基于生物信息学方法筛选颈动脉粥样硬化进展的Hub基因及相关通路的研究

徐佳慧; 李洁华; 陈洁霞; 欧阳欢

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基于生物信息学方法筛选颈动脉粥样硬化进展的Hub基因及相关通路的研究

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目的利用生物信息学方法分析筛选颈动脉粥样硬化进展的Hub基因及相关通路。方法通过基因表达公共数据库(GEO)下载GSE43292和GSE28829这2个数据集。应用R语言软件合并两者的基因表达数据并进行标准化处理后,筛选出早期与晚期颈动脉粥样硬化斑块组织的差异基因。对差异基因进行基因本体论(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。然后,利用STRING在线工具和Cytoscape软件构建并可视化差异基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,再通过CytoHubba中3种常用的分析方法和Venn图法识别它们的共同Hub基因。结果共筛选出576个差异基因,其中下调基因197个,上调基因379个。这些差异基因主要参与了中性粒细胞活化、中性粒细胞脱颗粒等GO生物过程。主要调控脂质和动脉粥样硬化、细胞因子-细胞因子受体相互作用等信号通路。最终在PPI网络中,共识别出3个Hub基因,分别是LYN、SYK和HCK。结论 LYN、SYK、HCK为颈动脉粥样硬化进展的关键基因,或可为该病的预后和治疗提供新的分子靶点。

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来源
《中国临床保健杂志》 |2022年第5期|656-661|共6页
作者
徐佳慧; 李洁华; 陈洁霞; 欧阳欢;
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作者单位

安徽医科大学第一附属医院全科医学科;

安徽医科大学第一附属医院普外科;

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正文语种 chi
中图分类肿瘤学;
关键词
颈动脉疾病; 计算生物学; 基因表达谱; 基因表达调控;

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