严重急性呼吸道感染病例中人冠状病毒OC43基因特征分析

孙凯旋; 崔爱利; 何佩; 许文波; 张荣波

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严重急性呼吸道感染病例中人冠状病毒OC43基因特征分析

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人冠状病毒(Human coronavirus,HCoV)是导致人呼吸道感染的重要病原之一。为了从分子水平上探讨严重急性呼吸道感染(Severe acute respiratory infection,SARI)病例中HCoV-OC43的基因特征,本研究应用实时荧光定量(Real-time)PCR方法对2019年河南省374份SARI病例样本进行HCoV-OC43核酸筛查,并对核酸检测阳性样本进行棘突蛋白(Spike,S)、RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)和核衣壳蛋白(Nucleocapsid,N)三个靶基因扩增和序列测定。结合从GenBank数据库筛选的国内外42条代表序列和本研究所获得的S、RdRp和N三个靶基因全长序列构建基因亲缘性关系树,对本研究所获得的HCoV-OC43样本进行基因型别鉴定和基因特征分析,并对HCoV-OC43重要抗原S蛋白进行氨基酸位点变异分析。结果显示:在374份SARI病例样本中共检测出15份HCoV-OC43核酸阳性样本(15/374,4.01%),并在4份临床样本中获得S、RdRp和N基因全长序列。通过构建基因亲缘性关系树,结果显示有3株属于G基因型,1株属于H基因型。S蛋白氨基酸位点变异分析结果提示,2019年G基因型流行株(包括本研究的3株和美国株USA/MN306041/SC0810/2019)有特异性的3个氨基酸位点变异:L272P、P516S和S902A。2019年H基因型流行株(包括本研究的1株和美国株USA/MN306043/SC0841/2019)特异的氨基酸位点变异为N484D。本研究通过对2019年河南省流行的HCoV-OC43进行基因型别鉴定与基因特征分析,为我国HCoV-OC43的分子变异变迁研究提供了基线数据。

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来源
《病毒学报》 |2020年第2期|236-245|共10页
作者
孙凯旋; 崔爱利; 何佩; 许文波; 张荣波;
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作者单位

安徽理工大学医学院;

淮南232001;

国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室(中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所);

世界卫生组织西太平洋地区麻疹/风疹参比实验室;

北京102206;

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正文语种 chi
中图分类呼吸道传染性病毒;病毒传染病;
关键词
人冠状病毒OC43(HCoV-OC43); 基因型别; 基因特征;

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