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首页> 外文期刊>Journal of Computer-Aided Molecular Design >Obtaining QM/MM binding free energies in the SAMPL8 drugs of abuse challenge: indirect approaches
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Obtaining QM/MM binding free energies in the SAMPL8 drugs of abuse challenge: indirect approaches

机译：在 SAMPL8 滥用药物挑战中获得 QM/MM 结合自由能：间接方法

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Accurately predicting free energy differences is essential in realizing the full potential of rational drug design. Unfortunately, high levels of accuracy often require computationally expensive QM/MM Hamiltonians. Fortuitously, the cost of employing QM/MM approaches in rigorous free energy simulation can be reduced through the use of the so-called "indirect" approach to QM/MM free energies, in which the need for QM/MM simulations is avoided via a QM/MM "correction" at the classical endpoints of interest. Herein, we focus on the computation of QM/MM binding free energies in the context of the SAMPL8 Drugs of Abuse host-guest challenge. Of the 5 QM/MM correction coupled with force-matching submissions, PM6-D3H4/MM ranked submission proved the best overall QM/MM entry, with an RMSE from experimental results of 2.43 kcal/mol (best in ranked submissions), a Pearson's correlation of 0.78 (second-best in ranked submissions), and a Kendall tau correlation of 0.52 (best in ranked submissions).
机译：准确预测自由能差异对于实现合理药物设计的全部潜力至关重要。不幸的是，高水平的精度通常需要计算成本高昂的QM/MM哈密顿量。幸运的是，通过使用所谓的QM/MM自由能“间接”方法，可以降低在严格的自由能模拟中使用QM/MM方法的成本，其中通过在经典感兴趣的终点进行QM/MM“校正”来避免对QM/MM模拟的需求。在这里，我们专注于在 SAMPL8 滥用药物主客挑战的背景下计算 QM/MM 结合自由能。在 5 个 QM/MM 校正加上力匹配提交中，PM6-D3H4/MM 排名提交被证明是最好的整体 QM/MM 条目，实验结果的 RMSE 为 2.43 kcal/mol（排名提交中最佳），Pearson 相关性为 0.78（排名提交中排名第二），Kendall tau 相关性为 0.52（排名提交中最佳）。

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