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鼠伤寒沙门菌小RNA GcvB靶基因筛选和验证分析

         
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摘要

为筛选鼠伤寒沙门菌小RNA GcvB的靶基因,本研究利用TargetRNA2程序分别预测鼠伤寒沙门菌中能与GcvB R1、R2和R3功能基序完全或部分碱基互补的靶基因,结果显示,分别预测到与GcvB R1、R2和R3功能基序具有强相互作用的靶基因共16个,所有基因均能产生与匹配功能基序至少7个连续碱基互补配对(p＜0.05).进一步基于同源重组技术分别构建敲除R1、R2和R3功能基序的鼠伤寒沙门菌gcvB△R1、gcvB△R2和gcvB△R3菌株,并通过荧光定量PCR检测经预测靶基因在其匹配的功能基序敲除菌株、gcvB基因敲除菌株以及野生型菌株中转录水平的变化.结果 显示,鼠伤寒沙门菌gcvB△R1、gcvB△R2和gcvB△R3菌株分别被敲除了功能基序R1、R2和R3,且未留下冗余序列;STM1856、metF、mltC和sbp基因在gcvB基因或gcvB R1基序被敲除情况下转录水平相对野生型菌株均下调超过200％;ybbP和speG基因在gcvB基因或gcvB R2基序被敲除情况下转录水平相对野生型菌株均下调超过200％;ampH、gshA和aroF基因在gcvB基因或gcvB R3基序被敲除情况下转录水平相对野生型菌株均下调超过200％.以上结果表明,16个预测靶基因中,STM 1856、metF、mltC、sbp、ybbP、speG、ampH、gshA和aroF基因在转录水平上受小RNA GcvB的正调控,其对STM1856、metF、mltC和sbp基因的调控与GcvB R1功能基序存在显著关联(p＜0.05);其对ybbP和speG基因的调控与GcvB R2功能基序存在显著关联(p＜0.05);其对ampH、gshA和aroF基因的调控与GcvB R3功能基序存在显著关联(p＜0.05).本研究为进一步探究小RNA GcvB在鼠伤寒沙门菌中的调控机制提供了参考依据.

著录项

  • 来源
    《中国预防兽医学报》 |2020年第8期|753-759|共7页
  • 作者

    潘永; 段世宇; 杨阳; 杨琦;

  • 作者单位

    贵州大学动物科学学院 贵州贵阳550025;

    贵州大学动物疫病研究所 贵州贵阳550025;

    贵州大学动物科学学院 贵州贵阳550025;

    贵州大学动物疫病研究所 贵州贵阳550025;

    贵州大学动物科学学院 贵州贵阳550025;

    贵州大学动物疫病研究所 贵州贵阳550025;

    贵州大学动物科学学院 贵州贵阳550025;

    贵州大学动物疫病研究所 贵州贵阳550025;

    贵州省动物疫病与兽医公共卫生重点实验室 贵州贵阳550025;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 病原细菌;
  • 关键词

    鼠伤寒沙门菌; 小RNA; 同源重组; 荧光定量PCR;

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