基于 EST 序列的烟草 cSNP 发掘

龚达平; 王鲁; 李凤霞; 王卫锋; 刘贯山; 孙玉合

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基于 EST 序列的烟草 cSNP 发掘

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10.3969/j.issn.1007-5119.2012.06.012%　　SNP 标记是一类应用广泛的第三代分子标记.从 GenBank 下载普通烟草 EST 序列共计317175条,用 CAP3软件对序列进行拼接.设定 SNP 位点的冗余度大于2,采用 AutoSNP 软件检测 cSNP.结合位点所在序列的文库和品种信息以及多个 SNP 位点的共分离分值来评价其可信度.结果表明,317175条普通烟草 EST 拼接成重叠群中15429个重叠群至少包含4个读长,鉴定出53477个冗余度大于2的候选 SNP,烟草中出现 SNP 的频率为0.34%.其中 SNP 的转换率大于颠换,插入/删除表现出 A/T 偏好.这些高质量 SNP 标记的发掘为开展烟草基因功能研究和分子育种奠定了良好的基础.

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来源
《中国烟草科学》 |2012年第6期|61-65|共5页
作者
龚达平; 王鲁; 李凤霞; 王卫锋; 刘贯山; 孙玉合;
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作者单位

农业部烟草类作物质量控制重点开放实验室,中国农业科学院烟草研究所,青岛 266101;

农业部烟草类作物质量控制重点开放实验室,中国农业科学院烟草研究所,青岛 266101;

农业部烟草类作物质量控制重点开放实验室,中国农业科学院烟草研究所,青岛 266101;

农业部烟草类作物质量控制重点开放实验室,中国农业科学院烟草研究所,青岛 266101;

农业部烟草类作物质量控制重点开放实验室,中国农业科学院烟草研究所,青岛 266101;

农业部烟草类作物质量控制重点开放实验室,中国农业科学院烟草研究所,青岛 266101;

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正文语种 chi
中图分类 S572.01;
关键词
单核苷酸多态性; 序列表达标签; 单体型; 烟草;

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