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杜洛克猪全基因组ROH检测及候选基因鉴定

         
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为了研究高强度人工选育下杜洛克猪群的近交情况和鉴定与经济性状相关的基因,本研究采用“中芯一号”50K SNP芯片对96头杜洛克猪进行全基因组检测。利用全基因组单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)数据,计算多态信息含量(Polymorphism Information Content,PIC)、基于SNP分子信息的近交系数(F GRM);统计长纯合片段(Runs of Homozygosity,ROH)长度、数量及分布,计算基于ROH的近交系数(F ROH)、在高频ROH区域鉴定候选功能基因。结果显示:多态信息含量为0.27,最小等位基因频率(Minor Allele Frequency,MAF)为0.26,平均观察杂合度(Observed Heterozygosity,Ho)为0.35,平均期望杂合度(Expected Heterozygosity,He)为0.34,F HOM为0.023,FGRM为-0.023。共检测到ROH 3151个,平均长度4.08 Mb,F ROH_tatol为0.059。在杜洛克猪群体中检测到7个高频ROH区域,分布在5条染色体上,鉴定到79个基因。其中RAG2、RAG1、IL4、IL9、IL13、TRAF6与免疫功能相关,NEU2、SLC25A48和猪肌肉肉质相关,GDF9与猪卵母细胞发育相关、NPPC与猪发育青春期延迟相关,SAG与猪肌肉肉质和繁殖性能相关,MFAP3与猪的乳头对数数量相关,GRIA1与胴体品质相关。本研究结果为选育抗病力强、肉质优良、高繁殖力的杜洛克种猪提供理论依据。

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