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Journal of Computer-Aided Molecular Design

Journal of Computer-Aided Molecular Design

中文名称：计算机辅助分子设计杂志

ISSN：0920-654X
出版周期：-

发文量：1270

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1.Standard state free energies, not pKsuba/subs, are ideal for describing small molecule protonation and tautomeric states

机译：标准态自由能，而不是 pKsuba/subs，是描述小分子质子化和互变异构态的理想选择
- 作者：Gunner M. R.;Murakami Taichi;Rustenburg Ariën S.Işık MehtapChodera John D.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2020年第5期
- SAMPL6;
- pKa;
- Tautomer;
- Protonation state;
- pH titration;
- Multiprotic;
2.D3R grand challenge 4: blind prediction of protein-ligand poses, affinity rankings, and relative binding free energies

机译：D3R 大挑战 4：蛋白质-配体构式、亲和力排名和相对结合自由能的盲目预测
- 作者：Parks Conor D.;Gaieb Zied;Chiu MichaelYang HuanwangShao ChenghuaWalters W. PatrickJansen Johanna M.McGaughey GeorgiaLewis Richard A.Bembenek Scott D.Ameriks Michael K.Mirzadegan TaraBurley Stephen K.Amaro Rommie E.Gilson Michael K.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2020年第2期
- D3R;
- Docking;
- Scoring;
- Ligand ranking;
- Free-energy;
- Blinded prediction challenge;
- FARNESOID X RECEPTOR;
- DRUG DESIGN;
- ACCURATE DOCKING;
- CROSS-DOCKING;
- INDUCED FIT;
- MACROCYCLES;
- PERFORMANCE;
- PERTURBATION;
- COMPUTATION;
- INHIBITORS;
3.Docking and quantitative structure-activity relationship studies for 3-fluoro-4-(pyrrolo2,1-f1,2,4triazin-4-yloxy)aniline, 3-fluoro-4-(1H- pyrrolo2,3-bpyridin-4-yloxy)aniline, and 4-(4-amino-2-fluorophenoxy)-2- pyridinylamine derivatives as c-Met kinase inhibitors

机译：3-氟-4-（吡咯并2,1-f1,2,4三嗪-4-基氧基）苯胺、3-氟-4-（1H-吡咯并2,3-b吡啶-4-基氧基）苯胺和4-（4-氨基-2-氟苯氧基）-2-吡啶胺衍生物作为c-Met激酶抑制剂的对接和定量构效关系研究
- 作者：Caballero J.;Quiliano M.;Alzate-Morales J.H.Zimic M.Deharo E.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2011年第4期
- c-Met kinase inhibitors;
- CoMSIA;
- Molecular docking;
- Quantitative structure-activity relationships;
- Topological descriptors;
4.A comparison of molecular representations for lipophilicity quantitative structure–property relationships with results from the SAMPL6 logP Prediction Challenge

机译：亲脂性定量结构-性质关系的分子表示与 SAMPL6 logP 预测挑战的结果比较
- 作者：Lui Raymond;Guan Davy;Matthews Slade
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2020年第5期
- QSPR;
- logP;
- Physicochemical properties;
- Machine learning;
- SAMPL6;
5.Ligand binding: evaluating the contribution of the water molecules network using the Fragment Molecular Orbital method

机译：配体结合：使用片段分子轨道法评估水分子网络的贡献
- 作者：Lukac Iva;Wyatt Paul G.;Gilbert Ian H.Zuccotto Fabio
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2021年第10期
- Fragment molecular orbital;
- Ligand binding;
- Water network;
- Quantum mechanics;
- Ligand optimisation;
6.SAMPL6 logitalicP/italic challenge: machine learning and quantum mechanical approaches

机译：SAMPL6 logitalicP/italic 挑战：机器学习和量子力学方法
- 作者：Patel Prajay;Kuntz David M.;Jones Michael R.Brooks Bernard R.Wilson Angela K.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2020年第5期
- SAMPL6;
- Machine learning;
- DFT;
- DLPNO-ccCA;
- QSAR;
- Partition coefficient;
7.Multi-phase Boltzmann weighting: accounting for local inhomogeneity in molecular simulations of water–octanol partition coefficients in the SAMPL6 challenge

机译：多相玻尔兹曼加权：在SAMPL6挑战中考虑水-辛醇分配系数分子模拟中的局部不均匀性
- 作者：Krämer Andreas;Hudson Phillip S.;Jones Michael R.Brooks Bernard R.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2020年第5期
- Alchemical simulation;
- Solvation free energy;
- Multi-phase;
- Boltzmann weighting;
- SAMPL6;
8.Predicting octanol/water partition coefficients for the SAMPL6 challenge using the SM12, SM8, and SMD solvation models

机译：使用 SM12、SM8 和 SMD 溶剂化模型预测 SAMPL6 挑战的辛醇/水分配系数
- 作者：Ouimet Jonathan A.;Paluch Andrew S.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2020年第5期
- log P;
- Partition coefficient;
- Solvation free energy;
- SAMPL6;
9.Predicting octanol/water partition coefficients using molecular simulation for the SAMPL7 challenge: comparing the use of neat and water saturated 1-octanol

机译：使用分子模拟预测辛醇/水分配系数，以应对 SAMPL7 挑战：比较纯 1-辛醇和水饱和 1-辛醇的使用
- 作者：Sabatino Spencer J.;Paluch Andrew S.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2021年第10期
- log P;
- Partition coefficient;
- Solvation free energy;
- SAMPL7;
10.A deep learning approach for the blind logP prediction in SAMPL6 challenge

机译：SAMPL6 挑战中盲目 logP 预测的深度学习方法
- 作者：Prasad Samarjeet;Brooks Bernard R.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2020年第5期
- SAMPL6;
- LogP;
- Deep learning;
- Fingerprinting;
11.Molecular mechanism of thiamine pyrophosphate import into mitochondria: a molecular simulation study

机译：硫胺素焦磷酸盐导入线粒体的分子机制：分子模拟研究
- 作者：Van Liefferinge F.;Krammer E. -m.;Waeytens J.Prevost M.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2021年第9期
- Membrane channels;
- Membrane Transporters;
- Metabolite transport;
- Thiamine pyrophophate;
- Molecular dynamics;
12.Docking rigid macrocycles using Convex-PL, AutoDock Vina, and RDKit in the D3R Grand Challenge 4

