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宁夏地区2008年柯萨奇病毒A组16型VP1区基因特征分析

         

摘要

目的研究宁夏地区2008年引起手足口病(HFMD)暴发的柯萨奇病毒A组16型(CVA16)的基因特征。方法对宁夏地区2008年HFMD患者临床标本中分离到的CVA16,采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)进行VP1编码区基因扩增,对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析。根据VP1区核苷酸序列与国内其他省份以及国际报道的CVA16株序列(来源于基因库)构建基因亲缘关系树。结果共分离到70株CVA16,其在VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为90.8%~100.0%和98.9%~100.0%。亲缘进化树显示全部CVA16株可分为A和B两个基因型,B基因型又可分为B1和B2两个基因亚型。宁夏地区CVA16全部属于B1基因亚型,同时包含B1a和B1b两条进化分支,提示存在两大传播链。结论宁夏地区分离的CVA16株与国内其他地区CVA16株类似,有B1a和B1b两个进化分支在共同循环,且与周边国家和地区流行的CVA16在基因亲缘关系和流行时间关系上都很接近,存在共同进化和循环。

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