多发性硬化症患者外周血T细胞中差异表达基因及信号通路的生物信息学分析

张迎春; 郑小莉; 何诚成; 段勇; 余江; 罗波; 江南; 梁雨; 曾静媛; 鲜玉军

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cqvip:目的探讨多发性硬化症(MS)患者外周血T细胞中发生差异变化的致病相关基因及关键通路。方法首先,从GEO数据库下载了GEO数据系列GSE43591,GSE13732,GSE32988,包含了42例T细胞实验样本和35例健康对照样本的基因芯片数据;其次,在R软件中使用limma包等筛选鉴定出差异表达基因(DEGs),并进行了层次聚类分析。最后,通过两两取交集,得到了77个上调DEGs和61个下调DEGs,然后采用包括DAVID、PATHER、Reactome、STRING及Cytoscape里的ReactomeFIPlugIn和Cytohubba应用程序等多种方法进行基因功能和通路富集分析、PPI网络分析和关键基因分析。结果最重要的关键DEGs,包括EIF4E、RPL37A、RPS24、RPL31、EIF4G1、HIST2H2BE、CCL5、NACA、SMC3、SRSF11、TPR、ZEB1、CCR2、HNRNPA0、OTUD1、PURA;一些涉及MS患者致病相关的通路如:白细胞介素(IL)-10信号、趋化因子和细胞因子信号通路介导的炎症、脂肪细胞因子信号通路、瘦蛋白信号、趋化因子信号通路;涉及及生物过程如:单核细胞、中性粒细胞、自然杀伤细胞趋化作用的正调节、趋化因子介导的信号通路、病毒转录、T细胞趋化作用的正调节;涉及的分子功能如:RNA结合、CCR1趋化因子受体结合、蛋白结合、CCR5趋化因子受体结合、多聚(A)RNA结合、热休克蛋白结合等。结论关键致病基因可能通过多种信号途径引起MS,并参与其他一些自身免疫性、炎症性疾病的发病过程。

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来源
《中国老年学杂志》 |2020年第11期|2331-2339|共9页
作者
张迎春; 郑小莉; 何诚成; 段勇; 余江; 罗波; 江南; 梁雨; 曾静媛; 鲜玉军;
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作者单位

西南医科大学基础医学院四川泸州 646000;

德阳市中江县人民医院神经内科;

德阳市中江县人民医院急诊科;

西南医科大学附属中医院综合内科;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类 R744.51;
关键词
多发性硬化; T细胞; 差异表达基因; 关键基因; 蛋白相互作用网络; 功能富集分析;

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