机译：在 D3R Grand Challenge 4 中使用 Convex-PL、AutoDock Vina 和 RDKit 对接刚性大循环
- 作者：Kadukova Maria;Chupin Vladimir;Grudinin Sergei
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2020年第2期
- Protein-ligand docking;
- Ensemble docking;
- Macrocycle modeling;
- Convex-PL;
- Conformer generation;
- D3R;
- Drug Design Data Resource;
- Scoring function;
- PROTEIN;
- INHIBITORS;
- MOLECULES;
- ACCURACY;
- DESIGN;
- SPEED;
- POSES;
13.Coupling enhanced sampling of the apo-receptor with template-based ligand conformers selection: performance in pose prediction in the D3R Grand Challenge 4

机译：将载脂受体的增强采样与基于模板的配体构象选择相结合：D3R Grand Challenge 4 中的姿态预测性能
- 作者：Basciu Andrea;Koukos Panagiotis I;Malloci GiulianoBonvin Alexandre M. J. J.Vargiu Attilio V.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2020年第2期
- Molecular docking;
- Metadynamics;
- EDES;
- HADDOCK;
- AutoDock;
- BACE-1;
- MOLECULAR-DYNAMICS;
- BETA-SECRETASE;
- PROTEIN FLEXIBILITY;
- GENERATION;
- INHIBITORS;
- DOCKING;
14.On the NS-DSSB unidirectional estimates in the SAMPL6 SAMPLing challenge

机译：关于 SAMPL6 SAMPLing 挑战中的 NS-DSSB 单向估计
- 作者：Procacci Piero;Macchiagodena Marina
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2021年第10期
- SAMPL6;
- Binding free energy;
- Non-equilibrium;
- Crooks theorem;
- Jarzynski identity;
- Double-system;
- single-box;
15.Sampling and refinement protocols for template-based macrocycle docking: 2018 D3R Grand Challenge 4

机译：基于模板的大循环对接的采样和细化协议：2018 D3R Grand Challenge 4
- 作者：Kotelnikov Sergei;Alekseenko Andrey;Liu CongIgnatov MikhailPadhorny DzmitryBrini EmilianoLukin MarkCoutsias EvangelosDill Ken A.Kozakov Dima
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2020年第2期
- D3R;
- Protein-ligand docking;
- Template-based docking;
- Macrocycles;
- BACE-1;
- PROTEIN DOCKING;
- SIDE-CHAIN;
- PREDICTION;
- PERFORMANCE;
- MINIMIZATION;
- PARAMETERS;
- ACCURACY;
16.The role of zinc finger linkers in zinc finger protein binding to DNA

机译：锌指接头在锌指蛋白与DNA结合中的作用
- 作者：Hamed Mazen Y.;Siam Reema;Zaid Roza
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2021年第9期
- Zinc finger;
- Protein;
- MM;
- GBSA;
- DNA binding;
- Molecular dynamics;
- Mutation;
- Linkers;
17.D3R Grand Challenge 4: ligand similarity and MM-GBSA-based pose prediction and affinity ranking for BACE-1 inhibitors

机译：D3R Grand Challenge 4：BACE-1抑制剂的配体相似性和基于MM-GBSA的姿态预测和亲和力排名
- 作者：Sasmal Sukanya;El Khoury Lea;Mobley David L.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2020年第2期
- Pose prediction;
- Docking;
- Binding affinity;
- Ligand similarity;
- MM-GBSA;
- BETA-SECRETASE;
- DOCKING;
- BINDING;
- GENERATION;
- ACCURATE;
- PBSA;
- PERFORMANCE;
- ENERGIES;
- MM/GBSA;
- POTENT;
18.In silico identification of noncompetitive inhibitors targeting an uncharacterized allosteric site of falcipain-2

机译：针对未表征的恶性蛋白酶-2 变构位点的非竞争性抑制剂的计算机鉴定
- 作者：Hernandez Gonzalez Jorge Enrique;Salas-Sarduy Emir;Hernandez Alvarez LilianBarreto Gomes Diego EnryPascutti Pedro GeraldoOostenbrink ChrisLeite Vitor B. P.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2021年第10期
- Allostery;
- Falcipain-2;
- Virtual screening;
- Noncompetitive inhibitor;
- Molecular dynamics;
19.MathDL: mathematical deep learning for D3R Grand Challenge 4

机译：MathDL：面向 D3R Grand Challenge 4 的数学深度学习
- 作者：Duc Duy Nguyen;Gao Kaifu;Wang MenglunWei Guo-Wei
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2020年第2期
20.Energy-entropy method using multiscale cell correlation to calculate binding free energies in the SAMPL8 host-guest challenge

机译：使用多尺度细胞相关性计算 SAMPL8 主客体挑战中结合自由能的能量熵法
- 作者：Ali Hafiz Saqib;Chakravorty Arghya;Kalayan Jasde Visser Samuel P.Henchman Richard H.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2021年第8期
- Host-guest binding;
- Free energy methods;
- Molecular dynamics simulation;
- Entropy;
21.SAMPL7 physical property prediction from EC-RISM theory

机译：基于EC-RISM理论的SAMPL7物性预测
- 作者：Tielker Nicolas;Guessregen Stefan;Kast Stefan M.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2021年第8期
- SAMPL;
- Distribution coefficient;
- Solvation model;
- Quantum chemistry;
- Integral equation theory;
- EC-RISM;
22.Comprehensive evaluation of end-point free energy techniques in carboxylated-pillar6arene host-guest binding: II. regression and dielectric constant

机译：羧基化柱6芳烃主客体结合中终点自由能技术的综合评价：II.回归和介电常数
- 作者：Liu Xiao;Zheng Lei;Cong YalongGong ZhihaoYin ZhixiangZhang John Z. H.Liu ZhirongSun Zhaoxi
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第12期
- Pillarnarenes;
- Host-guest binding;
- End-point free energy methods;
- Regression;
- Dielectric constant;
- PROTEIN-LIGAND BINDING;
- MOLECULAR-DYNAMICS;
- SCORING FUNCTIONS;
- GENERALIZED BORN;
- FORCE-FIELDS;
- AFFINITIES;
- PREDICTION;
- COMPLEXES;
- ENTROPY;
- PBSA;
23.Explicit solvation thermodynamics in ionic solution: extending grid inhomogeneous solvation theory to solvation free energy of salt-water mixtures

机译：离子溶液中的显式溶剂化热力学：将网格非均匀溶剂化理论扩展到盐水混合物的溶剂化自由能
- 作者：Waibl Franz;Kraml Johannes;Fernandez-Quintero Monica L.Loeffler Johannes R.Liedl Klaus R.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第2期
24.Target identification for repurposed drugs active against SARS-CoV-2 via high-throughput inverse docking

