极化蛋白专一性电荷在HIV-1蛋白酶-抑制剂结合自由能预测中的应用

李宇辰; 冯国强; 段莉莉

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极化蛋白专一性电荷在HIV-1蛋白酶-抑制剂结合自由能预测中的应用

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对人类免疫缺陷病毒（HIV-1）蛋白酶-抑制剂复合物分别在AMBER力场及极化专一性蛋白电荷（PPC）下进行10 ns的分子动力学模拟（MD）,并用MM/PBSA方法计算结合自由能.PPC是基于线性标度的量子力学计算的静电势拟合的蛋白质电荷,能够更准确地描述蛋白质所处的静电环境.结果表明：PPC电荷计算的结合自由能比AMBER力场计算的结合自由能更接近实验值.

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来源
《计算物理》 |2018年第3期|330-334|共5页
作者
李宇辰; 冯国强; 段莉莉;
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作者单位

山东师范大学;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类分子物理学、原子物理学;
关键词
HIV-1蛋白酶; 极化蛋白专一性电荷; 结合自由能;

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