转录组

摘要： 干旱胁迫下氮素施用对植物生长发育具有重要的影响。为明确氮素提高花生抗旱性的生理和转录调控机制,本研究对施氮、干旱及旱氮同存处理下的花生生理指标和根系转录组进行了测定。结果表明,旱氮同存处理提高了干旱胁迫下花生生物量和叶片相对含水量。施用氮肥增加了干旱胁迫下花生根系的总酚和类黄酮含量,提高其过氧化物酶(POD)和过氧化氢酶(CAT)活性,降低其丙二醛(MDA)含量,提高花生抗旱性。转录组分析表明,施用氮肥产生5396个差异表达基因,这些基因主要参与谷胱甘肽代谢、氮代谢和碳代谢相关过程及应激和防御反应。干旱处理和旱氮同存处理下,次生代谢物生物合成、运输和分解代谢及碳水化合物运输和代谢这两类功能差异表达基因富集。旱氮同存处理下酚类代谢物质相关的3种途径中有51个差异基因上调表达,207个基因下调表达。由此表明,施用氮肥通过调控花生次生产物代谢、碳水化合物代谢等途径提高干旱胁迫下花生植株的抗氧化能力,从而提高花生的抗旱性。

摘要： 背景:骨关节炎患者关节软骨和关节液中骨桥蛋白mRNA水平及蛋白表达均较正常人明显增高,但是骨桥蛋白在膝骨关节炎发展进程中的作用及其具体机制在既往文献中尚未阐明.目的:探讨膝骨关节炎患者膝关节滑膜细胞中骨桥蛋白水平及其与骨关节炎严重程度的关系,并通过转录组和蛋白质组测序,进一步阐述其影响骨关节炎进展的机制.方法:选取2019年诊治的42例原发性膝骨关节炎患者,根据胫股关节受累情况,分为单间室骨关节炎组和双间室骨关节炎组.获取滑膜标本及关节液标本,PCR法检测滑膜标本中骨桥蛋白基因在细胞中的表达丰度,ELISA法检测关节液标本中骨桥蛋白水平.应用酶消化法获取培养人膝骨关节炎滑膜成纤维样细胞,用骨桥蛋白siRNA干预24 h后,对样品进行转录组和蛋白质组检测.结果 与结论:①与单间室骨关节炎组相比,双间室骨关节炎组关节滑膜及关节液中骨桥蛋白均升高,差异有显著性意义(P<0.05);②体外培养人膝骨关节炎滑膜成纤维样细胞,通过siRNA敲减骨桥蛋白后,转录组与蛋白质组定量研究分别鉴定了14662个转录本和3608个蛋白,其中5种蛋白的转录组与蛋白质组分析结果显示同步下降,2种蛋白的转录组与蛋白质组分析结果显示同步上升;③结果 表明,骨桥蛋白对骨关节炎产生不利影响,其机制可能是通过促炎作用和胰岛素样生长因子结合蛋白3对软骨的负面作用.

摘要： 紫鸭跖草是一种高耐铜的超积累植物,本研究首次应用RNA-Seq技术对其转录组进行分析。通过全长转录组分析组装了紫鸭跖草耐铜相关候选基因,通过转录组分析,共获得82 471条N50长度为2 299 bp的高质量unigene,为紫鸭跖草的进一步研究提供了丰富的数据。对照组(CK)、300 μmol/L胁迫组(CT1)和1 000 μmol/L胁迫组(CT2)的测序数据已保存在NCBI的SRA数据库中,登录号为SAMN11265427。CT1相比于CK,共有5 028条unigene在根组织中有显著性差异表达,约占全部unigene的6.10%,其中富集上调和下调的基因分别为3 138和1 890条;CT2相比于CT1,根中共有6 813个unigene富集差异表达,占所有unigene的8.26%。其中富集上调和下调的基因分别为2 555和4 258。随机选取10个基因进行qRT-PCR荧光定量分析,结果与Illumina测序数据一致,验证了基因数据差异表达的有效性。上述实验从分子水平上为研究铜胁迫下铜耐受的分子机制提供了理论依据。