机译：通过高通量反向对接对 SARS-CoV-2 活性的再利用药物进行靶标鉴定
- 作者：Ribone Sergio R.;Paz S. Alexis;Abrams Cameron F.Villarreal Marcos A.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第1期
- SARS-CoV-2;
- Inverse docking;
- High-throughput;
- Repurposing;
- TMPRSS2;
- PIKfyve;
- RESPIRATORY SYNDROME CORONAVIRUS;
- PAPAIN-LIKE PROTEASE;
- POTENTIAL INHIBITORS;
- REVERSE DOCKING;
- INFECTION;
25.Examining unsupervised ensemble learning using spectroscopy data of organic compounds

机译：使用有机化合物的光谱数据检查无监督集成学习
- 作者：He Kedan;Massena Djenerly G.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2023年第1期
26.Computational insights into ligand-induced G protein and beta-arrestin signaling of the dopamine D1 receptor

机译：配体诱导的 G 蛋白和多巴胺 D1 受体的 β-抑制蛋白信号传导的计算见解
- 作者：Li Haoxi;Urs Nikhil M.;Horenstein Nicole
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2023年第6期
27.Epilogue to the Gerald Maggiora Festschrift: a tribute to an exemplary mentor, colleague, collaborator, and innovator

机译：Gerald Maggiora Festschrift 的尾声：向模范导师、同事、合作者和创新者致敬
- 作者：Shanmugasundaram Veerabahu;Bajorath Juergen;Christoffersen Ralph E.Petke James D.Howe W. JeffreyJohnson Mark A.Agrafiotis Dimitris K.Lee PilKuhn Leslie A.Goodwin Jay T.Holloway M. KatharineDoman Thompson N.Walters W. PatrickSchreyer SuzanneMedina-Franco Jose L.Martinez-Mayorga KarinaRestifo Linda L.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第9期
28.MM/GBSA prediction of relative binding affinities of carbonic anhydrase inhibitors: effect of atomic charges and comparison with Autodock4(Zn)

机译：碳酸酐酶抑制剂相对结合亲和力的MM/GBSA预测：原子电荷的影响及与Autodock4（Zn）的比较
- 作者：Taylor Mackenzie;Ho Junming
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2023年第4期
29.Is the reductionist paradox an Achilles Heel of drug discovery?

机译：还原论悖论是药物发现的致命弱点吗？
- 作者：Maggiora Gerry
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第5期
30.Des3PI: a fragment-based approach to design cyclic peptides targeting protein-protein interactions

机译：Des3PI：一种基于片段的方法，用于设计靶向蛋白质-蛋白质相互作用的环肽
- 作者：Delaunay Maxence;Tap Ha-Duong
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第8期
- Protein-protein interface;
- Protein hotspot;
- Peptide sequence optimization;
- Protein-peptide docking;
- Molecular dynamics simulation;
- DYNAMICS;
- INHIBITION;
- STRATEGIES;
- LIBRARIES;
- DRUGS;
- SPACE;
- RAS;
31.Covalent docking in CDOCKER

机译：CDOCKER中的共价对接
- 作者：Wu Yujin;Brooks Charles L. III
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第8期
- Rigid CDOCKER;
- Covalent docking;
- Virtual screening;
- GENERAL FORCE-FIELD;
- DRUG DISCOVERY;
- GENETIC ALGORITHM;
- MOLECULAR DOCKING;
- CHARMM;
- ZINC;
- VALIDATION;
- AUTOMATION;
- PREDICTION;
- CHEMISTRY;
32.Benchmarking ensemble docking methods in D3R Grand Challenge 4

机译：D3R Grand Challenge 4 中的集成对接方法进行基准测试
- 作者：Gan Jessie Low;Kumar Dhruv;Chen CynthiaTaylor Bryn C.Jagger Benjamin R.Amaro Rommie E.Lee Christopher T.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第2期
33.Enabling data-limited chemical bioactivity predictions through deep neural network transfer learning

机译：通过深度神经网络迁移学习实现数据有限的化学生物活性预测
- 作者：Liu Ruifeng;Laxminarayan Srinivas;Reifman JaquesWallqvist Anders
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第12期
- Machine learning;
- Deep neural networks;
- Transfer learning;
- QSAR;
- MOLECULAR DESCRIPTORS;
- CHEMISTRY;
34.Deciphering the conformational transitions of LIMK2 active and inactive states to ponder specific druggable states through microsecond scale molecular dynamics simulation

机译：通过微秒尺度分子动力学模拟破译 LIMK2 活性和非活性态的构象转变，以思考特定的可成药状态
- 作者：Nagarajan Hemavathy;Samdani Ansar;Umashankar VetrivelJeyakanthan Jeyaraman
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第6期
- LIMK2;
- Microsecond;
- DFG;
- Activation loop;
- Active;
- Inactive;
- Molecular dynamics simulation;
35.Prot2Prot: a deep learning model for rapid, photorealistic macromolecular visualization

机译：Prot2Prot：一种深度学习模型，用于快速、逼真的大分子可视化
- 作者：Durrant Jacob D.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第9期
- Prot2Prot;
- Molecular visualization;
- Web app;
- Machine learning;
- Proteins;
- Style transfer;
- VIEWER;
36.On the force field optimisation of βdocumentclass12pt{minimal} usepackage{amsmath} usepackage{wasysym} usepackage{amsfonts} usepackage{amssymb} usepackage{amsbsy} usepackage{mathrsfs} usepackage{upgreek} setlength{oddsidemargin}{-69pt} begin{document}$$beta$$end{document}-lactam cores using the force field Toolkit

机译：关于βdocumentclass12pt{minimal}的力场优化使用力场工具包的 βdocumentclass12pt{minimal} usepackage{amsmath} usepackage{wasysym} usepackage{amsfonts} usepackage{amssymb} usepackage{amsbsy} usepackage{mathrsfs} usepackage{upgreek} setlength{oddsidemargin}{-69pt} begin{document}$$beta$$end{document}-lactam cores
- 作者：Wu Qiyang;Huang Tianyang;Xia SongyanOtto FrankLee Tzong-YiHuang Hsien-DaChiang Ying-Chih
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第7期
- Ligand force field parametrisation;
- ffTK;
- Dihedral phase shifts prediction;
- CGenFF;
37.The role of human in the loop: lessons from D3R challenge 4

