基于转录组数据挖掘藏羊立毛肌发生的关键基因

楚金雨; 李绍梅; 杨戈; 牟春燕

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基于转录组数据挖掘藏羊立毛肌发生的关键基因

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旨在探究调控藏羊皮肤内立毛肌发生的分子机制,挖掘影响立毛肌发生的关键基因.本研究采集了30个75～110日龄健康情况良好的藏羊胚胎,收集背部皮肤组织,制作石蜡组织切片,利用HE染色观察背部皮肤内不同日龄立毛肌的形态学变化特征,推测出立毛肌发生的关键时期为胚龄75～85天(E75～E85);分别挑选胚龄大约在75和85天各3个背部皮肤组织样品,分样品提取RNA,利用Illumina Hiseq平台进行转录组测序,对测序数据进行质控、过滤、比对,筛选得到差异表达基因,并对差异基因进行功能注释、富集分析、蛋白网络互作和RT-qPCR验证,挖掘调控立毛肌早期发育的关键候选基因.测序结果共得到1159个差异表达的基因(P＜0.05),其中900个基因上调,259个基因下调.随机选择6个差异表达的基因进行RT-qPCR验证,表达趋势与转录组测序结果一致,表明测序结果可靠.通过对差异基因进行GO功能注释和KEGG富集分析,筛选到与立毛肌发育相关的5个生物学过程条目和5个信号通路共47个非冗余基因(如BAMBI、TNNI3、HOXA9等).本研究表明,藏羊立毛肌开始发育的关键时期约为E75～E85天,该时期内SPP1、BAMBI、TNNI3、HOXA9、SOX15可能为影响藏羊立毛肌发生的关键候选基因.

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来源
《畜牧兽医学报》 |2021年第8期|2171-2180|共10页
作者
楚金雨; 李绍梅; 杨戈; 牟春燕;
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作者单位

华中农业大学动物科学技术学院农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070;

华中农业大学动物科学技术学院农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070;

华中农业大学动物科学技术学院农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070;

华中农业大学动物科学技术学院农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类 S826.83;
关键词
藏羊; 立毛肌; 转录组; 皮肤;

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