摘要： 不同的品种抗性不同,为进一步探究不同火龙果品种之间的抗性差异,为后续火龙果抗性育种提供参考,该研究利用Illumina HiSeq 2000测序平台对‘普通白肉’(BR)和‘厄瓜多尔黄龙’(EY)两个品种进行转录组测序分析,并参考GO Ontology、KEGG等公共数据库对差异表达基因进行功能分类与富集分析。结果表明:(1)BR与EY共有14248个差异基因,其中5446个基因上调,8802个基因下调。(2)相关GO功能分析表明这些差异基因主要参与酶催化活性、细胞组分、代谢过程等,其中参与氧化还原酶活性的349个差异基因在BR中表达量上调。(3)KEGG通路分析显示,大部分差异基因富集在新陈代谢和生物合成等,其中参与角质、木栓质和蜡质生物合成的差异基因有12个,如CYP86和CER1等。参与氧化还原酶活性的差异基因在BR中较EY表达量上调,且显著富集,表明BR与EY在生长发育和细胞代谢过程差异显著。参与角质、木栓质和蜡质生物合成的差异基因在BR中表达量上调,此类基因在BR中具有较高的表达量且显著富集,表明BR可能具有较强的抗旱和抗病能力。

摘要： 牦牛是青藏高原上的特有物种,是当地农牧民的主要肉、奶、毛等生活物资来源,具有高海拔适应性,耐寒、耐粗饲。高通量测序技术在生命领域的广泛应用,为牦牛等相关物种的生命研究带来了便利。该文从基因组、转录组、微生物测序等层面,就高通量测序技术在牦牛相关研究领域中的应用情况做以综述,旨在为后续牦牛相关研究工作提供参考。

摘要： 奶牛乳房炎是一种常见疾病,对动物福利和奶牛场的经济效益产生不利影响。患有乳房炎的奶牛,尤其是金葡菌乳房炎的奶牛,其牛奶产量和品质大幅下降,严重的还会导致奶牛丧失生产能力。目前,奶牛乳房炎相关的研究已成为畜牧业的重点课题。本文综述和分析了近几年奶牛乳房炎及奶牛金葡菌乳房炎的主要研究领域和现状,主要对其抗病遗传育种在转录组学研究和表观遗传学研究等方面进行了详细综述,以期为奶业生产中奶牛乳房炎,尤其是金葡菌乳房炎的预防控制提供科学依据和参考。

摘要： 【目的】木棉是我国南方地区重要的观赏植物,研究不同时期花蕾和花朵的花瓣基因表达差异,揭示花色变异的遗传调控机制,为建立花色定向育种技术提供科学依据。【方法】以木棉不同发育时期深红色花和黄色花的花瓣为研究对象,利用Illumina HiSeqTM 4000开展转录组测序;分别采用DESeq2和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)数据库进行差异表达基因鉴定和通路富集分析。【结果】测序共获得75190个单基因,4772个单基因能被公共数据库注释;基因功能富集分析显示,基因主要富集在基本功能预测、信号转导机制和转录后修饰、蛋白折叠、分子伴侣等通路。共获得不同时期差异表达基因10397个,显著富集在29个生物学通路,主要包括光合作用、代谢和植物激素信号转导通路等。其中,参与苯丙烷生物合成通路的差异表达基因有72个,参与类胡萝卜素、黄酮类生物合成通路和苯丙氨酸代谢通路的差异表达基因分别为25个,这些通路和基因均与花青素的生物合成相关;另有4个差异表达基因显著富集在甜菜碱的生物合成通路中。qRT-PCR数据验证了转录组数据的可靠性。【结论】(1)光合作用、代谢、植物激素信号转导、黄酮类生物合成、苯丙烷生物合成、苯丙氨酸代谢及能量代谢等通路相关基因可能参与花瓣的发育过程。(2)黄酮类生物合成通路相关基因在深红色花发育的花蕾中期与花朵期显著高表达,可能是花色呈现红色的主要原因。(3)类胡萝卜素生物合成通路的关键合成酶基因的部分家族成员在黄色花发育的花蕾期和花蕾中期显著高表达,可能是导致花色呈现黄色的主要原因。

