CHAP抗生酶数据库的构建及其信息分析

唐立成; 吴宏宇; 黄青山

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cqvip:目的建立CHAP抗生酶数据库,对已知的CHAP抗生酶信息进行收集整理,为研究其功能机制,和设计研发新型CHAP抗生酶提供帮助。方法收集公共数据库和科学文献中的CHAP抗生酶信息,使用UniProtKB,InterPro,PDB,GO和BioPerl进行信息关联和信息注释;使用Apache,MySQL,PHP,Perl和jQuery构建数据库及WEB页面。结果构建了基于WAMP架构的CHAP抗生酶数据库(http://biotechlab.fudan.edu.cn/database/chap),包含来自于263种来源的1572种CHAP抗生酶,WEB界面提供浏览、搜索和统计信息等功能,允许用户以自定义的搜索标准快速获取数据,并对CHAP抗生酶的序列、结构、来源、功能、物化性质等信息进行分析。结论本研究建立的CHAP抗生酶数据库作为抗生酶研究的一个独特工具,具有多种潜在的应用,为进行CHAP抗生酶研究的研究者提供了一个极有用的研究平台。

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来源
《中国抗生素杂志》 |2019年第8期|904-909|共6页
作者
唐立成; 吴宏宇; 黄青山;
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作者单位

复旦大学生命科学院遗传学研究所遗传工程国家重点实验室上海200433;

上海高科联合生物技术研发有限公司上海201206;

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正文语种 chi
中图分类抗生素;普通生物学;
关键词
细菌耐药性; 抗生酶; CHAP结构域; 数据库;

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