机译：人类在循环中的作用：D3R 挑战 4 的经验教训
- 作者：Stroganov Oleg V.;Novikov Fedor N.;Medvedev Michael G.Dmitrienko Artem O.Gerasimov IgorSvitanko Igor V.Chilov Ghermes G.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2020年第2期
- Lead finder;
- D3R;
- Drug design data resource;
- Molecular docking;
- Human in the loop;
- Machine learning;
- INHIBITORS;
- DOCKING;
38.Data-informed reparameterization of modified RNA and the effect of explicit water models: application to pseudouridine and derivatives

机译：修饰RNA的数据依据重参数化和显式水模型的影响：在假尿苷及其衍生物中的应用
- 作者：Dutta Nivedita;Deb Indrajit;Sarzynska JoannaLahiri Ansuman
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第3期
39.RestraintMaker: a graph-based approach to select distance restraints in free-energy calculations with dual topology

机译：RestraintMaker：一种基于图形的方法，用于在具有双拓扑的自由能计算中选择距离约束
- 作者：Ries Benjamin;Rieder Salome;Rhiner ClemensHuenenberger Philippe H.Riniker Sereina
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第3期
40.TargIDe: a machine -learning workflow for target identification of molecules with antibiofilm activity against Pseudomonas aeruginosa

机译：TargIDe：一种机器学习工作流程，用于靶标识别对铜绿假单胞菌具有抗生物膜活性的分子
- 作者：Carneiro Joao;Magalhaes Rita P.;Roque Victor de la Oliva M.Simoes ManuelPratas DiogoSousa Sergio F.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2023年第6期
- Biofilms;
- Pseudomonas aeruginosa;
- Machine learning;
- Ligand targets;
- ANTI-BIOFILM AGENTS;
- BACTERIAL BIOFILMS;
- PREDICTION;
- DISCOVERY;
41.Efficient screening of protein-ligand complexes in lipid bilayers using LoCoMock score

机译：使用 LoCoMock 评分高效筛选脂质双层中的蛋白质-配体复合物
- 作者：Morita Rikuri;Shigeta Yasuteru;Harada Ryuhei
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2023年第4期
- Docking simulation;
- Membrane;
- Lipid bilayer;
- Drug discovery;
- Amphipathic molecule;
- PARTITION-COEFFICIENT;
- PHYSICOCHEMICAL PARAMETERS;
- DRUG DISCOVERY;
- DOCKING;
- BINDING;
- PREDICTION;
- OCTANOL/WATER;
- REDUCTION;
- DATABASE;
- DESIGN;
42.Hit diffusion: limitations to drug discovery and structure-based design

机译：命中扩散：药物发现和基于结构的设计的局限性
- 作者：Van Drie John H.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第5期
- Screening;
- Screening funnel;
- Virtual screening;
- Biological assays;
- Discordance;
- INHIBITOR;
- VECTOR;
43.Identification of potential inhibitors of Mycobacterium tuberculosis shikimate kinase: molecular docking, in silico toxicity and in vitro experiments

机译：鉴定结核分枝杆菌莽草酸激酶的潜在抑制剂：分子对接、计算机毒性和体外实验
- 作者：de Freitas Talita Freitas;Roth Candida Deves;Abbadi Bruno LopesHopf Fernanda Souza MacchiPerello Marcia AlbertonCzeczot Alexia de Matosde Souza Eduardo VieiraBorsoi Ana FlaviaMachado PabloBizarro Cristiano ValimBasso Luiz AugustoTimmers Luis Fernando Saraiva Macedo
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2023年第3期
- Mycobacterium tuberculosis;
- Shikimate kinase;
- Docking;
- AutoDock Vina;
- PyRx;
- pkCSM;
- MECHANISM;
- ENZYMES;
- PATHWAY;
- DESIGN;
- TARGET;
44.Physicochemical QSAR analysis of hERG inhibition revisited: towards a quantitative potency prediction

机译：重新审视hERG抑制的物理化学QSAR分析：迈向定量效力预测
- 作者：Lanevskij Kiril;Didziapetris Remigijus;Sazonovas Andrius
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第12期
- hERG inhibition;
- Cardiotoxicity;
- Physchem;
- In silico modeling;
- Prospective validation;
- Censored data;
- DRUG DISCOVERY;
- VALIDATION;
- MODEL;
- ASSAY;
45.Extended continuous similarity indices: theory and application for QSAR descriptor selection

机译：扩展连续相似度指数：QSAR描述符选择的理论与应用
- 作者：Racz Anita;Dunn Timothy B.;Bajusz DavidKim Taewon D.Miranda-Quintana Ramon AlainHeberger Karoly
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第3期
- Similarity;
- QSAR;
- Extended similarity;
- Descriptors;
- MOLECULAR SIMILARITY;
- ALGORITHMS;
46.Simplified, interpretable graph convolutional neural networks for small molecule activity prediction

机译：用于小分子活性预测的简化、可解释的图卷积神经网络
- 作者：Weber Jeffrey K.;Morrone Joseph A.;Bagchi SugatoPabon Jan D. EstradaKang Seung-guZhang LeiliCornell Wendy D.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第5期
- Saliency;
- Interpretability;
- Explainability;
- QSAR;
- gCNN;
- NS5B POLYMERASE;
- DRUG DISCOVERY;
- RANDOM FOREST;
- INHIBITORS;
- POTENT;
47.Consensus scoring evaluated using the GPCR-Bench dataset: Reconsidering the role of MM/GBSA

机译：使用 GPCR-Bench 数据集评估共识评分：重新考虑 MM/GBSA 的作用
- 作者：Yau Mei Qian;Loo Jason S. E.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第6期
- GPCR;
- MM/GBSA;
- Consensus scoring;
48.DeepCubist: Molecular Generator for Designing Peptidomimetics based on Complex three-dimensional scaffolds

机译：DeepCubist：基于复杂三维支架的拟肽设计分子生成器
- 作者：Umedera Kohei;Yoshimori Atsushi;Chen HengweiKouji HiroyukiNakamura HiroyukiBajorath Juergen
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2023年第2期
- 3D scaffold;
- Peptidomimetics;
- Deep learning;
- Generative modeling;
- BINDING;
49.OFraMP: a fragment-based tool to facilitate the parametrization of large molecules