摘要： 哈密瓜在采后贮藏过程中容易受到低温胁迫。植物激素在调节作物响应低温胁迫的反应中起着重要作用。为探讨低温胁迫下哈密瓜内源激素代谢的分子机制,采用靶向代谢组学和转录组学方法研究了不同贮藏温度(3°C和21°C)对哈密瓜贮藏品质、内源激素代谢和基因表达水平的影响。结果表明,低温贮藏使哈密瓜保持了较高的质量和硬度,延缓了腐烂,抑制了丙二醛和过氧化氢含量的增加,但也造成一定程度的冷害。代谢组学分析表明,低温贮藏抑制了哈密瓜果实中脱落酸的积累,但促进了吲哚乙酸和水杨酸含量的积累。转录组分析表明,低温显著影响了植物激素信号转导途径中关键基因(如PYR/PYLs、IAAs、TIRs、GH3、NPRs、TGAs等)的表达水平,其中bHLH13、IAA9-like、IAA27、MYC2-like和PYL4等关键基因的表达水平通过实时定量聚合酶链式反应实验结果得到了验证。这些发现为哈密瓜低温贮藏过程中植物激素代谢的分子机制提供了理论依据。

摘要： 【目的】在蜂群中,雄蜂与蜂王都有着发育完全的性腺,但两者达到性成熟的时间却是不同步的。本研究旨在探究中华蜜蜂Apis cerana cerana雄蜂与蜂王生殖腺的基因表达差异。【方法】利用Illumina测序技术对中华蜜蜂雄蜂精巢与蜂王卵巢转录组差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行分析。【结果】从中华蜜蜂精巢与卵巢中共鉴定出5312个差异表达基因,其中2668个基因在精巢中表达上调,2644个基因在卵巢中表达上调。并鉴定了11个与性别决定和精子卵子发生相关的候选基因。这些差异表达基因可以归类到1458个GO功能类别和132个KEGG通路,其中,有4个GO条目和2个KEGG通路显著富集。【结论】这些结果为研究中华蜜蜂繁殖的分子机制提供了有价值的基因表达信息。

摘要： 为阐明BbRho5对球孢白僵菌生防潜能的作用,构建了Bbrho5单基因敲除菌株ΔBbrho5,以野生型菌株WT作为对照,在不同培养基上测定菌落生长速率,并测定了菌株对多菌灵胁迫耐受性及对大蜡螟幼虫体壁侵染能力。进一步获取和分析了ΔBbrho5和WT细胞内基因转录组数据。结果表明,BbRho5蛋白功能缺陷显著抑制球孢白僵菌菌丝生长速率,同时微弱影响其多菌灵胁迫抗逆性及生防能力。相较于WT,ΔBbrho5中具有770个差异表达基因(DEGs),其中上调基因395个,下调基因375个。GO分析显示,ΔBbrho5 VS WT中DEGs主要富集于氧化还原酶活力(oxidoreductase activity)和单加氧酶活力(monooxygenase activity)功能。KEGG通路富集结果显示,DEGs主要富集于氮代谢及多种氨基酸代谢通路。在氮代谢通路中富集到7个功能基因,其中有5个上调,2个下调,说明敲除菌株可能采用增强氮源利用及谷氨酸合成以应对Bbrho5缺陷引起的生长迟缓。以上研究结果揭示了球孢白僵菌中小GTP酶BbRho5对球孢白僵菌生长速率具有重要影响,且氮代谢和氨基酸代谢可能为其重要的响应代谢通路。

摘要： 本文通过RNA-seq技术对3个不同香型的月季花品种Rosa×damascena、中国古老月季品种彩晕香水月季(Rosa×odorata'Hume's Blush Tea')和现代月季Rosa'Double Delight'不同花发育时期的转录组进行比较分析,获得大量差异表达的Unigene序列.通过GO、KEGG富集对花发育过程中显著差异表达基因进行分析,将蔷薇中鉴定出来的TPS基因构建系统树并分析萜烯类花香合成途径部分关键基因在不同组织中的表达情况,研究结果在一定程度上为进一步解析月季花香形成和调控机制提供基础.

