戊型肝炎病毒通用性PCR引物的设计及其基因分型的研究

李峰; 孟继鸿; 董晨; 戴星; 杨义贵; 周镇先

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戊型肝炎病毒通用性PCR引物的设计及其基因分型的研究

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针对戊型肝炎病毒(HEV)基因分型尚无统一标准的现状,本研究通过分析GenBank中现有的82株HEV基因组全序列,设计一组HEV通用性PCR引物(HEVuPrimer)用于扩增不同基因型HEV可测序长片段,分别基于全基因序列、HEVuPrimer扩增序列和较常用的MXJ引物扩增序列对82株HEV进行基因分型,再以HEVuPrimer扩增1～4型HEV参考株和HEVIg M抗体阳性的临床标本,进行HEV基因分型的研究。研究结果表明HE-VuPrimer扩增区段与全基因序列对82株HEV的基因分型结果完全一致;HEVuPrimer与HEV序列的匹配程度明显高于MXJ引物,且HEVuPrimer区段的基因分型结果较MXJ区段的更为准确。HEVuPrimer可同时扩增出不同基因型HEV基因片段。124份临床标本中,60份测出特异性HEV RNA,阳性率为48.4%,基因分型结果均为4型HEV,但分属于4个不同的基因亚型,核苷酸同源性为80.0%～99.9%,其中有6例近期分离的HEV毒株形成一新的基因亚型。因此,基于HEVuPrimer扩增区段的HEV基因分型方法具有较高的可靠性和可信度,为建立统一、可行的HEV基因分型标准提供了新的思路。

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来源
《病毒学报》 |2009年第1期|9-16|共8页
作者
李峰; 孟继鸿; 董晨; 戴星; 杨义贵; 周镇先;
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作者单位

东南大学医学院;

东南大学附属中大医院;

南京210009;

南京市第二医院检验科;

南京210037;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类肠道病毒与肝炎病毒;
关键词
戊型肝炎病毒; 基因分型; 通用性引物; 逆转录-套式聚合酶链反应;

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