机译：OFraMP：一种基于片段的工具，用于促进大分子的参数化
- 作者：Stroet Martin;Caron Bertrand;Engler Martin S. S.van der Woning JimiKauffmann Audevan Dijk MarcEl-Kebir MohammedVisscher Koen M. M.Holownia JosefMacfarlane CallumBennion Brian J. J.Gelpi-Dominguez SvetlanaLightstone Felice C. C.van der Storm TijsGeerke Daan P. P.Mark Alan E. E.Klau Gunnar W. W.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2023年第8期
- Molecular fragments;
- Force fields;
- Automated topology builder;
- Partial charges;
- Drugs;
- Dendrimer;
- Molecular simulation;
- GENERAL FORCE-FIELD;
- PARAMETERIZATION;
- SIMULATION;
- CHARGES;
- CHARMM;
- CRYSTALLOGRAPHY;
- ALGORITHMS;
- SYSTEM;
- SERVER;
- RESP;
50.Structure-based virtual screening workflow to identify antivirals targeting HIV-1 capsid

机译：基于结构的虚拟筛选工作流程，用于鉴定靶向 HIV-1 衣壳的抗病毒药物
- 作者：Sun Qinfang;Biswas Avik;Vijayan R. S. K.Craveur PierrickForli StefanoOlson Arthur J.Castaner Andres EmanuelliKirby Karen A.Sarafianos Stefan G.Deng NanjieLevy Ronald
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第3期
51.Crystal polymorphism and spectroscopical properties of sulfonamides in solid state by means of First Principles calculations

机译：基于第一性原理计算的固态磺胺类药物的晶体多晶型性和光谱性质
- 作者：Sainz-Díaz C. Ignacio;de la Luz Alexander Pérez;Barrientos-Salcedo CarolinaFrancisco-Márquez MisaelaSoriano-Correa Catalina
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第7期
- Sulfonamides;
- polymorphism;
- DFT calculations;
- infrared spectroscopy;
- hydrogen bonds;
52.Fine-tuning of a generative neural network for designing multi-target compounds

机译：用于设计多靶点化合物的生成神经网络的微调
- 作者：Blaschke Thomas;Bajorath Juergen
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第5期
53.GPCRLigNet: rapid screening for GPCR active ligands using machine learning

机译：GPCRLigNet：使用机器学习快速筛选 GPCR 活性配体
- 作者：Remington Jacob M.;McKay Kyle T.;Beckage Noah B.Ferrell Jonathon B.Schneebeli Severin T. T.Li Jianing
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2023年第3期
- G protein-coupled receptor;
- Ligand;
- Machine Learning;
- Neural Network;
- Molecular Fingerprint;
- Molecular Docking;
- TRANSMEMBRANE BINDING POCKETS;
- DRUG DISCOVERY;
- DESIGN;
- DATABASE;
54.Predicting octanol/water partition coefficients and pKa for the SAMPL7 challenge using the SM12, SM8 and SMD solvation models

机译：使用 SM12、SM8 和 SMD 溶剂化模型预测 SAMPL7 挑战的辛醇/水分配系数和 pKa
- 作者：Rodriguez Sergio A.;Tran Jasmine Vy;Sabatino Spencer J.Paluch Andrew S.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第9期
- SAMPL7;
- Partition coefficient;
- pKa;
- DFT;
- Continuum solvent;
- Reaction free energy;
- Solvation free energy;
- Distribution coefficient;
- DENSITY-FUNCTIONAL THEORY;
- THEORETICAL CALCULATION;
- PK(A)S;
- PERFORMANCE;
- MOLECULES;
55.StackHCV: a web-based integrative machine-learning framework for large-scale identification of hepatitis C virus NS5B inhibitors

机译：StackHCV：一种基于网络的综合机器学习框架，用于大规模识别丙型肝炎病毒NS5B抑制剂
- 作者：Malik Aijaz Ahmad;Chotpatiwetchkul Warot;Phanus-umporn ChuleepornNantasenamat ChaninCharoenkwan PhasitShoombuatong Watshara
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2021年第10期
- Flavivirus;
- Hepatitis C virus;
- NS5B;
- Cheminformatics;
- Machine learning;
- Stacking strategy;
- Feature representation learning;
56.Affinity prediction using deep learning based on SMILES input for D3R grand challenge 4

机译：基于深度学习的亲和力预测，基于SMILES输入，面向D3R大挑战4
- 作者：Lim Sangrak;Lee Yong Oh;Yoon JuyongKim Young Jun
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第3期
- Molecular docking;
- Binding affinity;
- D3R-drug design data resource;
- Deep learning;
- PROTEIN;
- MANAGEMENT;
- CHEMISTRY;
57.Obtaining QM/MM binding free energies in the SAMPL8 drugs of abuse challenge: indirect approaches

机译：在 SAMPL8 滥用药物挑战中获得 QM/MM 结合自由能：间接方法
- 作者：Hudson Phillip S.;Aviat Felix;Meana-Paneda RubenWarrensford LukePollard Benjamin C.Prasad SamarjeetJones Michael R.Woodcock H. LeeBrooks Bernard R.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第4期
- Host-guest binding;
- Force-matching;
- SAMPL8;
- QM/MM free energy;
- Binding free energy;
- GENERAL FORCE-FIELD;
- BLIND PREDICTION;
- COMPUTATION;
- CHARMM;
- APPROXIMATION;
- POTENTIALS;
- SIMULATION;
- DISPERSION;
- AFFINITIES;
- HYDRATION;
58.Comprehensive evaluation of end-point free energy techniques in carboxylated-pillar6arene host-guest binding: I. Standard procedure

机译：羧基化柱6芳烃主客体结合终点自由能技术的综合评价：一、标准程序
- 作者：Liu Xiao;Zheng Lei;Qin ChuZhang John Z. H.Sun Zhaoxi
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第10期
59.Comparing classification models-a practical tutorial

机译：比较分类模型 - 实用教程
- 作者：Walters W. Patrick
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第5期
- QSAR;
- Classification model;
- Statistical validation;
- Machine learning;
- Tutorial;
60.Inhibition mechanism of MRTX1133 on KRAS(G12D): a molecular dynamics simulation and Markov state model study

机译：MRTX1133对KRAS（G12D）的抑制机制：分子动力学模拟和马尔可夫态模型研究
- 作者：Liang Fanglin;Kang Zhengzhong;Sun XianqiangChen JiaoDuan XueminHe HuCheng Jianxin
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2023年第3期
- KRAS(G12D);
- MRTX1133;
- Molecular dynamics;
- Markov state model;
- Cluster analysis;
- CRYSTAL-STRUCTURE;
- RAS PROTEINS;
- BINDING;
- KRAS;
- MUTATIONS;
- KINETICS;
- CANCER;
- POTENT;
- DOMAIN;
61.LogP prediction performance with the SMD solvation model and the M06 density functional family for SAMPL6 blind prediction challenge molecules