摘要： 半枫荷具有重要药用价值,但由于缺乏其基因组信息,限制了其分子生物学、基因功能与分子育种等相关研究.本研究以半枫荷茎为材料,利用Illumina高通量测序技术进行转录组测序,获得了112361条Unigene,总长度为94018066bp,平均长度为836.75bp;对转录组ALL-Unigene的CDS进行BLAST分析,共发现了52107个Unigene片段;与Swiss-Prot数据库相比较,检测出33624个蛋白同源序列;与COG数据库比对,发现20060条Unigene被COG功能注释,共分为24类;进行GO功能分类分析,发现31125条Unigene注释到GO数据库中;进行KEGG功能注释,发现12987个Unigene参与了101条代谢通路;进行SSR位点搜索,共检测到33190个SSR位点,且SSR的类型丰富.这些研究结果极大地扩充了半枫荷的基因资源,为半枫荷药用基因的发掘与利用、分子标记的开发及其种质资源遗传改良等研究提供了重要基础.

摘要： 转录组可以从整体水平上研究基因功能以及调控规律,揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理.鞘翅目是昆虫纲中乃至动物界种类最多、分布最广的第一大目.鞘翅目昆虫中有很多是农林作物重要害虫、仓储物和人类居室中的常见害虫,捕食性甲虫中有很多是害虫的天敌.此外,有些甲虫则具巨大的医药价值.因此,从转录组水平揭示鞘翅目昆虫生命活动中相关基因功能、系统发生与进化以及昆虫与其他生物相互作用等成为研究热点.本文论述转录组学在鞘翅目中的应用,旨在为了鞘翅目的深入研究提供参考,对进一步改善昆虫生态控制提供理论依据.

摘要： 本研究中，利用Illumina HiseqTM 2000高通量测序技术对星斑川鲽脑垂体和下丘脑组织的转录组进行了测序分析，并找到适合星斑川鲽SSR标记研究的引物，为星斑川鲽遗传多样性分析、遗传图谱建立以及分子标记辅助育种奠定基础。

摘要： 银鲳(Pampus argenteus)属鲈形目、鲳亚目、鲳科、鲳属,为暖温性近海中下层鱼类,转录组测序能够更全面地揭示生物个体在特定时期和特定组织的全局基因的表达情况,采用Illumina Hiseq测序平台对不同温度处理下的银鲳肝组织进行de novo高通量测序分析。

摘要： 对印度南瓜(Cucurbita maxima)开展转录组测序分析,共获得131960条unigenes(90.80Mb),筛选得到12557个SSR位点(占总unigenes的9.51％),其发生频率为1/7.4kb;其中SSRs位点中主导类型为二核苷酸重复,占总SSRs的49.82％;其次是三核苷酸重复,其出现频率为45.31％.通过Primer5设计得到7290对SSR引物,随机选择20对SSR引物对30种不同来源的南瓜进行多态性验证分析,结果显示在14对可扩增产物的SSR引物中,11对引物表现稳定可重复的多态性,UPGMA多态性分析显示11对引物可将30份南瓜材料分为5类.研究表明通过对南瓜转录组分析可获得较高频率的SSR位点且类型丰富,为印度南瓜遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了候选标记.

摘要： 本实验采用石蜡切片技术研究了甘蓝14Q305A隐性核不育的败育特征,明确了绒毡层发育异常是小孢子败育的重要原因,败育高峰为单核花粉期.在此基础上,利用转录组测序技术分析了14Q305A及其近等基因系14Q305B的花蕾转录组.通过筛选获得2841个差异表达基因,其中1290个基因上调表达,1551个基因下调表达.这些基因主要涉及"次生代谢物的生物合成"、"蔗糖和淀粉代谢"、"苯丙素的生物合成"和"植物激素信号转导"等生物学过程.本研究为下一步深入探讨14Q305A隐性雄性不育提供了重要的数据支持和参考信息.

摘要： 杜仲为雌雄异株木本植物,具有重要的药用价值与经济价值,杜仲的利用价值因其植株性别而异,尤其是杜仲胶以及其它次生代谢产物在雌雄植株中存在差别.杜仲在开花前用形态学方法很难辨别其性别,而杜仲一般需要7年以上才能开花.为了加强对杜仲资源的有效保护和可持续利用,基于杜仲雌雄株转录组数据开发SSR标记,可为杜仲遗传多样性分析、分子标记辅助育种、性别鉴定和遗传图谱构建等奠定基础.

