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首页> 外文期刊>Journal of Computer-Aided Molecular Design >Predicting octanol/water partition coefficients for the SAMPL6 challenge using the SM12, SM8, and SMD solvation models
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Predicting octanol/water partition coefficients for the SAMPL6 challenge using the SM12, SM8, and SMD solvation models

机译：使用 SM12、SM8 和 SMD 溶剂化模型预测 SAMPL6 挑战的辛醇/水分配系数

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titleAbstract/titlepBlind predictions of octanol/water partition coefficients at 298 K for 11 kinase inhibitor fragment like compounds were made for the SAMPL6 challenge. We used the conventional, “untrained”, free energy based approach wherein the octanol/water partition coefficient was computed directly as the difference in solvation free energy in water and 1-octanol. We additionally proposed and used two different forms of a “trained” approach. Physically, the goal of the trained approach is to relate the partition coefficient computed using pure 1-octanol to that using water-saturated 1-octanol. In the first case, we assumed the partition coefficient using water-saturated 1-octanol and pure 1-octanol are linearly correlated. In the second approach, we assume the solvation free energy in water-saturated 1-octanol can be written as a linear combination of the solvation free energy in pure water and 1-octanol. In all cases here, the solvation free energies were computed using electronic structure calculations in the SM12, SM8, and SMD universal solvent models. In the context of the present study, our results in general do not support the additional effort of the trained approach./p
机译：摘要 对SAMPL6激发试验对11个激酶抑制剂片段样化合物在298 K下辛醇/水分配系数进行了盲目预测。我们使用传统的、“未经训练的”、基于自由能的方法，其中辛醇/水分配系数直接计算为水和 1-辛醇中溶剂化自由能的差值。此外，我们还提出并使用了两种不同形式的“训练”方法。从物理上讲，训练方法的目标是将使用纯 1-辛醇计算的分配系数与使用水饱和的 1-辛醇计算的分配系数相关联。在第一种情况下，我们假设使用水饱和的1-辛醇和纯1-辛醇的分配系数是线性相关的。在第二种方法中，我们假设水饱和的1-辛醇中的溶剂化自由能可以写成纯水中的溶剂化自由能和1-辛醇的线性组合。在这里的所有情况下，溶剂化自由能都是使用 SM12、SM8 和 SMD 通用溶剂模型中的电子结构计算计算的。在本研究的背景下，我们的结果总体上不支持训练有素的方法的额外努力。

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