基于FPGA的分子动力学模拟交互控制系统

王鑫; 吴俊辉

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在分子动力学模拟系统中,实现分子间短程力的计算需要频繁地传输与大量的粒子数据访问。为了减轻CPU的计算负载,可以使用FPGA加速计算。但是,在基于FPGA的分子动力学模拟系统中,短程力计算模块面临巨大的数据传输压力以及访存冲突问题。针对这些问题,基于FPGA上有限的硬件资源,提出一种交互控制系统。该系统由取数控制模块与粒子数据解析模块组成。整个系统通过合理的数据编排以及2个模块的协同工作,实现粒子数据从片上存储到短程力计算模块的快速可靠的传输。通过硬件仿真和板级实验验证了该系统在处理粒子数据过程中的有效性和可靠性。

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来源
《计算机与现代化》 |2022年第9期|25-31|共7页
作者
王鑫; 吴俊辉;
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作者单位

江南大学教育部轻工过程先进控制重点实验室;

江苏省未来网络创新研究院;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类计算机仿真;
关键词
分子动力学; 短程力; 交互控制系统; 现场可编程门阵列; 并行计算;

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