基于RNA-Seq数据集的转录组从头拼接算法

武思文; 李静; 张少强

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基于RNA-Seq数据集的转录组从头拼接算法

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转录组拼接是基因组测序与功能注解问题的一个重要组成部分.为了提高转录组拼接的精度和效率,文中提出了一种新的转录组从头拼接算法StepLink .该算法的主要创新点是提出了最左k-mer (长度为 k的短序)和右k-mer的概念,并运用双重哈希表来存储相邻的每对k-mer ,使得拼接更加迅速、准确.应用该算法对SRA数据库中人、狗和老鼠的测序数据分别进行拼接,结果表明该算法比其他已有算法更高效.

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来源
《计算机科学》 |2018年第12期|308-312|共5页
作者
武思文; 李静; 张少强;
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作者单位

天津师范大学计算机与信息工程学院天津300387;

天津师范大学计算机与信息工程学院天津300387;

天津师范大学计算机与信息工程学院天津300387;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类算法理论;
关键词
转录组; RNA-Seq; K-mer; 从头拼接算法;

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