摘要： 目的：应用人类全基因组表达谱芯片分析,识别职业性汞暴露人群血浆差异基因表达谱,通过生物信息学的方法识别相关信号通路以及通过荧光定量PCR的方法验证差异基因. 方法：收集江苏省某水银温度计工厂和荧光灯工厂参加职业健康体检的工作人员生物样本和资料,将研究对象分为两组：高浓度汞暴露组(尿汞浓度＞35μg/g肌酐)、低浓度汞暴露组(尿汞浓度＜35μg/g肌酐).使用人全基因组表达谱芯片进行基因表达检测,筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs).获得的DEGs提交至DAVID平台和Metascape平台进行基因功能聚类、通路和蛋白互作网络分析.为评估芯片表达谱数据的可靠性及生信分析的结果.对预测到的信号通路的关键差异基因进行荧光定量PCR实验验证. 结果：转录组芯片结果显示职业性汞暴露高暴露组和低暴露组之间共有269个DEGs,其中上调203个,下调66个.生物信息学分析显示,相较于低浓度暴露组,高浓度暴露组的DEGs注释在p53蛋白对DNA损伤反应的内在凋亡信号通路等30条GO条目以及蛋白水解酶复合体(Proteasome)信号通路等30条主要通路.蛋白互作网络分析结果显示,主要涉及PTEN信号通路.最后,在扩大样本中进行荧光定量PCR实验验证,结果显示NFE2L1、SOX6、RNF2三个基因确定存在差异表达,NFE2L1、SOX6、RNF2在PTEN通路和神经胶质细胞命运决定中发挥了重要作用. 结论：本研究的结果为汞的毒性作用机制尤其是神经系统毒性的探讨提供了一个新的视角.

摘要： 胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacilluspleuropneumonia,App)血清5型强毒力上海分离菌株,体外培养至对数生长期后期,取1mL菌液立即加至RNAprotect Bacterial Reagent(QIAGEN)中固定RNA;剩余菌液,冷PBS洗涤三次,鼻腔内接种于行乙醚麻醉的6周龄SPF雌性Balb/c小鼠,接种活菌数为2.5×107CFU/50μL/只小鼠,共8只小鼠.研究通过RNA-seq筛选胸膜肺炎放线杆菌在小鼠肺内引起急性肺炎期间的471个差异显著基因，这些差异基因一定程度反映了细菌在治病过程中发挥作用的关键基因，为后续相关基因的研究提供依据。

摘要： 使用来自肿瘤样品和匹配的正常样品的DNA测序数据确定SNV，从而进行改进准确性的基于SNV的基因测试，并且使用来自肿瘤样品的RNA测序数据来确定如此鉴定的SNV的表达。

摘要： 本申请提供基于Tet‑On系统的响应元件TRE或TRE和长末端重复序列(LTR)中的R‑U5功能域的启动元件，本申请还提供包含所述启动元件的逆转录病毒/慢病毒基因组转录盒及载体。

摘要： 本发明公开了一种生物序列聚类和全长转录组测序数据中转录本亚型识别的方法和装置，其中生物序列聚类方法，包括：提供待聚类的生物序列；将所述生物序列比对到参考序列，得到结果文件；按照设定的聚类标准对所述结果文件进行聚类。本发明的生物序列聚类方法，在进行序列相似度计算时加入参考序列信息，能够有效降低计算复杂度，具有快速、准确的特点。

摘要： 本发明提出了整合单细胞转录组与空间转录组数据的分析方法及系统，包括：获取空间转录组数据，对空间转录组数据进行预处理；通过聚类方法将空间转录组数据中的采样点划分为若干个类别，每一个类别表示组织切片图像中一个组织区域；根据去污染后的空间基因表达数据，和空间聚类步骤的结果，筛选出在空间中具有差异性表达的基因；根据输入的单细胞数据进行分析，基于筛选出在空间中具有差异性表达的基因得出每个细胞亚群的表达模式；根据单细胞数据集中的细胞亚群表达模式，将所有spot的基因表达作为输入，获得细胞类型在各个组织区域中的分布。

