猪SNP液相芯片10K~50K基因型填充效果研究

陈宇; 邱奥; 张梓鹏; 都鹤鹤; 白俊艳; 王贵江; 罗文学; 倪俊卿; 李凯; 丁向东

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旨在探究低密度液相芯片在生产实践中的实用性,降低育种成本。本试验选用了3761头约160日龄,110kg左右健康大白猪,随机抽取100头大白猪,根据10K芯片标记信息,从50K芯片中抽取标记生成10K芯片,作为填充群体。再从剩余群体中,分别随机抽取800、2000、3600个个体作为参考群体,使用Beagle4.1软件对100头填充群体进行基因型填充至50K芯片,重复10次,以基因型一致性和基因型相关系数来评价基因型填充的准确性。结果表明,10K和50K芯片平均连锁不平衡(r^(2))程度为0.227和0.258,相差不大。最小等位基因频率(MAF)为0.05是基因型填充准确性的拐点,剔除掉MAF<0.05标记后,填充准确性明显升高。填充准确性随参考群体规模增大而上升,参考群由800头扩大到3600头,填充准确性从0.90提高到0.95,10次重复的标准差也从0.006下降到0.002。对于较小的参考群体规模,染色体基因型填充准确性波动较大,随着参考群体规模增大,每条染色体填充准确性相差不大。本研究结果表明,猪液相芯片从10K填充到50K是可行的,可以大规模用于基因组选择,降低基因组选择育种成本。

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来源
《畜牧兽医学报》 |2022年第10期|3368-3376|共9页
作者
陈宇; 邱奥; 张梓鹏; 都鹤鹤; 白俊艳; 王贵江; 罗文学; 倪俊卿; 李凯; 丁向东;
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作者单位

河南科技大学动物科技学院;

中国农业大学动物科学技术学院畜禽育种国家工程实验室农业农村部动物遗传育种与繁殖重点实验室;

河北省畜牧良种工作总站;

河南省畜牧总站;

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正文语种 chi
中图分类 S828.2;
关键词
猪; 液相芯片; 基因型填充; 分子育种;

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