腺苷酸琥珀酸合成酶与其抑制剂的分子机制研究

汪月鹏; 王明安; 杜凤沛; 李向东; 姚广伟; 张潘丹; 路慧哲

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腺苷酸琥珀酸合成酶与其抑制剂的分子机制研究

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利用密度泛函B3LYP方法选择6-31G(d)基组对腺苷酸琥珀酸合成酶(AdSS)天然抑制剂及其衍生物的结构进行优化, 并对其稳定性进行了分析, 同时采用Mulliken键序、原子电荷分布、表观静电势等对AdSS抑制剂及其衍生物电子结构与其生物活性相关性进行了理论研究. 基于腺苷酸琥珀酸合成酶(AdSS)与其底物肌苷单磷酸(IMP)复合物的晶体结构以及获得的天然抑制剂衍生物稳定构象, 利用分子对接、分子力学优化及常温分子动力学模拟对AdSS酶与天然抑制剂及其衍生物的相互作用复合物结构进行理论预测. 结果表明, AdSS酶的系列抑制剂中磷酸根基团和乙内酰脲(Hydantoin)官能团构成药效团模型, 识别过程中范德华相互作用能的贡献大于静电相互作用能.

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来源
《高等学校化学学报》 |2010年第2期|336-342|共7页
作者
汪月鹏; 王明安; 杜凤沛; 李向东; 姚广伟; 张潘丹; 路慧哲;
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作者单位

中国农业大学理学院,北京,100193;

中国农业大学理学院,北京,100193;

中国农业大学理学院,北京,100193;

中国农业大学理学院,北京,100193;

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中国农业大学理学院,北京,100193;

中国农业大学理学院,北京,100193;

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正文语种 chi
中图分类结构化学;
关键词
腺苷酸琥珀酸合成酶; 抑制剂; 分子对接; 密度泛函理论;

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