陆地棉无绒突变体miRNA的鉴定及其靶标基因分析

王金金; 马启峰; 倪志勇; 范术丽

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陆地棉无绒突变体miRNA的鉴定及其靶标基因分析

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摘要

[目的]棉花纤维突起影响纤维的产量和品质,挖掘纤维起始相关的小RNA及其靶基因对于研究纤维起始机制至关重要.[方法]本研究以新乡小吉的野生型(Wild type,WT)及其无绒有絮突变体(Fuzzless mutant,FLM)开花当天的胚珠为材料,构建6个小RNA文库并进行高通量测序,以陆地棉(Gossypium hirsutum L.)基因组序列作为参考.[结果]共发现459个miRNA,包括301个保守的miRNA和158个新miRNA.共得到13个差异表达的miRNA,预测并分析了它们的靶基因.通过对靶基因的生物信息学分析结果显示,预测的这些靶基因侧重于编码HD-ZIP(Homeodomain-leucine zipper)、GRAS(Gibberellic acid insensitive,Repressor of GAI,Scarecrow)、AP2(APETALA2)家族的转录因子,功能集中在转录和转录后调控阶段.对靶基因进行Gene Ontology(GO)注释发现,它们参与细胞分化、花药发育、花器官发育等生物学过程.随机选出4个miRNA进行荧光定量PCR验证,结果证实了测序数据的可靠性.[结论]miRNA通过负调控靶标转录因子和激素相关基因来影响纤维细胞的起始发育.

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来源
《棉花学报》 |2019年第3期|220-232|共13页
作者
王金金; 马启峰; 倪志勇; 范术丽;
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作者单位

新疆农业大学农学院;

新疆乌鲁木齐 830052;

中国农业科学院棉花研究所 / 棉花生物学国家重点实验室;

河南安阳 455000;

中国农业科学院棉花研究所 / 棉花生物学国家重点实验室;

河南安阳 455000;

新疆农业大学农学院;

新疆乌鲁木齐 830052;

中国农业科学院棉花研究所 / 棉花生物学国家重点实验室;

河南安阳 455000;

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正文语种 chi
中图分类
关键词
陆地棉; 纤维起始发育; miRNA; 小RNA测序; 靶基因预测;

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