单心室心脏病相关miRNAs的生物信息学预测及分析

王凯; 李钟鸣; 李岩松; 刘先玲; 丁胤彰; 孙燕; 许迪

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单心室心脏病相关miRNAs的生物信息学预测及分析

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目的筛选与单心室心脏病相关的miRNA及其靶基因,完成miRNA-靶基因调控网络的构建。方法从基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中获取GSE136547芯片数据,应用R语言进行分析并筛选差异表达的miRNA,应用miRWalk 3.0预测差异表达miRNA的靶基因,并完成GO和KEGG通路分析。使用String在线数据库进行蛋白互作网络(protein protein interaction network,PPI)分析,利用Cytoscape软件进行miRNA-靶基因及PPI调控网络可视化。结果筛选后获得9个差异表达的miRNAs(P1|),其中8个上调,1个下调。GO功能富集显示:差异表达miRNAs的靶基因主要参与对DNA损伤检查点、对β淀粉样蛋白的细胞反应、对β淀粉样蛋白的反应、有丝分裂G_(1)期DNA损伤检查点以及G_(1)期DNA损伤检查点等生物学过程。KEGG富集分析发现:靶基因主要参与MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、人T细胞白血病病毒1感染、人类巨细胞病毒感染以及癌症中的miRNA等重要通路。miRNA-靶基因调控网络中的miRNA包括:hsa-miR-20a-5p、hsa-miR-18a-5p、hsa-miR-18b-5p、hsa-miR-96-5p。通过CytoHubba插件得到10个关键基因分别为MAPK1、CREB1、VEGFA、ESR1、SMAD2、IGF1R、IGF1、IRS1、APP、CRK。结论在单心室心脏病患者的血液中发现9个miRNAs存在差异性表达,它们可能在单心室心脏病的发病过程中发挥重要作用,为单心室心脏病的诊断提供新的思路和依据。

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来源
《临床与实验病理学杂志》 |2022年第3期|289-294|共6页
作者
王凯; 李钟鸣; 李岩松; 刘先玲; 丁胤彰; 孙燕; 许迪;
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作者单位

南京医科大学第一附属医院心血管内科;

南京医科大学第一附属医院老年心血管内科;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类先天性心脏血管病;
关键词
单心室心脏病; MIRNA; 靶基因; miRNA-靶基因调控网络;

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