利用宏基因组测序分析一起食蟹猴致死因素

刘文丽; 王进; 舒鹏; 童贻刚; 法云智

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利用宏基因组测序分析一起食蟹猴致死因素

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摘要

为分析死亡食蟹猴脑组织菌群结构情况,初步探索细菌对食蟹猴的致死因素,本研究按照标准化操作流程收集死亡食蟹猴的大脑、小脑病理组织样本,提取样本中全部细菌总DNA,利用通用引物27F/338R PCR扩增细菌16S rDNA V1-V2高变区.扩增产物经高通量测序,并利用QIIME软件对测序数据进行生物信息学分析.结果显示,测序共生成238 Mbp原始数据,获得脑组织细菌的结构组成,其中优势菌门包括厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门,优势菌科包括普雷沃氏菌科、瘤胃菌科、鞘氨醇单胞菌科等,含量最高的细菌属为普雷沃菌属、螺旋体属、交替假单胞菌属等.本研究结果表明死亡食蟹猴的脑组织中含有多种细菌,可能会引起感染和炎症,结合病理学检查,提示食蟹猴脑组织病原菌感染可能与死亡的发生存在一定关联.

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来源
《中国预防兽医学报》 |2016年第11期|889-893|共5页
作者
刘文丽; 王进; 舒鹏; 童贻刚; 法云智;
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作者单位

北京市理化分析测试中心,北京100089;

军事医学科学院微生物流行病研究所,北京100071;

北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心,北京100094;

军事医学科学院实验动物中心,北京100071;

军事医学科学院微生物流行病研究所,北京100071;

军事医学科学院微生物流行病研究所,北京100071;

军事医学科学院实验动物中心,北京100071;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类细菌性鱼病;
关键词
食蟹猴; 脑组织; 菌群; 宏基因组测序;

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