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胡椒属植物DNA条形码初步研究

         
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摘要

为筛选胡椒属DNA条形码最佳片段,研究了ITS、rbcL、psbJ-petA和matK基因片段的有效使用性、种内种间变异和barcoding gap,并评估了序列鉴定效率.结果显示:ITS和matK的barcoding gap图相对较好,matK物种水平鉴定成功率高,ITS种间变异较大,而其他2个候选序列不能进行有效鉴定.为此,推荐matK和ITS作为胡椒属植物潜在的DNA条形码序列,并依此探索建立该属的DNA条形码鉴定方法.%In order to screen right DNA regions in Piper,four candidate DNA barcodes with three (rbcL,psbJpetA,matk) from chloroplast genome and one (ITS) from the nuclear genome,were evaluated in view of 35 selftesting accessions and 282 ones from NCBI.Capability of the four candidate DNA barcodes was evaluated by effectiveness,intra-and inter-specific divergence and barcoding gap analysis,and the identification efficiency was also assessed using Neighbour-Joining method.The results showed that ITS and rnatK candidate barcodes had clear barcoding gap.At the same time,matK had high species identification reliability,and ITS had high significant divergence at species level.The other two candidate barcodes had no clear barcoding gap.matK and ITS might be the potential DNA barcoding for the identification of Piper plants,thus making the establishment of new identification methods for this genus possible.

著录项

  • 来源
    《热带作物学报》 |2013年第5期|870-874|共5页
  • 作者

    郝朝运; 邬华松; 范睿; 杨建峰; 吴刚; 马腾飞; 秦晓威;

  • 作者单位

    中国热带农业科学院香料饮料研究所 海南万宁571533;

    农业部香辛饮料作物遗传资源利用重点实验室 海南万宁 571533;

    海南省热带香辛饮料作物遗传改良与品质调控重点实验室 海南万宁 571533;

    中国热带农业科学院香料饮料研究所 海南万宁571533;

    农业部香辛饮料作物遗传资源利用重点实验室 海南万宁 571533;

    海南省热带香辛饮料作物遗传改良与品质调控重点实验室 海南万宁 571533;

    中国热带农业科学院香料饮料研究所 海南万宁571533;

    农业部香辛饮料作物遗传资源利用重点实验室 海南万宁 571533;

    海南省热带香辛饮料作物遗传改良与品质调控重点实验室 海南万宁 571533;

    中国热带农业科学院香料饮料研究所 海南万宁571533;

    农业部香辛饮料作物遗传资源利用重点实验室 海南万宁 571533;

    海南省热带香辛饮料作物遗传改良与品质调控重点实验室 海南万宁 571533;

    中国热带农业科学院香料饮料研究所 海南万宁571533;

    农业部香辛饮料作物遗传资源利用重点实验室 海南万宁 571533;

    海南省热带香辛饮料作物遗传改良与品质调控重点实验室 海南万宁 571533;

    云南大学生命科学学院 云南昆明 650091;

    中国热带农业科学院香料饮料研究所 海南万宁571533;

    农业部香辛饮料作物遗传资源利用重点实验室 海南万宁 571533;

    海南省热带香辛饮料作物遗传改良与品质调控重点实验室 海南万宁 571533;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 胡椒科;
  • 关键词

    胡椒属; DNA条形码; ITS; psbJ-petA; matK; rbcL;

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