机译：使用 SMD 溶剂化模型和 M06 密度泛函族对 SAMPL6 盲预测挑战分子的 LogP 预测性能
- 作者：Guan Davy;Lui Raymond;Matthews Slade
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2020年第5期
- SAMPL6;
- LogP;
- Computational chemistry;
- Implicit solvation;
- DFT;
62.In silico identification and in vitro antiviral validation of potential inhibitors against Chikungunya virus

机译：基孔肯雅病毒潜在抑制剂的计算机鉴定和体外抗病毒验证
- 作者：Verma Jyoti;Hasan Abdul;Sunil SujathaSubbarao Naidu
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第7期
- Chikungunya virus;
- Envelope proteins;
- Entry inhibitors;
- Antiviral;
- Molecular dynamics simulation;
63.Faster and more diverse de novo molecular optimization with double-loop reinforcement learning using augmented SMILES

机译：使用增强 SMILES 的双环强化学习实现更快、更多样化的从头分子优化
- 作者：Bjerrum Esben Jannik;Margreitter Christian;Blaschke ThomasKolarova Simonade Castro Raquel Lopez-Rios
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2023年第8期
- De novo molecular design;
- Molecular optimization;
- Drug design;
- Reinforcement learning;
- SMILES;
- SMILES augmentation;
- DESIGN;
- GENERATION;
64.Identification of HPr kinase/phosphorylase inhibitors: novel antimicrobials against resistant Enterococcus faecalis

机译：HPr激酶/磷酸化酶抑制剂的鉴定：针对耐药粪肠球菌的新型抗菌剂
- 作者：Kumar Sandeep;Bhadane Rajendra;Shandilya ShrutiSalo-Ahen Outi M. H.Kapila Suman
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第7期
- E. faecalis;
- HPrK/P;
- HPr;
- Molecular docking;
- Molecular dynamics simulation;
- Structure-based drug design;
- Virtual screening;
65.Progress on open chemoinformatic tools for expanding and exploring the chemical space

机译：用于扩展和探索化学空间的开放式化学信息学工具的研究进展
- 作者：Medina-Franco Jose L.;Sanchez-Cruz Norberto;Lopez-Lopez EdgarDiaz-Eufracio Barbara I
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第5期
- Chemoinformatics;
- Drug discovery;
- Molecular representation;
- Open-source;
- Structure-activity relationships;
- Webserver;
- DRUG DISCOVERY;
- MOLECULAR DESCRIPTOR;
- RESOURCES;
- CHEMISTRY;
- DATABASES;
- REPRESENTATIONS;
- VISUALIZATION;
- PERSPECTIVE;
- NETWORKS;
- PLATFORM;
66.Multi-task convolutional neural networks for predicting in vitro clearance endpoints from molecular images

机译：用于从分子图像预测体外清除终点的多任务卷积神经网络
- 作者：Martínez Mora Andrés;Subramanian Vigneshwari;Miljković Filip
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第6期
- Metabolic stability;
- Compound clearance;
- Molecular images;
- Convolutional neural networks;
- Deep learning;
- Pharmacokinetics;
67.Multitask machine learning models for predicting lipophilicity (logP) in the SAMPL7 challenge

机译：用于预测 SAMPL7 挑战中亲脂性（logP）的多任务机器学习模型
- 作者：Lenselink Eelke B.;Stouten Pieter F. W.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2021年第8期
- D-MPNN;
- Multitask machine learning;
- logP prediction;
- SAMPL7;
68.Quantum chemical predictions of water–octanol partition coefficients applied to the SAMPL6 logitalicP/italic blind challenge

机译：应用于SAMPL6 logitalicP/italic盲挑战的水-辛醇分配系数的量子化学预测
- 作者：Jones Michael R.;Brooks Bernard R.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2020年第5期
- Partition coefficient;
- logP;
- SAMPL;
- SMD;
- Water–octanol;
- DFT;
- Implicit solvation;
69.Modeling receptor flexibility in the structure-based design of KRAS(G12C) inhibitors

机译：KRAS（G12C）抑制剂结构设计中的受体灵活性建模
- 作者：Zhu Kai;Li Cui;Wu Kingsley Y.Mohr ChristopherLi XunLanman Brian
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第8期
- Covalent docking;
- Pose prediction;
- Binding affinity;
- Free energy perturbation (FEP);
- Switch-II pocket;
- COVALENT DOCKING;
- DRUG DISCOVERY;
- PROTEIN FLEXIBILITY;
- ACCURATE DOCKING;
- AMG 510;
- OPTIMIZATION;
- PREDICTION;
- GLIDE;
70.Identifying signatures of proteolytic stability and monomeric propensity in O-glycosylated insulin using molecular simulation

机译：使用分子模拟鉴定O-糖基化胰岛素中蛋白水解稳定性和单体倾向的特征
- 作者：Hsu Wei-Tse;Ramirez Dominique A.;Sammakia TarekTan ZhongpingShirts Michael R.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第4期
- Insulin;
- O-glycosylation;
- Stability;
- Protein degradation;
- Molecular dynamics;
- REPLICA-EXCHANGE METHOD;
- FREE-ENERGY;
- CONFIDENCE-INTERVALS;
- CRYSTAL-STRUCTURE;
- DIMERIC INSULIN;
- DYNAMICS;
- ALGORITHM;
- PEPTIDE;
- NANOPARTICLES;
- CHYMOTRYPSIN;
71.Druggable hot spots in trypanothione reductase: novel insights and opportunities for drug discovery revealed by DRUGpy

机译：锥虫硫酮还原酶的成药热点：DRUGpy揭示的药物发现的新见解和机遇
- 作者：Teixeira Olivia;Lacerda Pedro;Froes Thamires QuadrosNonato Maria CristinaCastilho Marcelo Santos
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2021年第8期
- PyMOL plugin;
- hot spot;
- druggable;
- Trypanothione reductase;
72.Unveiling the G4-PAMAM capacity to bind and protect Ang-(1-7) bioactive peptide by molecular dynamics simulations

机译：通过分子动力学模拟揭示G4-PAMAM结合和保护Ang-（1-7）生物活性肽的能力
- 作者：America Chi L.;Asgharpour Somayeh;Correa-Basurto JoseRodriguez Bandala CindyMartinez-Archundia Marlet
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第9期
- Dendrimer;
- Nanocarrier;
- Peptide;
- Ang-(1-7);
- G4-PAMAM;
- PAMAM-OH;
- Metadynamics;
- Molecular dynamics;
- POLY(AMIDOAMINE) DENDRIMERS;
- PAMAM DENDRIMERS;
- ANGIOTENSIN 1-7;
- ASSOCIATION;
73.Exploring the interaction mechanism between antagonist and the jasmonate receptor complex by molecular dynamics simulation

