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静电作用力算法对分子动力学模拟结果的影响分析

         

摘要

蛋白质分子和界面之间的作用在药物输送以及生物分离等领域至关重要.利用分子动力学模拟考察蛋白质分子在界面附近的行为是最近10年研究的热点.在早期的工作中,Wang等发现同电荷离子交换介质可用于辅助蛋白质复性,但其机理不甚明确.在利用分子动力学模拟研究其分子机理时发现,不同静电作用力参数对模拟结果有直接的影响.因此,通过全原子分子动力学模拟考察不同静电参数条件对模拟结果的影响,展示此过程的构象和能量变化,分析了造成结果差异的原因.研究结果揭示了不同静电参数对模拟结果的影响,为进一步研究蛋白质在界面表面的行为奠定了一定的理论基础.

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