类复合物例子进行打分测试.结果表明,组合打分能够刻画出Other类型复合物单体间相互作用的特征,反映出复合物形成前后的能量变化,具备一定的从众多样本中筛选出有效结构的能力.相对于残基成对势(RP),该组合打分获得了更高的打分成功率.对CAPRI第八轮竞赛中两个结构预测模型进行打分排序,该组合打分也体现出强于RP的鉴别有效结合模式潜力.

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来源
《物理化学学报》 |2006年第5期|622-626|共5页
作者
沈龙珠; 李春华; 马晓慧; 常珊; 陈慰祖; 王存新;
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作者单位

北京工业大学生命科学与生物工程学院,北京,100022;

北京工业大学生命科学与生物工程学院,北京,100022;

北京工业大学生命科学与生物工程学院,北京,100022;

北京工业大学生命科学与生物工程学院,北京,100022;

北京工业大学生命科学与生物工程学院,北京,100022;

北京工业大学生命科学与生物工程学院,北京,100022;

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正文语种 chi
中图分类结构化学;生物结构理论;
关键词
打分函数; 原子接触能; 残基成对势; Other类复合物; CAPRI;

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