机译：分子动力学模拟探究拮抗剂与茉莉酸受体复合物的相互作用机制
- 作者：Cui Mengqi;Zhang Kun;Wu RuihanDu Juan
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第2期
- Jasmonate receptor;
- Antagonists;
- Interaction mechanism;
- Molecular docking;
- Molecular dynamics simulation;
- PROTEIN;
- BIOSYNTHESIS;
- SPECIFICITY;
- PERCEPTION;
- ENERGETICS;
- NETWORKS;
- ACCURATE;
- DEFENSE;
- TARGETS;
- MODELS;
74.Study of SQ109 analogs binding to mycobacterium MmpL3 transporter using MD simulations and alchemical relative binding free energy calculations

机译：使用 MD 模拟和炼金术相对结合自由能计算研究 SQ109 类似物与分枝杆菌 MmpL3 转运蛋白的结合
- 作者：Stampolaki Marianna;Stylianakis Ioannis;Zgurskaya Helen I.Kolocouris Antonios
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2023年第6期
75.Imputation of sensory properties using deep learning

机译：使用深度学习插补感官属性
- 作者：Mahmoud Samar;Irwin Benedict;Chekmarev DmitriyVyas ShyamKattas JeffWhitehead ThomasMansley TamsinBikker JackConduit GarethSegall Matthew
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2021年第11期
- Sensory properties;
- In silico model;
- Deep learning;
- Imputation;
- Quantitative structure-activity relationship;
- ODOR;
- PERCEPTION;
- SCALE;
76.Relative free-energy calculations for scaffold hopping-type transformations with an automated RE-EDS sampling procedure

机译：使用自动 RE-EDS 采样程序计算支架跳跃型变换的相对自由能
- 作者：Ries Benjamin;Normak Karl;Weiss R. GregorRieder SalomeBarros Emilia P.Champion CandideKonig GerhardRiniker Sereina
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第2期
77.Computational investigation of functional water molecules in GPCRs bound to G protein or arrestin

机译：GPCR中与G蛋白或抑制蛋白结合的功能水分子的计算研究
- 作者：Hu Jiaqi;Sun Xianqiang;Kang ZhengzhongCheng Jianxin
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2023年第2期
- GPCR;
- Inhomogeneous fluid theory;
- Water molecules;
- Functional hydration sites;
- Biased agonist;
- STRUCTURAL BASIS;
- INTERNAL WATER;
- RHODOPSIN;
- ACTIVATION;
- RECEPTORS;
- SITE;
- THERMODYNAMICS;
- HYDRATION;
- MOTIF;
78.Multiple linear regression models for predicting the n-octanol/water partition coefficients in the SAMPL7 blind challenge

机译：多元线性回归模型预测SAMPL7盲挑战中正辛醇/水分配系数
- 作者：Lopez Kenneth;Pinheiro Silvana;Zamora William J.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2021年第8期
- Multiple linear regression;
- Empirical methods;
- n-Octanol;
- water partition coefficients;
- N-sulfonamides;
- SAMPL7 blind challenge;
79.Galileo: Three-dimensional searching in large combinatorial fragment spaces on the example of pharmacophores

机译：伽利略：以药效团为例在大型组合片段空间中的三维搜索
- 作者：Meyenburg Christian;Dolfus Uschi;Briem HansRarey Matthias
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2023年第1期
- Fragment-based drug design;
- Evolutionary algorithm;
- Pharmacophore matching;
- Molecular optimization;
- Fragment evolution;
80.Drug Design Data Resource, Grand Challenge 4, second of two issues

机译：药物设计数据资源，大挑战 4，两期之二
- 作者：Gilson Michael K.;Amaro Rommie E.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2020年第2期
81.Reliable gas-phase tautomer equilibria of drug-like molecule scaffolds and the issue of continuum solvation

机译：类药物分子支架的可靠气相互变异构体平衡与连续溶剂化问题
- 作者：Göller Andreas H.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第11期
- Tautomers;
- Quantum mechanics;
- Computational benchmark;
- Continuum solvation;
82.Molecular and thermodynamic insights into interfacial interactions between collagen and cellulose investigated by molecular dynamics simulation and umbrella sampling

机译：通过分子动力学模拟和伞形取样研究胶原蛋白和纤维素之间界面相互作用的分子和热力学见解
- 作者：Ma Huaiqin;Shi Qingwen;Li XuhuaRen JunliWang YuhanLi ZhijianNing Lulu
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2023年第1期
- Cellulose;
- Collagen;
- Molecular dynamics simulation;
- Umbrella sampling;
83.Ligand-based approaches to activity prediction for the early stage of structure-activity-relationship progression

机译：基于配体的构-效-关系进展早期阶段活性预测方法
- 作者：Maeda Itsuki;Sato Akinori;Tamura ShunsukeMiyao Tomoyuki
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第3期
- Imbalanced data;
- Virtual screening;
- Ligand based-approaches;
- Activity prediction;
- Machine learning;
- Chemoinformatics;
- MACHINE;
84.Contact networks in RNA: a structural bioinformatics study with a new tool

机译：RNA中的接触网络：使用新工具进行结构生物信息学研究
- 作者：Roy Parthajit;Bhattacharyya Dhananjay
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第2期
85.Binding affinity prediction for binary drug-target interactions using semi-supervised transfer learning

机译：基于半监督迁移学习的二元药物-靶标相互作用的结合亲和力预测
- 作者：Tanoori Betsabeh;Zolghadri Jahromi Mansoor;Mansoori Eghbal G.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2021年第8期
86.Encoding mu-opioid receptor biased agonism with interaction fingerprints

机译：编码具有相互作用指纹图谱的μ-阿片受体偏向激动作用
- 作者：Bruno Hernandez-Alvarado R.;Madariaga-Mazon Abraham;Cosme-Vela FernandoMarmolejo-Valencia Andres F.Nefzi AdelMartinez-Mayorga Karina
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2021年第11期
87.The slow but steady rise of binding free energy calculations in drug discovery