摘要： 本发明公开了一种融合单细胞转录组的空间转录组生物组织亚结构解析方法、系统及计算机可读存储介质，包括以下步骤：S1.获取公开的空间转录组数据并进行预处理；S2.利用STAGATE框架对预处理后的空间转录组数据进行编码，使用Louvain算法对编码结果进行聚类，得到空间转录组数据聚类结果；S3.获取公开的单细胞RNA测序数据并进行预处理，将预处理后的单细胞RNA测序数据划分为训练数据集和测试数据集；S4.利用训练数据集和测试数据集对XGBoost分类模型进行训练，空间转录组数据同源的单细胞测序数据集进行分类，得到单细胞分类结果；S5.利用超图分割对空间转录组数据聚类结果和单细胞分类结果进行集成。本发明提高了空间转录数据的聚类精度及单细胞数据分类准确度。

摘要： 本发明公开了一种基于彩色组马蹄莲多个转录组序列所开发的SSR引物组、获取方法和应用。本发明首先利用CandiSSR方法从彩色组马蹄莲三个品种转录组拼接序列中筛选多态性SSR引物，经试验验证后确定百余个多态性SSR引物，之后再利用筛选出的35对具有高多态性的SSR引物对160余份彩色组马蹄莲品种进行多态性分析。另外本发明还基于上述研究，通过最大化策略对160份彩色组马蹄莲的核心种质进行构建，最终筛选出最佳的30个彩色组马蹄莲代表性亲本，为今后彩色组马蹄莲核心亲本的筛选、育种效率的提高以及自主知识产权新品种的加快培育提供良好的帮助。

摘要： 本发明公开了一种肝癌生物学过程中转录组和蛋白组学的免疫组化方法，①组织切片脱蜡、水化②滴加、室温静置③PBS洗、加热0.01枸橼酸钠缓冲液，放入组织进行沸热修复④PBS洗⑤滴加正常山羊血清封闭⑥甩去多余液体 ⑦PBS洗⑧PBS或自来水冲洗10分钟⑨苏木精复染，盐酸酒精分化⑩冲洗脱水、透明、封片、镜检。本发明采用临床样本对其进行定位定量的表达验证，寻找其与临床相关性的证据，评价临床价值，为肝癌发病学和肝癌机制研究提供新的线索。课题筛选的肝癌关键分子将为探索与早期发现、分类、评价预后相关的肝癌标志物,以及选择更加有效、准确的肝癌治疗靶位奠定研究基础。

摘要： 本发明涉及一种基于肿瘤转录组学特征预测转录因子靶基因的系统，由4大模块组成：泛癌范围的转录组学相关性计算模块；启动子区序列获取模块；位置权重矩阵打分模块；转录因子靶基因筛选模块。其优点表现在：创新性地使用了泛癌水平的转录组学数据，利用其中存在的广泛大量基因表达调控网络扰动，实现了操作上简单且高效的转录因子靶基因预测目的；本系统通过引入位置权重矩阵(PWM)打分，可以获得准确性较高的转录因子靶基因预测结果；本系统中所采用的所有数据资料理论上皆可通过开放性公共数据库获取，这进一步地降低了研究人员在使用该系统时的实验工作量和技术、经费门槛。

摘要： 本发明公开了一种生物序列聚类和全长转录组测序数据中转录本亚型识别的方法和装置，其中生物序列聚类方法，包括：提供待聚类的生物序列；将所述生物序列比对到参考序列，得到结果文件；按照设定的聚类标准对所述结果文件进行聚类。本发明的生物序列聚类方法，在进行序列相似度计算时加入参考序列信息，能够有效降低计算复杂度，具有快速、准确的特点。

摘要： 本发明涉及植物遗传技术领域，尤其涉及一种基于转录组和蛋白组联合分析的棉花耐盐基因的发现方法及其应用，本发明以陆地棉耐盐品种通盐一号为材料，对其开展盐胁迫及对照下的转录组测序和蛋白组测序，通过二者联合分析初步确定耐盐候选基因，并对耐盐差异基因进行RT‑qPCR表达分析，最后在棉花中开展功能验证。本发明得到的两个棉花耐盐基因Gh_D10G0907和Gh_D11G0978分别位于棉花D10和D11号染色体；利用这两个基因，可分子标记辅助选育耐盐棉花品种。