机译：药物发现中结合自由能计算的缓慢但稳步上升
- 作者：Xu Huafeng
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2023年第2期
- Binding free energy;
- Free energy perturbation;
- Simulations;
- Computational drug discovery;
- COMPUTATIONALLY-GUIDED OPTIMIZATION;
- PERTURBATION;
- INHIBITORS;
- MOLECULE;
- DESIGN;
- WATER;
- SIMULATIONS;
- ACCURATE;
- FLEXIBILITY;
- PREDICTIONS;
88.COSMO-RS blind prediction of distribution coefficients and aqueous pKa values from the SAMPL8 challenge

机译：COSMO-RS 盲目预测 SAMPL8 挑战的分布系数和水性 pKa 值
- 作者：Diedenhofen Michael;Eckert Frank;Terzi Selman
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2023年第8期
- COSMO-RS;
- COSMOtherm;
- logD prediction;
- pKa prediction;
- Partitioning;
- PLUS WATER;
- SOLVATION;
- SELECTION;
- SOLVENTS;
89.From oncoproteins to spike proteins: the evaluation of intramolecular stability using hydropathic force field

机译：从癌蛋白到刺突蛋白：使用水疗法力场评估分子内稳定性
- 作者：Agosta Federica;Kellogg Glen E.;Cozzini Pietro
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第11期
- Intramolecular stability;
- Scoring function;
- LogPo/w;
- Mutations;
90.pH-dependent solubility prediction for optimized drug absorption and compound uptake by plants

机译：pH依赖性溶解度预测，优化植物对药物的吸收和化合物吸收
- 作者：Bonin Anne;Montanari Floriane;Niederfuehr SebastianGoeller Andreas H.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2023年第3期
- pH-dependent solubility;
- Machine learning;
- Deep neural network;
- Pharmacokinetics;
- Agrokinetics;
- AQUEOUS SOLUBILITY;
- DISCOVERY;
- DISSOLUTION;
- ACCURACY;
- QSAR;
91.SAMPL7 protein-ligand challenge: A community-wide evaluation of computational methods against fragment screening and pose-prediction

机译：SAMPL7 蛋白配体挑战：针对片段筛选和姿态预测的计算方法的社区范围评估
- 作者：Grosjean Harold;Isik Mehtap;Aimon AnthonyMobley DavidChodera Johnvon Delft FrankBiggin Philip C.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第4期
92.The FMO2 analysis of the ligand-receptor binding energy: the Biscarbene-Gold(I)/DNA G-Quadruplex case study

机译：配体-受体结合能的 FMO2 分析：Biscarbene-Gold（I）/DNA G-Quadruplex 案例研究
- 作者：Paciotti Roberto;Coletti Cecilia;Marrone AlessandroRe Nazzareno
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第12期
93.Comparison of logP and logD correction models trained with public and proprietary data sets

机译：使用公共和专有数据集训练的 logP 和 logD 校正模型的比较
- 作者：Aliagas Ignacio;Gobbi Alberto;Lee Man-LingSellers Benjamin D.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第3期
- Partition coefficient;
- Distribution coefficient;
- LogP;
- LogD;
- ClogP;
- ClogD;
- pKa;
- BioByte;
- ChEMBL;
- Machine learning;
- QSAR models;
- PARTITION-COEFFICIENTS;
- E-STATE;
- PREDICTION;
- LIPOPHILICITY;
- PK(A);
- MOLECULES;
- CHEMOINFORMATICS;
- PROFILES;
94.Improvement of multi-task learning by data enrichment: application for drug discovery

机译：通过数据丰富改进多任务学习：在药物发现中的应用
- 作者：Sosnina Ekaterina A.;Sosnin Sergey;Fedorov Maxim V.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2023年第4期
- Multi-task prediction;
- Deep neural network;
- Applicability domain;
- Recommender systems;
- Data enrichment;
- APPLICABILITY DOMAIN;
- PREDICTION;
- VALIDATION;
- REGRESSION;
- ACCURACY;
- MODELS;
- SET;
95.SAMPL6 host–guest binding affinities and binding poses from spherical-coordinates-biased simulations

机译：SAMPL6 主客机结合亲和力和来自球坐标偏置仿真的绑定姿态
- 作者：Sun Zhaoxi;He Qiaole;Li XiaoZhu Zhengdan
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2020年第5期
- Free energy calculation;
- Binding pose;
- Binding affinity;
- Spherical coordinates;
- SAMPL6;
96.Evaluation of interactions between the hepatitis C virus NS3/4A and sulfonamidobenzamide based molecules using molecular docking, molecular dynamics simulations and binding free energy calculations

机译：使用分子对接、分子动力学模拟和结合自由能计算评估丙型肝炎病毒NS3/4A与磺胺基苯甲酰胺分子之间的相互作用
- 作者：Ren Jinhong;Vaid Tasneem M.;Lee HyunOjeda IsabelJohnson Michael E.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2023年第1期
97.An overview of the SAMPL8 host-guest binding challenge

机译：SAMPL8 主机-客户机绑定质询概述
- 作者：Amezcua Martin;Setiadi Jeffry;Ge YunhuiMobley David L.
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第10期
98.Evolution of Support Vector Machine and Regression Modeling in Chemoinformatics and Drug Discovery

机译：化学信息学和药物发现中支持向量机的演进和回归建模
- 作者：Rodriguez-Perez Raquel;Bajorath Juergen
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第5期
- Support vector machines;
- Machine learning;
- Compound classification;
- Property prediction;
- Regression;
- ACTIVITY CLIFFS;
- PREDICTION;
- CLASSIFICATION;
- REPRESENTATIONS;
- INFORMATION;
- INHIBITORS;
99.FastGrow: on-the-fly growing and its application to DYRK1A

机译：FastGrow：即时生长及其在 DYRK1A 中的应用
- 作者：Penner Patrick;Martiny Virginie;Bellmann LouisFlachsenberg FlorianGastreich MarcusTheret IsabelleMeyer ChristopheRarey Matthias
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第9期
- Fragment-based drug design;
- Molecular shape;
- Fragment growing;
- Fragment evolution;
- Structure-based drug design;
- Molecular docking;
- EMPIRICAL SCORING FUNCTIONS;
- BINDING-SITES;
- DOCKING;
- DESIGN;
- FRAGMENTS;
- DISCOVERY;
- BENCHMARK;
- KINASE;
- IMPACT;
100.Role of water coordination at zinc binding site and its catalytic pathway of dizinc creatininase: insights from quantum cluster approach

机译：水配位在锌结合位点的作用及其二锌肌酸酶的催化途径：基于量子簇方法的启示
- 作者：Meelua Wijitra;Olah Julianna;Jitonnom Jitrayut
- 期刊名称：《Journal of Computer-Aided Molecular Design》 | 2022年第4期

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